read_counts

read_counts转FPKM（基于gtf和read_counts文件）（exon）

大家可以看最新版https://blog.csdn.net/qq_26012913/article/details/111939262?spm=1001.2014.3001.5501首先我们要把gtf文件中的exon抓取出来grep"exon"genome.gtf>genome_exon.gtf然后提取genome_exon.gtf文件中的gene的exon的长度和得到我们想要的gene的长度py
离子回旋·2023-12-27 15:46

纯Python read_counts 转FPKM v2

重新写了一个由reads_counts转FPKM矩阵的脚本，之前的那一般只适用于18个样本的，这里更新了一下，没有样本限制了。还是分为3步：grep"exon"genome.gtf>genome_exon.gtfpythoncount_genelen_from_gft.pygenome_exon.gtfgene.lenpythonCaculate_FPKM.pymapped_gene_number
离子回旋·2022-12-14 01:19
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