5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与

0.说明：在Linux通过Python的多进程模块实现psi-blast的并行，批量生成pssm文件。

传统方法获取PSSM矩阵通过blast中的PSI-blast进行的，最大的问题在于数据库的下载过程，53G的数据即使是迅雷等加速软件也无法快速进行下载完成。

PSI-BLAST(Position-SpecificIterativeBasicLocalAlignmentSearchTool)是blastp的一种，用于发现与查询序列更远距离相关的序列。

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。

nucletideblastblastn短序列标准搜索megablast相似序列（单物种）之间比对discontiguousmegablast跨物种序列比对proteinblastblasp标准搜索psi-blast

PSI-BLAST:敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对：一般用来生成pssm打分矩阵其常用命令有USAGEpsiblast[-h][-help][-import_search_strategyfilename

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST的详细介绍Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。

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