r语言聚类分析

R语言【taxlist】——get_children()，get_parents()：检索分类概念的子类群或父类群

Packagetaxlistversion0.2.4Description检索所查询分类单元概念的所有子概念或父概念。Usageget_children(taxlist,...)##S3methodforclass'taxlist'get_children(taxlist,ConceptID,...)get_parents(taxlist,...)##S3methodforclass'taxlis
ALittleHigh·2024-01-26 04:10

R语言【taxlist】——taxlist 包中已经废弃的方法

Packagetaxlistversion0.2.4下面已经废弃的方法中的大多数已经被更新后的方法所取代。add_parent()add_trait()add_level()replace_view()taxlist2taxmap()taxmap2taxlist()taxmap2taxlist()tnrs()
ALittleHigh·2024-01-26 04:10

R语言应用-1：数据整理

基础篇----R环境安装及基本语句：(65条消息)windows下载R和Rstudio，以及R语言基本使用_up_xin的博客-CSDN博客https://blog.csdn.net/weixin_41427508
up_xin·2024-01-26 04:40

r语言进行go富集分析_GO富集分析可视化：R语言GOplot包——准备自己的数据

GO注释和富集分析GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程本文使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析，挑选的基因是rpoC1rpoBrpoArpoC2atpIatpFatpEatpHatpBatpAaccDrbcLrpl22rpl23rpl20rps8rps7rps16rps15rps14rps18
weixin_39868663·2024-01-26 04:39

R语言学习——数据框

x=c(42,7,64,9)y=1:4z.df=data.frame(INDEX=y,VALUE=x)z.dfdim(z.df)#查看几行几列colnames(z.df)#查看列名rownames(z.df)#查看行名z.df[,1]z.df[1,]z.df[c(1,2),c(1,2)]df1=data.frame(C1=c(1,5,14,1,54),C2=c(9,15,85,9,42),C3=c
帅锅不识字·2024-01-26 04:09

r语言集合补集_R语言数据整理利器——dplyr

dplyr对于处理以行列关系表示的数据框(每一行是一个观测值，每一列是一个维度)十分有效。首先dplyr与SQL语句十分类似，其中select、filter、mutate、summarise等几个关键的函数，可以帮助我们非常方便的筛选、修改、汇总数据。此外dplyr还可以使我们非常便捷的对数据集进行交并合补。最后dplyr中还引入了管道处理的概念(如x%>%f(y)等同于f(x,y))，使我们可以
深渊号角mkq0.~·2024-01-26 04:09

R语言【taxlist】——df2taxlist()：将数据帧和字符串转换为 taxlist 对象

Packagetaxlistversion0.2.4Descriptioin将数据框转换为taxlist对象。此外，包含分类名称的字符向量将被转换，但不会返回任何关于分类等级和亲本分类群的信息。Usagedf2taxlist(x,...)##S3methodforclass'data.frame'df2taxlist(x,taxonTraits,taxonViews,levels,clean_st
ALittleHigh·2024-01-26 04:39

R语言数据高效处理指南——基本数据处理

1数据集基本探索str、summary、head这三个函数，是对数据框进行探索性分析的“三板斧”。>str(iris)'data.frame':150obs.of5variables:$Sepal.Length:num5.14.94.74.655.44.654.44.9...$Sepal.Width:num3.533.23.13.63.93.43.42.93.1...$Petal.Length:n
m0_61027476·2024-01-26 04:39

跟着Microbiome学作图：R语言ggplot2画堆积柱形图展示微生物门水平的相对丰度

论文Reduceddiversityandalteredcompositionofthegutmicrobiomeinindividualswithmyalgicencephalomyelitis/chronicfatiguesyndrome本地文件Giloteaux2016_Article_ReducedDiversityAndAlteredComp.pdfimage.png今天的推文我们来重复
小明的数据分析笔记本·2024-01-26 04:46

Day 4 生信小组学习笔记 御风而行

今日任务：R语言基础1R语言基础环境配置无需云服务器，直接在windows操作系统进行注意避免中文安装路径，否则无法识别（已提前安装成功）Rstudio调节镜像源Rstudio内可直接调节默认设置安装Rpackagesinstallpackages
sario0416·2024-01-25 22:11

