生物群落

推进农业可持续发展：AI在综合土壤质量指数开发中的作用

理解微生物群落如何对管理实践做出反应，可以提高我们预测土壤质量轨
AI智能说·2024-08-30 12:05

医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读

而微生物组学，则致力于解析宿主体内外微生物群落的结构、功能及其与宿主的相互作用，体现了微生物与
Magigene·2024-08-27 10:28

菌群+代谢+QIIME2基因云，联手助力JHM土壤新作！

本研究使用派森诺基因云的微生物组QIIME2分析平台（www.genescloud.cn），并通过菌群+代谢的多组学整合研究方法，主要探讨了3个问题：在Cd污染土壤中，应用聚合物改良剂对土壤生物多样性和微生物群落演替的影响是
菌小落·2024-08-26 16:28

R语言microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包（构建microeco对象。

R语言microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包。主要功能R6类;分类群丰度图，维恩图，Alpha多样性，Beta多样性，差异丰度分析，环境数据分析，零模型分析，网络分析，功能分析。
还是要前进啊·2024-03-18 20:30

通过重建农业用水分配系统中的微生物群落来控制电化学生物膜（微生物菌群多样性案例）

其他微生物菌群多样性案例解读：亚热带森林土壤细菌和真菌群落对氮沉降的不同响应mp.weixin.qq.com【期刊】JournalofHazardousMaterials（IF9.3038）【作者单位】中国农业大学水利与土木工程学院【DOI号】10.1016/j.jhazmat.2020.123616前情提要：生物膜是整合的多物种细胞群体，它们嵌入自我产生的细胞外聚合物（EPS）基质中。生物膜的存
f70420f979c3·2024-02-13 14:05

GEE——巴西年度土地覆盖下载和地图展示（Mapbiomas 集成包）内含使用教程和下载链接

巴西年度土地利用和土地覆盖制图项目是一项涉及生物群落、土地利用、遥感、GIS和计算机科学专家的协作网络的计划，这些专家依靠Google地球引擎平台及其云处理和自动分类器功能来生成巴西的年度土地利用和土地覆盖时间序列
此星光明·2024-02-12 15:41

GEE数据集——巴西年度土地覆被和利用地图

巴西年度土地覆被和利用地图ç巴西年度土地利用和土地覆被制图项目是一个由生物群落、土地利用、遥感、地理信息系统和计算机科学专家组成的合作网络，依靠谷歌地球引擎平台及其云处理和自动分类功能生成巴西年度土地利用和土地覆被时间序列
此星光明·2024-02-12 15:39

一篇医学微生物组16S测序文章必备的六张图 | 微生物专题

OTU（OperationalTaxonomicUnits，操作分类单元）是过去在微生物群落多样性研究中非常重要的一个概念，是
Seurat_Satija·2024-02-10 06:00

基于R语言的微生物群落组成多样性分析——物种丰度计算及可视化

引言    在对样本的微生物群落组成多样性分析过程中，除了Alpha多样性与Beta多样性的分析，最重要的一个部分就是对样本中微生物具体的群落结构组成情况进行分析。
科研那点事儿·2024-02-10 01:26

茅台酒为什么能赚钱？

探索其奥秘，还是先从茅台酒的出生地说起...一、地域环境茅台酒出生于贵州省遵义市仁怀市，建于赤水河上游0，水质好、硬度低、微量元素含量丰富，且无污染，加上千年酿造环境，使空气中充满了丰富而独特的微生物群落
小肚腩_e54a·2024-02-09 21:52

R语言|绘制NMDS图

与PCoA相似，NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析，但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。来看看R
维凡生物·2024-02-02 08:23

粪便菌群移植出新药丸了？

来自健康捐赠者的粪便，通过结肠镜检查并研究发现了可以帮助恢复平衡的肠道微生物群落，他们可以帮忙消除潜在的致命感染。
英格恩·2024-02-01 00:18

课堂里不教的适者生存课，家长要给孩子补上

在海平面下两三千米处一片黑暗，海底热液喷涌处水温高达三四百摄氏度，在这样的环境里居然还有长管虫、蠕虫、蛤类、贻贝类，还有蟹类、水母、藤壶等特殊的生物群落。它们生活的如此怡
作家李媛媛·2024-01-30 13:07

Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

用途：Reads是元基因组学分析的起点，通过对其进行质量控制和初步分析，可以获得有关微生物群落的信息，包括物种组成、功能注释等。但由于其短小的长度，Read
WDPLA·2024-01-22 15:18

Current Biology|宏病毒组揭示宿主-病毒种群之间的长期动态关系

病毒是地球上最普遍的生物体，但是，要阐明病毒对微生物群落和相关生态系统过程的影响仍然存在巨大挑战——必须确定明确的宿主-病毒联系。
SHANGHAILINGEN·2024-01-16 10:14

高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍，安装和使用方法

HipMer（全称High-PerformanceMetagenomeAssembler）利用先进的算法和并行计算技术来高效地组装大基因组或复杂微生物群落（即宏基因组）的序列数据。
小果运维·2024-01-16 06:54

微生物群落 文献阅读笔记

PatternsandProcessesofMicrobialCommunityAssembly壹微生物群落组装过程的统一理论一、群落理论的框架1.Diversification2.Selection3
芜穀杂粱·2024-01-15 13:43

盗贼遗产2（Rogue Legacy 2）游戏介绍/游戏攻略分享

制作组还针对生物群落进行全面开发，使RL2中的每个区域都焕然一新。每个生物群落都采用不同的“构建
花七喜·2024-01-14 16:22

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图

详情点击链接：R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图前沿R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
夏日恋雨·2024-01-13 09:45

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程

详情点击链接：R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程前沿R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
夏日恋雨·2024-01-11 19:31

蜜蜂遗传学在社会传播中塑造肠道微生物群的菌株结构

虽然微生物群落相对稳定，但已
09eb862dd2cf·2024-01-10 09:30

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程

详情点击链接：R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图教程前沿R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
慢腾腾的小蜗牛·2024-01-09 13:36

肠道菌群失衡，问题很严重，4个方法让你回归肠道健康

顾名思义，肠道菌群是寄居在人体肠道内微生物群落的总称。肠道菌群为什么有如此大的能耐，可以左右我们的喜怒哀乐？
兮言惜语9·2024-01-08 23:18

微生物群落组装过程（assembly processes）

一、微生物群落组装机制两种生态过程理论（基于生态位过程理论和中性过程理论）共同描述微生物群落形成（组装）机制。生态位理论假设物种特征、物种间相互作用和环境条件等确定性因素控制着群落结构和代谢功能。
生态笔记·2024-01-08 10:06

原创||宏基因组干货分享专题———组装

就是一个微生物群落里面的全部DNA被提取出来，然后被随机进行剪断、测序，得到一系列短序列；把这些短的序列拼接成连续的长序列过程就叫组装。简单点说就是从短序列拼接
bioDeep·2024-01-07 12:44

真核微生物基因序列鉴定工具EukRep工具的安装和详细使用方法

它基于16SrRNA基因序列，可以帮助研究人员确定和分类环境样品中存在的真核微生物群落。
小果运维·2024-01-06 09:31

微生物多样研究—β多样性分析概述

一、β-多样性分析介绍1.β（Beta）Diversity：是对不同样品/不同组间样品的微生物群落构成进行比较分析。
JarySun·2024-01-06 00:14

聚类分析6—指示物种（数量生态学：R语言的应用 第四章）

指示物种今天我们来学习第四章聚类分析中指示物种的内容，本部分内容主要有两个部分：IndVal:指示物种值相关类型的指数1.概念首先我们来大致了解一下：在应用生态学中，生态保护和管理专家，经常需要寻找快速评估或者预测某一区域的环境类型，以评估活的生物群落的类型
fafu生信小蘑菇·2024-01-02 23:00

微生物群落多样性测序与功能分析

微生物群落测序是指对微生物群体进行高通量测序，通过分析测序序列的构成分析特定环境中微生物群体的构成情况或基因的组成以及功能。
Seurat_Satija·2023-12-30 05:53

细菌微生物多样性研究—16S V34 vs V4测序结果大揭秘—土壤篇

微生物群落多样主要包括物种多样性、遗传多样性和功能多样性。在环境、能源、食品与疾病医疗等诸多领域有着广泛的研究与应用。
诺禾致源·2023-12-25 12:58

Paper-44 认识微生物群落如何影响其栖息系统 (Nature Microbiology, review, 2018) 2021-01-29

Understandinghowmicrobiomesinfluencethesystemstheyinhabit作者：EdK.Hall作者单位：ColoradoStateUniversity,FortCollins,CO,USAimage.png摘要：转换关于微生物群落
RashidinAbdu·2023-12-24 16:59

