r语言degseq2

R语言安装教程（附安装包链接）

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。Mac支持M1芯片，下载其中的arm即可，其余下载另一个文件下载链接：链接:https://pan.baidu.com/s/1k_kQO6JEviqwine1vnzB2A?pwd=bkdz提取码:bkdz安装教程：1.R是自由软件。这意味着它是完全免费，开放源代码
饿了就去喝水·2024-01-11 13:08

R语言中连接数据库——Mongodb

R语言中连接数据库——Mongodb文章目录R语言中连接数据库——Mongodb一、项目环境二、mongolite包安装三、mongolite包的使用四、mongolite包相关函数1、$aggregate2
Y_Wolf·2024-01-11 13:56

使用R获取DNA的反向互补序列

我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题，帮助大家理解R。我们还是用上次的DNA序列来举例DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA'如果大家只是想解决这
生信交流平台·2024-01-11 10:40

R语言-受限三样次条回归RCS-基于logistic

临床上，因变量和临床的结局有时候不是线性关系，而回归模型有一个重要的假设就是自变量和因变量呈线性关联，因此非线性关系模型用回归分析来拟合受到限制。因此，一个更好的解决方法是拟合自变量与因变量之间的非线性关系，限制性立方(Restrictedcubicspline，RCS)就是分析非线性关系的最常见的方法之一。rm(list=ls())library(smoothHR)library(surviva
MRI_lab·2024-01-11 07:58

R语言学习-GEO数据挖掘

根据教程准备试着处理一下GSE的其他数据，发现对于多组数据很难简单的复现，待后续探索完善再补更；先复习LINUX；（1）下载数据及读取rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(GEOquery)eSet<-getGEO("GSE94648",destdir='.',getGPL=F)exp<-exprs(eSet[[1]])exp[1:4,1:
米粥的味道·2024-01-11 02:47

R语言绘制基线资料表

#转换数据类型mydata%#创建新数据集新变量#note#Age=Age,#连续变量#Gender=factor(Gender,levels=c(1,2),labels=c("Male","Female"))#分类变量transmute(Groups=factor(data$Groups),Age=Age,Age.of.menarche
MRI_lab·2024-01-10 21:34

R语言-配对T检验-配对连线图（Paried_line plots），也称为前后配对图（Before-after plots）

rm(list=ls())library(ggstatsplot)#remove.packages(c("vctrs","dplyr"))#install.packages("dplyr")library(ggplot2)library(RColorBrewer)str(data)data$Groups<-as.factor
MRI_lab·2024-01-10 21:34

【R语言】---创建数据集

例如：病例数据(引自R语言实战)通过数据集，可以清楚的看到数据结构及其中包含的内容和数据类型。数据结构R中有很多用于储存数据的结构，包括标量、向量、数组、数据框和列表。
生态数据·2024-01-10 21:17

统计学-R语言-1

文章目录统计学介绍基本类型数据和变量数据抽样总结统计学介绍统计学(statistics)是“数据的科学”1.是用以收集数据、分析数据和由数据得出结论的一组概念、原则和方法。2.统计学进行推断的基础是数据(data)。数据不仅仅限于数字，也可能是图表、视频、音频或者文字。3.收集到数据之后，利用一些方法来整理和分析数据，最后得到结论。统计学可以应用于什么领域呢？统计学与各个学科的数据都有联系，可以应
柔雾·2024-01-10 20:53

@R语言下的HMM,从理论到实践解答你的困惑（经典讲解四）

@R语言下的HMM,从理论到实践解答你的困惑（经典讲解四）文章目录学习问题解决方法详解问题描述学习问题的算法分析学习问题解决方法详解问题描述HMM学习问题指的是：已知x⃗\vec{x}
专心研究·2024-01-10 19:38

R语言下的EM算法,带你领略统计的魅力

@R语言下的EM算法,带你领略统计的魅力文章目录R语言下的EM算法,带你领略统计的魅力总体感受概括结合算法计算过程理解EM算法EM算法包括几个阶段？EM算法的核心是什么？EM算法的实现是什么？
专心研究·2024-01-10 19:07

从单细胞数据分析的最佳实践看R与Python两个阵营的博弈

R语言单细胞分析最佳实践首先出场的是OrchestratingSing
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:22

一段关系的结束，无关对错，只因为彼此不合适

近日，R语言大神，Rmarkdown,Bookdown,Blogdown缔造者，谢益辉，自己也被公司要求“down”了。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

调试r设计、R语言帮做、帮做matlat程序、matlat程序调试

function[e,f,g]=sindiophantine(a,b,c,d)%*********************************************************%功能：单步Diophanine方程的求解%调用格式：[e,f,g]=sindiophantine(a,b,c,d)%输入参数：多项式A、B、C系数（行向量）及纯滞后（共4个）%输出参数：Diophanin
lileirui·2024-01-10 15:12

跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图完整实例

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure1cimage
小明的数据分析笔记本·2024-01-10 15:44

R语言【utils】——read.table()：以表格式读取文件，并从中创建一个数据帧，其中大小写对应于行，变量对应于文件中的字段。

Packageutilsversion4.2.0Usageread.table(file,header=FALSE,sep="",quote="\"'",dec=".",numerals=c("allow.loss","warn.loss","no.loss"),row.names,col.names,as.is=!stringsAsFactors,na.strings="NA",colClass
ALittleHigh·2024-01-10 15:26

R语言【base】——lapply()：在列表或向量上应用函数

Packagebaseversion4.2.0Descriptionlapply返回与参数【X】长度相同的列表，其中的每个元素都是将参数【FUN】应用于参数【X】的相应元素的结果。Usagelapply(X,FUN,...)Arguments参数【X】：向量(原子或列表)或表达式对象。其他对象(包括分类对象)将被base::as.list强制转换。参数【FUN】：要应用于参数【X】的每个元素的函数
ALittleHigh·2024-01-10 15:26

R语言【base】——unlink()：删除文件和目录

Packagebaseversion4.2.0Descriptionunlink()删除参数【x】指定的文件或目录。Usageunlink(x,recursive=FALSE,force=FALSE,expand=TRUE)Arguments参数【x】：包含要删除的文件或目录名称的字符向量。参数【recursive】：逻辑值。应该递归地删除目录吗?参数【force】：逻辑值。是否应该更改权限(如果
ALittleHigh·2024-01-10 15:56

气象数据数据处理实例——matlab字符串切割匹配与R语言日期匹配（数据拼接）

很久以前的做过的东西，想想还是扔过来复习记录一下。任务：验证天气预报温度数据准确性，即将天气预报数据与当日观测站数据对比数据处理目标：将气象站点的观测数据与爬取的预报数据匹配并拼接，便于后续的预报准确率处理。图1观测气象站点数据图2爬取的天气预报数据下面开始：台站提取手头上的天气预报数据为38×3=114个，以地点拼音命名，如"akesu.csv",站点数据95个，以站号命名，如"50136.xl
什么都不会的张同学·2024-01-10 15:25

R语言问题解决：拆分字符串想得到一个data.frame

问题描述：R语言中，传统的字符串拆分的方法strsplit（）对于一个数据框的一列的字符串进行拆分的时候。会得到一个list的返回结果，但是这个结果实际上并不是我想要的，我想要的是数据框的返回结果。
今天也是个妖精头子呀·2024-01-10 15:54

R语言c(字符串),R语言中的字符串函数(部分)

用于字符串分割的函数：如strsplit('123abcdefgabcdef','ab')[[1]][1]"123""cdefg""cdef"#字符串连接：paste()#paste(...,sep="",collapse=NULL)#字符串分割：strsplit()#strsplit(x,split,extended=TRUE,fixed=FALSE,perl=FALSE)#计算字符串的字符数：
伊小小·2024-01-10 15:53

R语言使用strsplit函数基于指定字符或者字符串分割字符串

R语言使用strsplit函数基于指定字符或者字符串分割字符串目录R语言使用strsplit函数基于指定字符或者字符串分割字符串
sdgfbhgfj·2024-01-10 15:52

R语言中将字符向量或者字符列表按字符串长度排序的方法

核心思路：将字符向量或者字符列表转化为数据帧，利用dplyr包的arrange函数排序。示例如下：#1.初始化测试数据attr<-"ThisprocedurereadtheBallMapperobjectfromfile.Theparameterofthefileisfilename.Weassumethatfiles:filename_verticesfilename_edgesfilename
爱数吧(idata8.com)·2024-01-10 15:49

R语言【base】——strsplit()：将字符向量的元素根据对子字符串的匹配拆分为子字符串。

Packagebaseversion4.2.0Usagestrsplit(x,split,fixed=FALSE,perl=FALSE,useBytes=FALSE)Arguments参数【x】：字符向量，其中的每个元素将被拆分。其他输入，包括一个因子，将报错。参数【split】：包含用于分割的正则表达式（除非参数【fixed】=TRUE）的字符向量（或可以强制为这样的对象）。如果出现空匹配，特别
ALittleHigh·2024-01-10 15:18

R语言【utils】——stack()：从数据帧或列表中堆叠或解堆叠向量

Packageutilsversion4.2.0Description堆叠向量将多个向量连接成单个向量，并加上一个指示每个观察来源的因子。解除堆叠将反转此操作。Usagestack(x,...)##DefaultS3method:stack(x,drop=FALSE,...)##S3methodforclass'data.frame'stack(x,select,drop=FALSE,...)un
ALittleHigh·2024-01-10 15:18