R语言可视化分面图、假设检验、单变量分组多水平t检验并指定参考水平、可视化单变量分组多水平分面箱图（faceting boxplot）并添加显著性水平、指定显著性参考水平

R语言可视化分面图、假设检验、单变量分组多水平t检验并指定参考水平、可视化单变量分组多水平分面箱图（facetingboxplot）并添加显著性水平、指定显著性参考水平目录
statistics.insight·2024-01-25 15:45

R语言数据排序

#数据排序#在R中，可以使用Order()函数对一个数据框进行排序。默认的排序顺序是升序。#在排序变量的前面加一个减号即可得到降序的排序结果#例子#order()函数返回的是被排序的列从小到大的依次的位置order(leadership$age)newdata<-leadership[order(leadership$age),]newdata#降序newdata<-leadership[orde
小白15138·2024-01-25 12:12

R语言ggplot画双坐标-柱状图、折线图

ggplot一般不用来画双坐标，有些图双坐标结合起来看比较好，比方说条形图和柱状图。1.画双坐标要用到函数scale_y_continuous，这个函数规定次坐标与主坐标的换算关系，用sec_axis(~./57.69231）来设置，其中57.69231这个换算系数可以根据实际情况调整；2.画了双坐标，需要指定谁在次坐标上显示，那么在次坐标要缩小的倍数，在需要显示在次坐标的数据就需要提升多少倍，这
daydayup8888·2024-01-25 12:37

R语言-检验正态性

1.为什么要检验正态性首先需要明确正态性与正态分布是有区别的，正态分布（标准分布）是统计数据的分布方式，是个钟形曲线，已平均值为对称轴，数据在对称轴两侧对称分布。正态性是检验实际数据与标准正态分布的相似程度，相似程度高，说明具有正态性。很多的统计方法是基于正态分布使用的，如T检验、方差检验等，因此需要检验数据的正态性。2.检验正态性的方法检验正态性常用的方法包括：1.看分布正态分布是个钟形分布，因
daydayup8888·2024-01-25 12:34

R语言VRPM包绘制多种模型的彩色列线图

列线图，又称诺莫图（Nomogram），它是建立在回归分析的基础上，使用多个临床指标或者生物属性，然后采用带有分数高低的线段，从而达到设置的目的：基于多个变量的值预测一定的临床结局或者某类事件发生的概率。列线图(Nomogram)可以用于多指标联合诊断或预测疾病发病或进展。近些年来在高质量SCI临床论文中用的越来越多。列线图将回归模型转换成了可以直观的视图，让结果更容易判断，具有可读性，例如：咱们
天桥下的卖艺者·2024-01-25 12:34

R语言【taxlist】——对多样性记录的物种列表使用 taxlist 的指南

1.起步（安装与加载）taxlist包通过一个对象类和功能（方法）处理分类数据。同名对象类taxlist可以进一步与生物多样性记录联系起来(例如，用于植被样地的观测)。taxlist包是在repositoryGitHub(https://github.com/kamapu/taxlist)上开发的，可以使用devtools包安装在R-session中：library(devtools)instal
ALittleHigh·2024-01-25 12:04

R语言read.csv函数读取数据时的一个报错

读取数据用到的命令是df<-read.csv("example.csv",header=T,row.names=1)报错信息是Errorinmake.names(col.names,unique=TRUE):invalidmultibytestring1解决办法：重新将这个csv文件另存为一个新的csv文件，注意选择下面的CSV(逗号分隔)（.csv），而不是CSVUTF-8（逗号分隔）（.csv
小明的数据分析笔记本·2024-01-25 10:39

R语言作业之两个文件中相同列匹配加文件合并

冬至快到了，祝大家快乐，今天要和大家分享的是：在R语言中，如何将两个文件中样本名称相同的列匹配并且将相同的样本名称的其余信息一起匹配合并。
wx科研风雨路·2024-01-25 09:59

GEO数据挖掘学习笔记二

学习教程来源于《手把手教你GEO数据库差异基因分析》本次学习笔记内容为通过GEO2R在线工具进行差异基因分析通过了解，个人觉得这个方法相比R语言的优势是更普适性，以及更加“傻瓜”，方便学不明白R语言的同学
slim_zhang·2024-01-25 06:30

