psi-blast

2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与
穆易青·2023-11-14 01:41

Linux下实现 psi-blast 的多进程并批量生成 pssm 文件

0.说明：在Linux通过Python的多进程模块实现psi-blast的并行，批量生成pssm文件。
@ZyuanZhang·2023-10-30 19:51

获取蛋白质PSSM矩阵获取

传统方法获取PSSM矩阵通过blast中的PSI-blast进行的，最大的问题在于数据库的下载过程，53G的数据即使是迅雷等加速软件也无法快速进行下载完成。
mmam·2023-04-20 14:33

PSI-BLAST 输出MSA与fasta

PSI-BLAST(Position-SpecificIterativeBasicLocalAlignmentSearchTool)是blastp的一种，用于发现与查询序列更远距离相关的序列。
气旋_c8b6·2023-03-10 18:28

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。
iteye_8260·2020-08-24 00:47

BLAST（基本局部比对工具）

nucletideblastblastn短序列标准搜索megablast相似序列（单物种）之间比对discontiguousmegablast跨物种序列比对proteinblastblasp标准搜索psi-blast
Janton Wang·2020-07-29 16:48

psiblast生成pssm矩阵及psiblast参数详解

PSI-BLAST:敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对：一般用来生成pssm打分矩阵其常用命令有USAGEpsiblast[-h][-help][-import_search_strategyfilename
Bruce chen·2019-03-28 22:20

PSI-BLAST参数解释

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST的详细介绍Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。
Jun-H·2014-04-18 12:33

PSI-BLAST参数解释

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST的详细介绍Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。
AimAtFuture·2014-04-18 12:00

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。
bio·2011-04-10 23:00
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