转录组

2025.07.04【转录组】| RNA-seq 组装“瘦身术”——BBNorm 归一化处理

作者：穆易青|CSDN原创当你的RNA-seq原始读长文件动辄数百GB，组装器张口就要500GB+内存时，该怎么办？一种最经济、又几乎不丢掉有用信息的做法就是——数字归一化（DigitalNormalization）。本文将带你认识BBTools套件中的利器BBNorm，并手把手完成一次上百TB级别数据的“瘦身”实践。文章目录1.什么是数字归一化？2.BBNorm：BBTools家族中的“减肥大师

穆易青·2025-07-04 12:51

“组学”的数据结构与概念

核心特征：全局性(Global)：目标是对该分子层面尽可能完整的覆盖（如全基因组、全转录组、全蛋白质组），而非单个分子。

不秃的卤蛋·2025-06-25 18:36

空间转录组benchmark 相关读完scGPT spatial 和空间单细胞基因乳房细胞数据集文章之后

文章目录✅空间转录组测序方式总体划分成像型空间转录组（Imaging-basedST）原理：技术代表&特点：优点：局限：测序型空间转录组（Sequencing-basedST）原理：技术代表&特点：优点

victory0431·2025-06-24 07:19

转录组数据分析流程重磅升级（202407）

本流程用于转录组二代测序数据的标准分析，可生成表达量矩阵和测序数据质控结果。

简说基因-专业生信合作伙伴·2025-06-21 05:16

Trinity安装与使用-Trinity-v2.15.1（bioinfomatics tools-006）

01背景介绍以一篇中文为例，看转录组组装在一篇中文核心或者SCI期刊的地位。

让学习成为一种生活方式·2025-06-15 23:54

TCGA 数据分析实战 —— 突变及拷贝数分析

基因注释基因组变异可视化OncoPrintcircosplot部分区域可视化前言在介绍完TCGAbiolinks的查询下载和数据分析功能之后，我们简单展示几个示例，来练练手，加深对这个包的理解和使用我们主要从基因组、转录组和表观组

名本无名·2025-05-16 07:14

常见生信分析

转：https://mp.weixin.qq.com/s/fe9aZsgb-2U_s9Nvm4ImkA内容概览文章主要分为以下几个部分：TCGA数据挖掘GEO数据库挖掘单细胞全流程数据分析空间转录组分析多组学整合分析影像组学分析医学临床数据库介绍孟德尔随机化分析

请你喝好果汁641·2025-05-16 01:29

scanpy处理：使用自定义 python 函数读取百迈客空间转录组数据（百创智造S1000）

原本的版本用的怪怪的，定义了一个函数方便直接在解释器中使用。函数返回adata对象，示例代码如下：defread_bmk(input,input_png,library_id):importcv2importosadata=sc.read_10x_mtx(input,var_names='gene_symbols',cache=False)barcode_pos=pd.read_csv(os.pa

生信碱移·2025-05-09 00:17

scGPT-spatial：持续预训练scGPT用于空间转录组

空间转录组学已成为一种关键技术，可在细胞的空间环境中对其基因表达进行分析。公开可用的空间数据的迅速增长，为我们进一步理解驱动细胞命运决定和疾病进展的微环境提供了契机。

tzc_fly·2025-05-02 16:00

Visium HD 空间转录组分析探索之--细胞类型注释（RCTD解卷积）

前面一节经过基础分析后，我们得到了8umbin单细胞降维聚类结果，接下来就可以对上述降维聚类后的结果进行细胞类型注释了，细胞类型注释不管单细胞还是空间转录组都是非常重要的一步，如果对于细胞类型注释不准确

生信大杂烩·2025-04-25 05:38

生信初学者教程（九）：数据预处理

文章目录LIRI-JPLIRI-JP临床表型加载R包导入数据清洗临床数据清洗实验处理数据清洗样品信息数据输出结果LIRI-JP转录组加载R包导入数据数据清洗过滤基因输出结果TCGA-LIHCTCGA-LIHC

生信学习者1·2025-04-18 11:17

生信分析服务MR孟德尔随机化单细胞测序转录组数据分析网络药理学

将孟德尔随机化（MR）、单细胞测序、转录组数据分析和网络药理学结合，是当前生物信息学领域的前沿方法，尤其在疾病机制解析、靶点发现和药物研发中展现出巨大潜力。

matlabgoodboy·2025-04-06 14:30

常用的空间转录组分析工具

常用空间转录组分析工具（Omicverse、Seurat、Scanpy、SpaGCN）。

Ljugg·2025-03-28 21:41

使用R包rain检测基因表达的生物节律

本篇简介一个R包，rain，该包使用非参数方法来检测时间序列中的节律性，常用在基因组、转录组、蛋白质组或代谢组等生物测量数据中分析生物节律（例如昼夜节律或细胞周期）。

