FPKM

06高通量测序-RPKM,FPKM,and TPM

RPKM,FPKM,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read
不到7不改名·2024-02-13 20:56

单细胞数据挖掘(10a)-基于FPKM标准化的单细胞差异分析

基于FPKM标准化的单细胞差异分析李申锁2020/9/12前言：使用GSE81861提供的数据，比较CRC肿瘤上皮细胞与正常上皮细胞的差异。GEO提供了count与fpkm两种数据。笔记内容先用官方的
北欧森林·2024-02-10 06:08

RPKM,FPKM,and TPM

RPKM,FPKM,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read
Seurat_·2024-02-09 03:17

RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客

RPKM，FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去，当您进行RNA测序时，您以RPKM（ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion
Seurat_Satija·2024-02-01 03:24

单细胞36计之29- RPKM,FPKM,and TPM是什么

RPKM,FPKM,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化
Seurat_Satija·2024-01-26 23:02

【R>>Mfuzz】时间序列分析

输入数据：归一化后的counts或者FPKM/TPM数据都可以。
高大石头·2024-01-24 14:30

TPM、RPKM与FPKM相互转换

前提知识点RPKM,FPKM,TPM区别www.plob.org图标计算公式FPKM、RPKMReadsPerKilobaseofexonmodel
Seurat_Satija·2024-01-23 18:39

CPM做差异分析

一般对于count数据做差异分析，我们通常优先选用edgeR或者DESeq，是因为这两个软件更容易接受整型的matrix，那么countmatrix显然符合我们的要求，那么如果是TPM，FPKM，CPM
小潤澤·2024-01-09 02:36

StatQuest学习笔记25——差异表达分析

RPKM等均一化的局限edgeR与DESeq2这两种方法并不使用RPKM，FPKM，TPM等方法来进行均一化，edgeR与DES
backup备份·2024-01-01 13:02

Featurecount to RPKM计算

参考：基因长度之多少HtseqCountToFpkm由公式可知，知道了featurecountcount矩阵，同时有基因长度信息，可以计算RPKM.FPKM=readcounts/(mappedreads
caokai001·2023-12-30 12:23

read_counts转FPKM（基于gtf和read_counts文件）（exon）

大家可以看最新版https://blog.csdn.net/qq_26012913/article/details/111939262?spm=1001.2014.3001.5501首先我们要把gtf文件中的exon抓取出来grep"exon"genome.gtf>genome_exon.gtf然后提取genome_exon.gtf文件中的gene的exon的长度和得到我们想要的gene的长度py
离子回旋·2023-12-27 15:46

转录组入门学习（五）

格式对bam文件进行排序去除比对得分较低的序列如果需要，可以去除重复reads2.STAR+RSEM（先比对，再定量，耗时长）输出结果可以选择转录本定量或者基因定量定量单位包括featurecount,FPKM
杨亮_SAAS·2023-12-16 19:45

RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)

前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用snakemake写了一个简单的从rawdata到FPKM的流程。
李诚0921·2023-11-27 23:29

RPKM, FPKM 和 TPM

目前常用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion),FPKM(FragmentsPerKilo
顺昕如意·2023-11-05 15:25

数据可视化 | 聚类热图

1数据准备第一列，gene_id，后面是重复，3个重复，我的共4个处理数据，12组2导入数据#文件所在位置setwd("I:FPKM")librar
小杜的生信筆記·2023-10-28 13:30

2021-12-26 测序 TPM

TPM与RPKM和FPKM是相似的，但是其对测序深度和基因长度归一化的顺序不一致，得到的结果也略有差别。Step1:对每个基因的长度进行归一化。
一去二三·2023-10-27 03:46

TCGA FPKM 转化为 TPM

FPKM一般来说不太好用，转为TPM进行后续的分析比较合适。
547可是贼帅的547·2023-10-23 14:27

单细胞36计之31---RPKM、FPKM、TPM

简写RPKM:ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads(每千个碱基的转录每百万映射读取的reads)FPKM:FragmentsPerKilobaseofexonmodelperMi
Seurat_Satija·2023-10-23 07:33

R中常用函数使用说明——持续更新

1.提取不同列的内容组成新变量——常用于分组信息的设置#提取指定列的内容#对数据中的Gene.ID和FPKM两列数据进行提取m3108.FPKM1)#提取显著上升的相关数据significant_up_genes1
垚垚爸爱学习·2023-10-11 04:33