微生物，包括潜在的病原体，通过雾从海洋传播到陆地

关于雾的生物学，包括生活在雾滴中的微生物群落，以及它们如何在
wumingzhi111·2023-12-24 15:07

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图实践技术

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
weixin_贾·2023-12-20 13:09

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图丨R语言基础、tidyverse数据清洗、多元统计分析、随机森林模型、回归及混合效应模型、结构方程模型、统计结果作图

R语言的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
小艳加油·2023-12-20 06:01

R可视化——Mantel test分析及可视化

    此前我们已经讲过了如何使用R语言计算两列数据相关性的分析方法，今天，我们来看一种检验两个矩阵相关关系的方法——Manteltest方法，这种分析方法可用在植物微生物群落与生态环境之间相关性的检验以及人体肠道微生物群落与人体疾病相关性检验等领域
科研那点事儿·2023-12-18 02:29

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图实践技术应用

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
梦想的初衷~·2023-12-16 19:35

基于BWA，Bowtie2，samtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比

计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。
小果运维·2023-12-16 18:28

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图实践技术应用

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
思考的小猴子·2023-12-16 14:15

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图实践技术应用

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
Mr.靳靳477302280·2023-12-16 12:24

基于R语言的微生物群落组成多样性分析——共线性网络分析

    之前有一位粉丝后台留言说能不能出一期有关于共线性网络的文章，说实话，小编之前只在文献中看到过这类图，对于其原理也是迷迷糊糊。看了好多别人写的文章，根据大佬们的思路，我也大致整理了一些代码，希望能对大家有所启发。话不多说，直接上正文吧！1、前期准备rm(list=ls())#clearGlobalEnvironmentsetwd('D:\\桌面\\共线性网络分析')#设置工作路径#安装包in
科研那点事儿·2023-12-06 13:50

Trends in Ecology Evolution|作物驯化导致其共生土壤有益微生物的丢失

虽然植物驯化过程带来更大个体的作物，但这一过程通常会对植物微生物群落产生负面影响，使驯化植物比其野生亲缘植物更依赖化肥和其他土壤改良剂。
PaperRSS·2023-12-05 10:47

2019-07-09

宏基因组：宏基因组研究以环境中所有微生物基因组为研究对象，通过对环境样品中的全基因组DNA进行高通量测序，获得单个样品的饱和数据量，基于denovo组装进行微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能
YX_Andrew·2023-12-02 22:47

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候
felix108·2023-12-01 07:01

最后的告别：微生态揭示饥饿的秘密

这篇文章调查了甲壳纲的浮游生物水蚤在饥饿致死过程中（接近死亡，死亡，消亡）与其相关的微生物群落的动态变化。营专性寄生的微生物在宿主死亡后也消亡
周运来就是我·2023-12-01 03:49

QIIME2进阶六_QIIME2训练分类器及物种注释

本教程旨在探讨人源化小鼠的遗传背景影响微生物群落的假设。然而，我们还需要考虑其他可能驱动微生物结构而不是小鼠基因型的混杂因素。在本节中，我们将探索样本的物种组成情况。这个
环微分析·2023-11-26 18:24

QIIME2进阶二_元数据及数据导入QIIME2

本教程旨在探讨人源化小鼠的遗传背景影响微生物群落的假设。今天，我们先从示例元数据及数据的导入开始介绍。01元数据(Metadata)在开始任何分析之前，熟悉元数据很重要。在本研究中，元数据
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶三_用QIIME2实现对数据的质量控制

本教程旨在探讨人源化小鼠的遗传背景影响微生物群落的假设。然而，我们还需要考虑其他可能驱动微生物结构而不是小鼠基因型的混杂因素。序列质量控制和特征表Sequencequali
环微分析·2023-11-26 18:54

QIIME2进阶五_QIIME2扩增子基因序列多样性分析

本教程旨在探讨人源化小鼠的遗传背景影响微生物群落的假设。01Alpha和Beta多样性分析Alphaandbetadiversityanal
环微分析·2023-11-26 18:54

R语言生物群落（生态）数据统计分析与绘图

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
xiao5kou4chang6kai4·2023-11-08 22:09

R语言生物群落数据统计分析应用实践技术

R语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。
zmjia111·2023-11-08 02:05
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