R语言rvest爬虫如何设置ip代理？

在R语言中使用rvest进行网络爬虫时，可以使用代理服务器来隐藏真实IP地址。有一些R包可以帮助爬虫中设置代理，其中一个常用的包是httr。
一连代理·2024-01-25 06:07

240124作图：R做横向barplot

参考的以下内容进行堆积条形图的制作：R语言可视化:堆积柱状图和百分比堆积柱状图-知乎(zhihu.com)但是做完了的图一长条，不太好看，想改成横向的：在ggplot作图代码后加上一个coord_flip
丁优雅ya·2024-01-25 05:23

R语言实战--第7章

7.1描述性统计分析1.描述性统计量命令--自带如：summary(mtcars[vars])#var代表mtcars中的某一个变量注：summary()函数提供了最小值、最大值、四分位数和数值型变量的均值，以及因子向量和逻辑型向量的频数统计。--自带函数fivenum()可返回图基五数总括（Tukey’sfive-numbersummary，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数和最大值）。-
明明就_faf8·2024-01-24 23:24

基于python豆瓣电影评论的情感分析和聚类分析，聚类分析有手肘法进行检验，情感分析用snownlp

基于Python的豆瓣电影评论的情感分析和聚类分析是一种用于探索电影评论数据的方法。情感分析情感分析旨在从文本中提取情感信息，并对其进行分类，如正面、负面或中性。
叫我：松哥·2024-01-24 21:17

R语言对数据进行标准化处理

有时候，在分析数据时，需要对数据进行直线转换，也就是将数据做标准化处理，标准化处理的结果称为标准分数，标准化处理的转换公式如下：举例说明：首先，导入数据其次，转换成标准分数，并以向量形式输出最后，保留小数点位数data<-read.table("clipboard",header=T)#导入数据A<-as.matrix(data[,2:4])#将数据框转换为矩阵colnames(A)<-NULL#
小记专家·2024-01-24 21:14

R语言：将数据框转化为矩阵并进行相关矩阵运算

一般情况下，R语言直接导入的数据都是有标题的数据框，那么在进行计算矩阵相关的运算时，要首先将数据框的数据转化为矩阵形式。
小记专家·2024-01-24 21:13

R语言【taxa】——is_*()：检查对象是否为某个类

is_classification(x)检查对象是否为classification类。is_internode(x)检查每个分类单元是否为节间。节间是指一个分类单元恰好有一个上级分类单元和一个下级分类单元。这些分类群可以在不丢失它们之间的关系信息的情况下被移除。xxis_taxon(x)[1]TRUE>is_taxon(1:2)[1]FALSEis_taxonomy(x)检查对象是否为taxono
ALittleHigh·2024-01-24 21:27

R语言【taxa】——leaves()和n_leaves()：每个分类群的冠群和冠群数量

Packagetaxaversion0.4.2leaves(x,value=NULL,...)获取每个分类单元的冠群索引或其他每个分类单元的值。leaves是没有下级分类群的分类群。参数【x】：获取leaves的对象，比如taxonomy。参数【value】：要返回的东西，而不是索引。长度必须与分类群数相同。参数【...】：其余参数。>x1:Carnivora├─2:Felidae│└─3:Pan
ALittleHigh·2024-01-24 21:57

跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图及多图共享图例

论文PlasmaproteomeanalysesinindividualsofEuropeanandAfricanancestryidentifycis-pQTLsandmodelsforproteome-wideassociationstudieshttps://www.nature.com/articles/s41588-022-01051-w本地pdfs41588-022-01051-w.p
小明的数据分析笔记本·2024-01-24 20:34

UnityShader实例09:Stencil Buffer&Stencil Test

好在unity的shaderlab和D3D，OpenGL等shader语言是一致的，还可以从它们的相关解释来了
lupeng0330·2024-01-24 19:39

R语言【taxa】——as_data_frame()：将 taxa 的对象 转换为 data.frame

Packagetaxaversion0.4.2Description将taxa对象包含的信息转换为data.frame，信息保存在列中。如果使用as_tribble则转换为表格。Usageas_data_frame(x,row.names=NULL,optional=FALSE,...,stringsAsFactors=FALSE)Arguments参数【x】：由taxa定义的一个对象。比如tax
ALittleHigh·2024-01-24 19:30