Mrrunsen·2025-03-28 08:36

基于多模态大模型的不完整多组学数据特征选择策略

在多组学数据中，通常包括不同层次的生物信息（如基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等），这些数据通常存在缺失、噪声或不一致的情况。

m0_65156252·2025-03-13 18:17

生物信息学工作流（Bioinformatics Workflow）：概念、历史、现状与展望？

随着高通量测序技术的普及和生物数据的爆炸式增长，生物信息学工作流在基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域中扮演着至关重要的角色。它不仅提高了数据分析的效率，还为生命科学研究提供了新的视角和方法。

lisw05·2025-03-08 06:22

基于python使用scanpy分析单细胞转录组数据

python的单细胞转录组数据结构说明：da

探序基因·2025-02-20 15:26

RNA-seq 差异分析的细节详解 (8)

引言本系列将开展全新的转录组分析专栏，主要针对使用DESeq2时可能出现的问题和方法进行展开描述。想要学习更多内容可以添加文末的学习交流群或客服QQ:941844452。

·2025-02-19 15:37

2025年了, 都哪些物种有空转数据？

都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|人类篇2023年了,都哪些物种有scRNA-Seq数据2024年了,都哪些组织有空转数据(小鼠篇)2024年了,都哪些组织有空转数据(人类篇)这次我们检索了空间转录组文章中包含除了人类

Biomamba生信基地·2025-02-15 13:38

bulk-seq数据和单细胞数据的联合分析

作者，EvilGenius随着现在研究的不断深入，越来越多的情况需要我们对多种数据的联合分析，其中在单细胞没有出来之前，普通转录组（bulk-seq）的测序结果是非常多的，也解决了我们很多的生物学问题，

追风少年ii·2025-01-31 09:50

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用...

GeneSetTestingforRNA-seq-fgsea教程RNA-seq是利器，大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据，所以RNA-seq的分析需求应该是很大的（大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧

weixin_30294709·2025-01-28 18:30

利用MetaNeighbor验证重复性和跨物种分群

library(ggplot2)library(MetaNeighbor)library(SingleCellExperiment)library(dplyr)导入数据这里以海豚和两个公开人的PFC脑区单细胞转录组数

木与长清·2025-01-27 14:41

用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！

本文启发于上周开的单细胞转录组课程，本次课程由资深单细胞算法研究者戴老师主讲，深入浅出，各部分分析原理从理论到应用层面解释透彻，最新流程，最新代码，绝对值得学习。

生信宝典·2024-09-15 14:27

2022-04-17

NatBiotech|组织中单细胞转录组的空间图谱原创图灵基因图灵基因2022-04-1707:03收录于话题#前沿生物大数据分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）已经彻底改变了单细胞水平上的基因表达研究

图灵基因·2024-09-12 15:12

生信人应该这样来装软件(未完待续)

P1优先选择二进制可执行软件来安装不同组学任务模块比对重要全基因组测序/外显子测序找差异和变异转录组相关计数软件安装规律：二进制，下载解压，全路径调用#C语言查看在还是不在whichmakewhichcmakewhichjavawhichperlwhichpython

dandanwu90·2024-09-12 15:50

时空组专辑数据库文献详解 | 拟南芥叶片单细胞空间转录组图谱

深圳华大生命科学研究院等在自主研发的时空组学技术Stereo-seq基础上，针对植物样本具有细胞壁这一特性，建立了一套适用于植物的、单细胞化的空间转录组技术scStereo-seq（single-cellSpaTialEnhancedREsolutionOmics-sequencing

尐尐呅·2024-09-12 12:04

大模型日报2024-06-07

大模型日报2024-06-07大模型资讯大规模单细胞转录组学基础模型研究摘要:大型预训练模型已成为基础模型，在自然语言处理及相关领域取得突破。

赛博 AI·2024-09-10 14:16

seurat提取表达矩阵_10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程

刘小泽写于19.10.15笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html

幸福的小酒瓶·2024-09-07 18:25

慌张

最近在拼转录组的文章了，兴趣还是没有的，只有迫使自己必须去做。而文学书对于我，就是水对鱼的必须，几日不读闲书，我就抽抽成鱼干，整个人就没有活力，没有兴致。

品2020·2024-09-06 22:57

单细胞转录组和表观组学图谱揭示效应、记忆和耗竭CD8 T细胞在不同细胞命运分化中的共享生物学特征（下篇）

文章信息文章题目：Longitudinalsinglecelltranscriptionalandepigeneticmappingofeffector,memory,andexhaustedCD8Tcellsrevealssharedbiologicalcircuitsacrossdistinctcellfates期刊：bioRxiv链接：https://www.biorxiv.org/cont