R语言ggplot2可视化多项式曲线、多项式方程以及多项式模型评估指标R方：使用ploynom包拟合三阶多项式模型

R语言ggplot2可视化多项式曲线、多项式方程以及多项式模型评估指标R方：使用ploynom包拟合三阶多项式模型目录
statistics.insight·2024-01-10 13:56

R语言【base】——rep()：复制向量和列表的元素

Packagebaseversion4.2.0Descriptionrep复制参数【x】中的值。它是一个泛型函数，这里描述了(内部)默认方法。对于两种常见情况，rep.int和rep_len是更快的简化版本。在内部，它们是泛型的，因此可以为它们定义方法。Usagerep(x,...)rep.int(x,times)rep_len(x,length.out)Arguments参数【x】：一个向量（任
ALittleHigh·2024-01-10 10:29

R语言快速学习笔记

1、R语言赋值使用的是左箭头<-符号。2、变量名可以.号开头，但是要注意.号开头后面不能跟着数字。
RS&·2024-01-10 10:51

R语言【PseuAbs】——wsl.samplePseuAbs()：使用各种策略对伪缺席进行采样

PackagePseuAbsversion0.1.0Description这是一个灵活的函数，使用不同策略来完成伪缺席采样和具有灵活距离约束的稀疏存在采样和伪缺席采样。这是pseudoabs包的核心功能。Usagewsl.samplePseuAbs(n=10000,env.stack,type="geographic",add.strat=0,pres=numeric(),taxon=charac
ALittleHigh·2024-01-10 10:51

R语言【raster】——nlayers()：统计图层数量

Packagerasterversion3.6-20Description获取Raster*对象的层数，通常用于(多层)RasterStack或RasterBrick对象。Usagenlayers(x)Arguments参数【x】：Raster*对象。Value整数值。
ALittleHigh·2024-01-10 10:13

R语言【utils】——combn()：生成n个元素的所有组合，每次取m个

Packageutilsversion4.2.0Description生成x中所有元素一次取参数【m】的组合。如果参数【x】是一个正整数，则返回seq(x)中每次取参数【m】个元素的所有组合。如果参数参数【FUN】不为NULL，则对每个点应用参数给出的函数。如果参数【simplify】为FALSE，返回一个列表;否则返回一个数组，通常是一个矩阵。如果指定参数【...】，则不加修改地传递给参数【FU
ALittleHigh·2024-01-10 10:13

R语言【base】——apply()：在数组边距上应用函数

Packagebaseversion4.2.0Description返回通过将函数应用于数组或矩阵的边距而获得的向量或数组或值列表。Usageapply(X,MARGIN,FUN,...,simplify=TRUE)Arguments参数【X】：一个数组，包括一个矩阵。参数【MARGIN】：一个给出下标的向量，函数将作用于这个下标。例如，对于矩阵，1表示行，2表示列，c(1,2)表示行和列。其中参
ALittleHigh·2024-01-10 10:13

R语言【base】——在列表或向量上应用函数

Packagebaseversion4.2.0Descriptionlapply返回与参数【X】长度相同的列表，其中的每个元素都是将参数【FUN】应用于参数【X】的相应元素的结果。sapply是lapply的用户友好版本和包装器，默认情况下通过应用simplify2array()返回一个向量、矩阵，如果simplify="array"，则在适当情况下返回一个数组。sapply(x,f,simpli
ALittleHigh·2024-01-10 10:43

R语言【sp】——spsample()：在一个空间对象随机取样坐标点

Packagespversion1.5-0Description使用规则或随机采样方法对正方形区域、网格、多边形或空间线上的点位置进行采样；所使用的方法假设所使用的几何形状不是球形的，因此对象应该在平面坐标中。Usagespsample(x,n,type,...)makegrid(x,n=10000,nsig=2,cellsize,offset=rep(0.5,nrow(bb)),pretty=T
ALittleHigh·2024-01-10 10:43

R语言【base】——list.files()：生成命名目录中文件或目录名称的字符向量

Packagebaseversion4.2.0Parameterslist.files(path=".",pattern=NULL,all.files=FALSE,full.names=FALSE,recursive=FALSE,ignore.case=FALSE,include.dirs=FALSE,no..=FALSE)dir(path=".",pattern=NULL,all.files=F
ALittleHigh·2024-01-10 10:42

R语言【sp】——SpatialPoints()：创建类SpatialPoints或SpatialPointsDataFrame的对象

Packagespversion1.5-0Description从坐标或数据帧的坐标创建类SpatialPoints-class或SpatialPointsDataFrame-class的对象。UsageSpatialPoints(coords,proj4string=CRS(as.character(NA)),bbox=NULL)SpatialPointsDataFrame(coords,dat
ALittleHigh·2024-01-10 10:38