R语言rayrender包，csg_torus圆环体

R语言rayrender包，csg_torus圆环体image.png#ThuJun1722:33:202021-#字符编码：UTF-8#R版本：Rx644.1forwindow10#cgh163email
youmigo·2024-01-24 18:44

R语言【taxlist】——as()：将 taxlist 对象强制转换为 list 对象

Packagetaxlistversion0.2.4Description可以应用S4对象到list对象的强制转换来探索它们的内容，避免由它们的验证引起的错误。UsageS4_to_list(x)Argument参数【x】：一个taxlist类对象或任意S4类。Details将taxlist对象强制转换为list对象。Value一个list类对象。Examples将taxlist对象转换为list
ALittleHigh·2024-01-24 18:23

R语言【taxlist】——add_concept()，update_concept()：将新的分类概念添加到 taxlist 类对象中

Packagetaxlistversion0.2.4Descriptioin将新的分类概念添加到现有的taxlist对象中的可替换方法。Usageadd_concept(taxlist,TaxonName,...)##S4methodforsignature'taxlist,data.frame'add_concept(taxlist,TaxonName,...)##S4methodforsign
ALittleHigh·2024-01-24 18:52

R语言【taxlist】——backup_object()，load_last()：创建和加载 R 对象备份

Packagetaxlistversion0.2.4Description当处理数据变得有风险时，最佳实践是生成备份文件。backup_object()方法是save()方法的包装器，向结果文件（扩展名为*.rda的R映射文件）的名称添加时间戳和后缀。load_last()方法识别这种格式，并将最新备份版本加载到会话中。Usagebackup_object(...,objects=characte
ALittleHigh·2024-01-24 18:52

R语言【taxa】——internodes()：获得中间节点

Packagetaxaversion0.4.2Description获取每个分类单元或其他每个分类单元值的节点间索引。节间是一个恰好有一个上级分类群和一个下级分类群的分类群。这些分类群可以在不丢失剩余分类群之间关系信息的情况下被移除。Usageinternodes(x)Argument参数【x】：用来获取中间节点的对象，比如一个taxonomy对象。Examplex1:Carnivora├─2:F
ALittleHigh·2024-01-24 18:49

K-means聚类分析（Python）

原理解决将空间中一些点分成K类的问题，K代表样本类别数Kind先假设K=2，即要分为两类：在空间中随机选定两个样本作为分类基准，计算比较其他样本与其距离，离谁近就归为哪一类。迭代，找到两个样本中中心，计算中心点与其他点的距离，按照距离远近再分类。重复迭代直到某次迭代结果与上次完全相同。推广到K就是：K均值聚类算法是先随机选取K个对象作为初始的聚类中心。然后计算每个对象与各个种子聚类中心之间的距离，
Sanchez·J·2024-01-24 18:43

R语言【taxa】——as_taxon()：转换为 taxon 对象

Packagetaxaversion0.4.2Description将其他对象转换为taxon向量。taxon构造器可能将基础向量转换为taxon向量。Usageas_taxon(x,...)Arguments参数【x】：要转换为taxon向量的对象。参数【...】：其余参数。Examplesxa33554|CarnivoraBowdich1821|orderb9681|FelidaeFische
ALittleHigh·2024-01-24 14:45

绘图提高篇 | R-gstat-ggplot2 IDW计算及空间插值可视化

R-gstat进行IDW插值计算和使用ggplot2进行可视化绘制，主要涉及的知识点如下：R-gstat包IDW插值计算R-ggplot2IDW插值结果可视化绘制R-gstat包IDW插值计算得益于优秀且丰富的R语言第三方包
数据魅力(DataCharm)·2024-01-24 14:39

R语言【taxa】——df_ref()：有效的 分类信息数据库

Packagetaxaversion0.4.2Description定义可以被taxon_db对象使用或使用taxon_db对象的有效分类数据库，例如taxon_id和taxon。使用db_ref$get查看数据库的详细信息。用户可以使用db_ref$set创建自定义的数据库，并添加到数据库列表中。每个数据库都必须包含下列信息：数据库对应的网站的URL一段简短的描述定义有效的类群ID的正则表达式数
ALittleHigh·2024-01-24 10:15

