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生信工作流框架搭建 | 02-nextflow 实战

目录生信工作流框架搭建|02-nextflow前情提要开始使用依赖安装核心概念一个fastqc的示例，加深理解快速搭建你的程序你需要仔细阅读的：可以快速浏览（但需要知道大概有什么，以便后来查览）：报错！

郑二狗·2024-02-01 03:08

NextFlow用法4--Channel (1)

Nextflow基于Dataflow编程模型，其中进程通过通道（channel）进行通信。channel有两个主要属性：（1）发送消息是一种异步操作，它立即完成，而不必等待接收过程。

京古·2024-01-22 01:11

What the Phage：安装与使用

Nextflow-噬菌体是什么(mult1fractal.github.io)也是推荐conda安装condacreate-nwtpnextflow==21.04.0singularity==3.6.1condaactivatewtpnextflowrunreplikation

CAAS_IFR_zp·2024-01-07 21:06

生信工作流框架搭建 | 从零开始入门指南 - 00工作流之华山论剑

偶然了解到snakemake和nextflow，便开始入坑工作流框架（语言），尝试使用工作流语言改写流程，并在AWS上成功实践。此过程中发现互联网

郑二狗·2023-10-18 09:08

C++ 学习记录：make cmake的关系

（类似于makeflow、nextflow、WDL等流语言）手动过程#编译链接g++main.cpphello.cpp-omain

毒鸡蛋·2023-09-07 23:57

Nextflow的基本概念和使用方法

channelprocessoperatorsexecutors2.常见用法channelduplicationscatterexecutionsgatherresultsorganizeoutputs参考资料Nextflow

子诚之·2023-09-04 19:59

Nextflow 快速搭建生信分析流程（一）

Nextflow是专门针对生物信息流程搭

翌然小白·2023-08-19 13:23

生信工作流框架搭建 | 04-nextflow与Slurm高性能计算

目录生信工作流框架搭建|04-nextflow与Slurm高性能计算前情提要什么是HPC高性能计算什么是slurmnextflow配置注意事项下期预告生信工作流框架搭建|04-nextflow与Slurm

郑二狗·2023-04-10 03:41

nextflow中文文档（3）：Nextflow脚本（Nextflow scripting）

Nextflow语法专门用于以声明的方式简化计算管道的编写。Nextflow可以执行任何Groovy代码段或使用JVM平台的任何库。

大大的世界和小小的人儿·2021-11-15 16:25

04-Nextflow 文件和I/O

基本读/写,逐行读取文件,高级文件读取操作,高级文件写入操作,列出目录内容,创建目录,创建链接,复制文件,移动文件,重命名文件,删除文件,查看文件属性,获取和修改文件权限,HTTP/FTP文件,计算记录数要访问和处理文件，请使用file方法，该方法返回给定文件路径字符串的文件系统对象:myFile=file('/some/path/to/my_file.file')file方法可以引用文件或目录，

亦是旅人呐·2021-09-09 07:26

snpQT-又一个人基因组SNP填充和GWAS流程

这个流程的目的是让你的SNPcute，为处理人类基因变异提供了帮助：基因组版本转换（b37->b38或者反过来）样本质控人群分层填充前质控本地填充填充后质控GWAS使用自动化的nextflow流程，我们在

zd200572·2021-09-06 21:45

Nextflow Intro

写在前面NextflowNextflow是数据驱动的pipeline，使用软件容器实现可扩展、可复写，适应于大多数常见脚本语言，流畅的领域特定语言（DLS）简化了在云和集群上的部署和复杂并行工作流程的开发。Groovy介绍Nextflowdoc1.getstarted2.基本概念3.Pipelinescript语法格式4.几个重要概念ProcessesChannelsOperatorsExecut

SuYanan·2020-07-06 13:01

Docker使用心得 - bioinformatics*中国第三季第七周seminar

，主题：介绍这两年火得不能再火的docker没听过docker，难道你没听过Nextflow?讲在前面转眼又是一周，一年之计在于春，近日课题组实验安排慢慢，小累。但是，学习交流是不能放下的。

生信札记·2020-06-26 18:48

Nextflow实践中遇到的问题（Nextflow系列之五）

写在前面中午基本了Nextflow文章的一部分，以为自己可以上手写了。于是马上动手，打算重构手上的一些流程。书写过程中，发现其实...一样写不动。

生信札记·2020-03-07 08:57

2019-10-29 用 dolphinnext 使用搭建 nextflow 流程

安装pulldockerdockerpullummsbiocore/dolphinnext-studiosudomkdir-p~/exportWhilerunningthecontainer;dockerrun--privileged-m10G-p8080:80-v~/export:/export-tiummsbiocore/dolphinnext-studio/bin/bashAfteryous

e8a37405cb53·2019-10-29 14:10

NextFlow的步骤Process（系列之四）

Process是Nextflow流程的基本单元。我以为，最合适的翻译，可能是步骤，当然或许是工序。为了避免别扭，在之后的笔记中，均用步骤。

生信石头·2018-11-03 13:58

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