使用DEseq2计算FPKM后计算TPM

使用DEseq2对RNA-seq数据进行分析，并计算FPKM和TPM。该过程使用GenomicFeatures包获取外显子长度，并计算非重叠外显子长度之和作为基因长度。
纵纵纵小鸮·2023-09-30 00:32

基因长度并不是end-start

需求tpm、fpkm这样的数据，计算公式里都有“基因有效长度”，有些地方直接叫基因长度。之前计算这些，都是采用最快的方式—找豆豆。今天想要把这部分逐渐加到课程里，我就必须要研究一下基因长度这个东东了。
小洁忘了怎么分身·2023-08-31 20:47

高通量测序的前世今生

问题如下：芯片里面用RMA方法标准化的方法是以FPKM作为标准么？基因芯片和转录组测序是完全两个不同的东东，其背后的技术原理各位生信爱好者，小编觉得还是需要搞清楚的。
研平方·2023-08-31 06:23

生信小白教程之Count转TPM，FPKM

相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。卖家秀然而，然而，，我们得到的确实这样滴买家秀这，这，花红柳绿的什么玩意！！！！大家表示很吃惊，一看文献原文，是专门挑出了差异基因，难怪这么好看，此时第一想到的就是测序公司客服，（微信问）在吗？好久不见回复（人家还有大单子，跑你这长途还不够油钱）；
生信宝库·2023-08-24 08:00

关于数据为什么取log作图？

这里给出三张图可以直观的看出：1.不做处理不做处理**2.进行log2(FPKM+1)**log2(FPKM+1)3.log10(FPKM+1)log10(FPKM+1)无论是取log还是+1都是为了作图方便
食品猪的生信鸡·2023-08-24 07:22

初学单细胞转录组差异分析

1这个GEO提供的是分析好的csv文件，分为FPKM与COUN
小贝学生信·2023-08-16 07:47

一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程

前言：今早看到一篇博文，提到了FPKM与TPM间转化。我自己也系统的再次进行整理一下（PS：自己前期的基础不是很牢固，基本只是使用Count和FPKM，其它的表达丰度基本没涉及）。
小杜的生信筆記·2023-07-31 21:59

差异表达基因分析概念篇

一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平，所以基因表
斗战胜佛oh·2023-07-30 07:41

文章

RPKM与FPKM的区别：RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据，FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。
鬼孑孓·2023-07-26 09:49

TCGA 更新后矩阵整理方式

最近TCGA更新了，下载研究一下，我们从TCGA下载STAD的数据，选择其中的一个打开，发现了一个好消息那就是矩阵的整合难度降低了，而且提供TPM以及FPKM还有校正的count以及gene_name其实整理起来比较简单
爱吃西瓜的呆鹅·2023-07-22 15:17

拿到FPKM文件后该怎么转录组下游分析

文献标题是:OncogeniclncRNAdownregulatescancercellantigenpresentationandintrinsictumorsuppression不过不需要看文章，大家只需要做差异分析即可，这个时候需要注意的是，作者提供的是RPKM值表达矩阵！6个样本，分成2组，是RPKM值表达矩阵，做差异分析，看GO通路，跟文章比较作业:(f)EnrichmentofGObi
Seurat_Satija·2023-07-21 20:57

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj2020/10/11ssGSEA算法原理及应用基本原理实例演示1.数据清洗和整理1.2FPKM转为TPM2.获得基因集3.运行ssGSEA得到得到单个样本在不同基因集中的ES基本原理1
庄小尽·2023-04-21 21:02

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj2020/10/11ssGSEA算法原理及应用基本原理实例演示1.数据清洗和整理1.2FPKM转为TPM2.获得基因集3.运行ssGSEA得到得到单个样本在不同基因集中的ES基本原理1
庄小尽·2023-04-21 21:01

count,FPKM,TPM,CPM

readcounts比对到基因的reads数目；rawcount为差异表达分析的输入数据，Deseq2等差异分析软件内部有标化方法。RPKM:ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreadsRPKM=(1000000readcounts)/(mappedreadsgenelength/1000)RPKM能够消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响
超级无敌大蜗牛·2023-04-21 08:07

获取基因有效长度的N种方法

在RNAseq的下游分析中，一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后续的展示或分析，其定义和计算公式在我之前的文章中有所总结CountsFPKMRPKMTPM
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-20 05:09

Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化

一、什么是RPKM、FPKM、TPM、CPMRPKM,FPKMandTPM,clearlyexplained-StatQuest!!!
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-19 18:55

2022-04-25 TCGA下载(XENA)、ID转化等问题

预后信息下载可使用：Curated版本（在TCGA下面），表达矩阵可使用GDC版本的FPKM（在GDC）下面（如TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz，实际下载的是log(FPKM+1)
青蒿素2·2023-04-18 19:28