R语言绘制moran散点图坐标原点不在（0，0）处以及如何给点加上标签的问题

其实如果仔细看可以发现该图的原点不在（0，0）处，但是所有的论文及参考书目中moran散点图的原点都是（0，0），事实上，这是因为原始数据未进行scale标准化的结果，即如果想得到原点在（0，0）处的图只需要在R语言
球球今天好好学习了吗？·2024-01-24 09:11

R语言专题班（训练营：2023.10.23~10.30）

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制
茗创科技·2024-01-24 07:10

R语言之grep函数和正则通配符查询

mod=viewthread&tid=5162&extra=page%3D1https://blog.csdn.net/piaoyu94/article/details/76416355在R语言的道路上又学到了一个新知识
renyige1021·2024-01-24 07:41

R语言ggtree：将进化树中的序列id改成物种名称

本篇推文介绍一下使用R语言的ggtree包实现这个目的这个问题是来源于公众号的一位读者的提问Snipaste_2021-01-14_10-32-30.png大家可以关注我的公众号小明的数据分析笔记本留言相关问题
小明的数据分析笔记本·2024-01-24 07:33

R语言【taxa】——classification()：储存分类树的分类信息

Packagetaxaversion0.4.2Usageclassification(x=NULL,taxonomy=NULL,.names=NULL)Arguments参数【x】：以下之一：一个列表，每个元素表示一组嵌套的类群。列表内容允许是任何能够转换为taxon的格式。一个taxonomy对象中单个taxon对象的索引或名称，taxonomy对象由参数【taxonomy】指定。长度不限，但必
ALittleHigh·2024-01-24 06:43

学习小组Day4笔记-小屈

安装R和Rstudio1查看电脑用户名是中文还是英文，确定是英文2，下载R和Rstudio搜狗微信搜索：“果子学生信给自己一个全新的R语言环境”认识R和RstudioR是一种编程语言;RStudio是免费提供的开源集成开发环境
锦鲤QH666顺顺利利·2024-01-24 02:58

R语言【taxa】——roots()，stems()，subtaxa()，supertaxa()：获取根节点、茎节点、子类群和父类群

roots(x,subset=NULL)在taxonomy中查找根节点类群的索引值。>xroots(x)[1]1>roots(x,subset=2:8)[1]26stems(x,value=NULL,...)返回每个类群的茎节点的索引值。>xxstems(x)[[1]][1]12[[2]][1]67>stems(x,value=tax_name(x))[[1]][1]"Carnivora""Fel
ALittleHigh·2024-01-24 02:57

R语言【taxa】——taxa包中的类

Packagetaxaversion0.4.2taxa_taxon-classtaxa_taxonomy-classtaxa_taxon_authority-classtaxa_taxon_db-classtaxa_taxon_id-classtaxa_taxon_rank-classtaxon保存类群的基本信息，包括名称，等级和ID。taxon(name=character(0),rank=NA
ALittleHigh·2024-01-24 02:57

R语言【taxa】——从taxa 定义的类中获取组分信息

Packagetaxaversion0.4.2tax_auth(x)在拥有对应信息的对象中设置和获取类群所有权信息。>xtax_auth(x)[1]Linnaeus1758Cohn1872NAJuss.1789>tax_auth(x)tax_auth(x)[1]x[1]9606|HomosapiensBilly|species1386|Bacilluscohn1872|genus[3]4890|A
ALittleHigh·2024-01-24 02:57

R语言【taxa】——n_subtaxa()，n_supertaxa()：每个类群的子类群数量和父类群数量

Packagetaxaversion0.4.2n_subtaxa(x,subset=NULL,max_depth=NULL,include=FALSE)参数【x】：获取子类群的对象，比如taxonomy。参数【subset】：检索的树的子集。索引或名称。参数【max_depth】：挖掘的等级深度。比如，max_depth=1表示值返回直接子类群。默认返回所有子类群。参数【include】：为TRU
ALittleHigh·2024-01-24 02:56

跟着Nature学作图：R语言ggplot2散点图和添加辅助线完整示例

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的ExtendedDataF
小明的数据分析笔记本·2024-01-23 18:03
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