Davey1220·2024-09-04 23:15

2022《Nature Plants》通过基因组组装揭示模式蕨类植物的动态基因组进化

本研究对水蕨（Ceratopterisrichardii）进行了染色体水平的基因组组装，以及相关的甲基组、转录组和代谢组分析。

iBioinformatics·2024-09-02 07:21

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）

前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥了怎样的功能，参

纪伟讲测序·2024-08-31 14:42

1区9+非肿瘤纯生信，逻辑清晰易懂，机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊，抓紧上车！

生信小课堂·2024-08-30 17:58

7+非肿瘤纯生信，内容不多但思路值得借鉴！

生信小课堂·2024-08-29 04:59

跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录因子分析

转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容，R语言分析一般采用的是SCENIC包，具体原理可参考两篇文章。

KS科研分享与服务·2024-08-28 18:02

医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读

转录组学则是一门描绘细胞内全基因转录产物（RNA）图谱的科学，其核心在于揭示基因表达的动态变化及其调控机制，从分子层面解码生命的语言。

Magigene·2024-08-27 10:28

科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用

10x空间转录组技术结合显微成像、靶向探针捕获、芯片、测序技术，从一片完整的冰冻组织切片或石蜡组织切片中获取切片不同位置细胞中转录组数据，并将组织学和基因表达分析相结合。接

晶典教你玩转科研·2024-08-26 23:34

2021-11-10

NatureMethods|空间转录组学整合分析可能带来新革命原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=28.544推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：内质网(ER)中错误折叠蛋白的积累导致

图灵基因·2024-08-23 13:12

基因组+转录组助力油菜种子油含量自然变异的遗传研究

派森诺与华中农业大学合作，在MolecularPlant上发表了题为《Genome-andtranscriptome-wideassociationstudiesprovideinsightsintothegeneticbasisofnaturalvariationofseedoilcontentinBrassicanapus》的研究结果。该研究为提高甘蓝型油菜和其他油料作物的有机碳提供了丰富的遗

felix108·2024-08-21 21:30

10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析

在发育过程中，细胞会对刺激做出反应，在整个生命过程中，从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。处于不同状态的细胞表达的基因不同，产生蛋白质和代谢物的动态重复序列，从而完成它们的工作。当细胞在不同状态间转变时，会经历转录重组的过程，其中一些基因被沉默，而另一些基因被激活。这些瞬时状态通常难以表征，因为在更稳定状态之间纯化细胞是困难或不可能的。单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况

Seurat_Satija·2024-03-09 16:31

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致？！

按照转录组筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致？

Seurat_·2024-02-20 20:22

【文献分享】拟南芥叶片空间转录组

空间转录组（SpatialTranscriptomics）是测量完整组织切片的总mRNA，将总mRNA的空间信息与形态学内容相结合，并绘制所有基因表达发生的位置，获得生物过程复杂而完整的基因表达图谱。

jjjscuedu·2024-02-20 09:21

MC学公卫·2024-02-19 18:22

【文献速递】-肌萎缩性侧索硬化症分子病理的时空动力学

在这里，我们使用空间转录组技术获得了疾病过程中小鼠脊髓的基因表达测量，以及ALS患者的死后组织，以表征ALS的潜在分子机制。我们识别通路动力学，区分小胶质细胞和星形胶质细胞群体在早期时间

六博说·2024-02-19 16:35

单细胞转录组基础分析六：伪时间分析

本文是参考学习单细胞转录组基础分析六：伪时间分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。

Seurat_Satija·2024-02-19 12:25

scIMC：scRNA-seq插补方法基准

在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件，它扭曲了基因表达，显著影响了单细胞转录组的下游分析。

tzc_fly·2024-02-19 12:03

宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定

最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~0.R包和数据准备if(!

小洁忘了怎么分身·2024-02-15 09:09

利用三代转录本升级基因组注释（gff3）

因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，通过三代转录本比对到基因组，

郝永超M1racle·2024-02-15 01:54

python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组测序（差异分析篇）...

原标题：一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。

weixin_39607873·2024-02-14 06:17

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