R语言学习笔记_03

统计分布和描述性统计分析概率函数通常用来生成特征已知的模拟数据，以及在用户编写的统计函数中计算概率值。常见分布d=密度函数(density)：是一个描述随机变量在某种分布下的概率密度p=分布函数(distributionfunction)：随机变量的取值落在某个区域之内的概率(密度函数在该区域上的积分)q=分位数函数(quantilefunction)：输出某种分布的指定分位点值r=生成随机数(随
nnlrl·2024-01-10 08:57

【R语言爬虫】使用rvest包爬取豆瓣读书Top 250，仅需50行代码（速度挺快）

【R语言爬虫】使用rvest包爬取豆瓣读书Top250，仅需50行代码（速度挺快）爬取目标书名，作者，出版社，时间，价格https://book.douban.com/top250?
Dream of Grass·2024-01-10 07:29

举个栗子！Tableau 技巧（201）：在 Prep 中调用 Python 处理复杂数据

TableauPrep正在被越来越多的数据粉使用，作为专业的数据准备工具，Prep提供了常用的数据处理功能，例如分组、转置、计算等，还提供了对R语言和Python脚本的支持。
阿达_优阅达·2024-01-10 07:53

生信星球day4-齐晓鹏学习笔记

2.R语言软件简单使用1.plot是R中的基本画图工具，直接plot(x)，x为一个数据集，就能画出图。
齐晓鹏·2024-01-10 06:34

R语言学习入门（一）

什么是R语言R语言是一种用于统计分析和图形表示的编程语言和环境。它由新西兰奥克兰大学的统计学家RossIhaka和RobertGentleman开发，并于1993年首次发布。
亦旧sea·2024-01-10 05:44

R语言数据结构-向量

R语言数据结构主要有以下四种：1.向量2.数据框3.矩阵4.列表最好理解的是数据框，数据框约等于“表格”第一个约等于：数据框是R语言里的一个数据，没办法用其它软件去打开一个R语言内部的数据，通常的表格是一个文件
Ashu·2024-01-10 02:36

[原创][R语言]股票分析实战[9]:周内第N天转换为星期N因子

[简介]常用网名:猪头三出生日期:1981.XX.XXQQ联系:643439947个人网站:80x86汇编小站https://www.x86asm.org编程生涯:2001年~至今[共22年]职业生涯:20年开发语言:C/C++、80x86ASM、PHP、Perl、Objective-C、ObjectPascal、C#、Python开发工具:VisualStudio、Delphi、XCode、Ec
我不是代码教父·2024-01-09 20:24

R语言专题班（直播：2023.9.9~9.10）

茗创科技专注于脑科学，涵盖（EEG/ERP，fMRI，结构像，DTI，ASL，FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑科学课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（微信号MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。★课程简介★R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制
茗创科技·2024-01-09 20:36

如何删除有90%以上一致性的序列

了解到生物信息学要有编程基础，尤其是要会一门编程语言，例如：R语言、Python、P
天明豆豆·2024-01-09 18:40

R语言ggplot2堆积柱形图添加误差线的简单小例子

最近有人在公众号后台留言问到这个问题，今天的推文介绍一下ggplot2做堆积柱形图并添加误差线的办法完整代码'''堆积柱形图添加误差线'''getwd()library(ggplot2)library(dplyr)library(see)df%na.omit()%>%group_by(species,sex)%>%summarise(mean_value=mean(bill_length_mm),
小明的数据分析笔记本·2024-01-09 18:16

geodetector （地理探测器）等包被CRAN移除；R语言安装程序包时显示“退出狀態的值不是0”

安装geodetector包时报错：Warningininstall.packages:package‘geodetector’isnotavailableforthisversionofR手动安装显示：安装程序包‘D:/R/geodetector_1.0-4.tar.gz’时退出狀態的值不是0解决方法：1.安装Rtool:1.1下载安装去官网下载rtool:RTools:Toolchainsfo
小咖~·2024-01-09 17:55

R语言使用小技巧

1.使用R语言在保存文件的过程中，如果保存的文件是这样的，比如：只需要在代码种加上如下参数：row.names=FALSE,quote=FALSE即可write.table(df1,file="a.txt
不懂python不懂R·2024-01-09 13:40

R语言(12)：绘图

12.1创建图形12.1.1plot函数plot(c(1,2,3),c(1,2,4))plot(c(1,2,3),c(1,2,4),"b")plot(c(-3,3),c(-1,5),"n",xlab="x",ylab="y")12.1.2添加线条：abline()函数x=x1&savexy2)){print("Yvalueoutsidefirstbox");return()}x2mnx1<-x2-
Oasis of the World·2024-01-09 13:09

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程

详情点击链接：R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程前沿R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
慢腾腾的小蜗牛·2024-01-09 13:36
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