FPKM_cutoff

原文：http://www.dxy.cn/bbs/thread/38676704#38676704FPKM_cutoffMeaningfulFPKMcutoff?
superqun·2023-04-16 09:28

DEseq2 计算FPKM和FC值

R#install.packages("BiocManager")#BiocManager::install('DESeq2')#BiocManager::install("GenomicFeatures")library("DESeq2")###dataincountDataraw=10)>=3#过滤低表达基因，至少有3个样品都满足10个以上的reads数dds<-dds[keep,]dds<-
一直想要成为大牛的科研狗·2023-04-15 00:08

转录组分析5——差异表达分析

image.png差异表达分析内容：•基因表达量的标准化方法及可视化➢counts，RPKM，FPKM，TPM➢PCA图、热图等•差异表达分析及可视化➢limma-voom，edgeR，DESeq2➢差异基因的热图和火山图
猪莎爱学习·2023-04-09 07:12

如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM

如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．HtseqCountToFpkm２．
生信start_site·2023-04-06 08:25

关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解

背景feature定义：基因组上对具有不同性质区域的定义(例如：gene/exon/intron/miRNA等)。优点：利于分类整理结果。两类测序bias长度bias：相同表达丰度的转录本，往往会由于其基因长度上的差异，导致测序获得的Read（Fregment）数不同。总的来说，越长的转录本，测得的Read（Fregment）数越多。测序深度bias：由测序文库的不同大小而引来的差异。即同一个转录
模拟数据X·2023-04-04 17:52

如何生成WGCNA分析所需的临床表型信息

在前几篇学习笔记里，我得到了TCGA数据库里的count矩阵（整合gdc-client批量下载的文件），并且把它转化成了FPKM（如何
生信start_site·2023-04-01 16:54

【转录组】文库数据标准化方法RPKM FPKM TPM CPM RPM（理论篇）

文库标准化的目的RNA-seq每个基因的长度和深度均不相同，所以需要对基因的长度和测序深度进行Normalize输入一个ReadCount的数据矩阵（行为基因，列为样本）。第一种RPKM(适合于单端测序）这个就很简单粗暴地将基因的reads数除以测序reads数（去除测序深度效应）和基因长度（去除基因长度效应）RPKM是ReadsPerKilobaseperMillionmappedreads的缩
Geekero·2023-03-28 11:14

R-获取基因长度

通常，在计算TPM或RPKM/FPKM等基因表达量时，除了基因的counts信息外，我们还需要知道基因的长度。这里所用到的基因长度并不是某个基因在基因组上的完整长度。
尘世中一个迷途小书僮·2023-03-23 19:35

cufflinks安装的一些问题

Cufflinks程序主要根据Tophat的比对结果，依托或不依托于参考基因组的GTF注释文件，计算出(各个gene的)isoform的FPKM值，并给出trascripts.gtf注释结果(组装出转录组
Better_man1·2023-03-19 19:07

理解：RPM、RPKM、FPKM、TPM、DESeq、TMM、SCnorm、GeTMM、ComBat-Seq

文章目录前言为什么有不同的标准化表达单位（ExpressionUnits）理解ExpressionUnits和计算CalculationRPMorCPM例子：RPMorCPMnormalization使用PythonTool：[`bioinfokit`](https://github.com/reneshbedre/bioinfokit)RPKM(Readsperkilobasepermillio
万木春❀·2023-02-28 06:11

Count to TPM

先加载fpkm的表达数据load("D:/桌面/downstream_analyse/12_thca/fpkm/thca_fpkm.Rdata")fpkmToTpm<-function(fpkm){exp
庄小尽·2023-01-29 22:10

单细胞normalization

基本概念RPKM（readsperkilobasemillion)FPKM(fragmentsperkilobasemillion)TPM(transcriptspermillion)CPM(countspermillion
努力上进的三心草·2023-01-29 20:33

raw_count、tpm、fpkm、rpkm如何选择

转录组测序中常见的数据类型有：raw_count、tpm、fpkm、rpkm。
老实人谢耳朵·2023-01-18 09:48

RNA-SEQ转录组数据，由Count 计算TPM 和FPKM

1、先根据gtf文件提取基因的长度参考链接：https://blog.csdn.net/weixin_56259962/article/details/1231406302、根据count计算tpmrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)rawcount<-read.csv("C:/Users/Desktop/2cell.id.txt",skip=1,sep
佛系盼毕业·2023-01-18 09:18
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