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Linux
转录组
10X单细胞
转录组
个性化分析-拟时序分析
在发育过程中,细胞会对刺激做出反应,在整个生命过程中,从一种功能性“状态”转变为另一种功能性“状态”。处于不同状态的细胞表达的基因不同,产生蛋白质和代谢物的动态重复序列,从而完成它们的工作。当细胞在不同状态间转变时,会经历转录重组的过程,其中一些基因被沉默,而另一些基因被激活。这些瞬时状态通常难以表征,因为在更稳定状态之间纯化细胞是困难或不可能的。单细胞RNA-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况
Seurat_Satija
·
2024-03-09 16:31
转录组
结果和qRT-PCR结果又不一致?!
按照
转录组
筛选的5个最明显的差异基因只有2个与qRT-PCR结果一致?
Seurat_
·
2024-02-20 20:22
【文献分享】拟南芥叶片空间
转录组
空间
转录组
(SpatialTranscriptomics)是测量完整组织切片的总mRNA,将总mRNA的空间信息与形态学内容相结合,并绘制所有基因表达发生的位置,获得生物过程复杂而完整的基因表达图谱。
jjjscuedu
·
2024-02-20 09:21
两则脐带血相关文献
[精读]一篇单细胞
转录组
测序分析的文章:Single-cellTranscriptomicLandscapeofNucleatedCellsinUmbilicalCordBlood[泛读]一篇生统分析脐带血的血常规数据的文章
MC学公卫
·
2024-02-19 18:22
【文献速递】-肌萎缩性侧索硬化症分子病理的时空动力学
在这里,我们使用空间
转录组
技术获得了疾病过程中小鼠脊髓的基因表达测量,以及ALS患者的死后组织,以表征ALS的潜在分子机制。我们识别通路动力学,区分小胶质细胞和星形胶质细胞群体在早期时间
六博说
·
2024-02-19 16:35
单细胞
转录组
基础分析六:伪时间分析
本文是参考学习单细胞
转录组
基础分析六:伪时间分析的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_Satija
·
2024-02-19 12:25
scIMC:scRNA-seq插补方法基准
在scRNA-seq中一个主要的挑战即为“dropout”事件,它扭曲了基因表达,显著影响了单细胞
转录组
的下游分析。
tzc_fly
·
2024-02-19 12:03
单细胞多组学分析
人工智能
宝藏R包:TCGA的
转录组
数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包,写包简化了芯片数据下游分析之后,我正想着写
转录组
下游分析的简化版,就看到了它。用起来~0.R包和数据准备if(!
小洁忘了怎么分身
·
2024-02-15 09:09
利用三代转录本升级基因组注释(gff3)
因为课题需要,我们在前期组装了一个基因组并进行了注释,但是存在两个问题,一个是没有考虑可变剪切,另一个是注释的基因并不准确,三代
转录组
的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利,通过三代转录本比对到基因组,
郝永超M1racle
·
2024-02-15 01:54
python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-
转录组
测序(差异分析篇)...
原标题:一个生信素人的上道经验分享-
转录组
测序(差异分析篇)
转录组
测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段,自从
转录组
测序问世以来,已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873
·
2024-02-14 06:17
python基因差异分析包
PySCENIC(一):python版单细胞
转录组
转录因子分析
关于单细胞
转录组
转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的,参考:跟着Cell学单细胞
转录组
分析(十二):
转录组
因子分析,但是R语言分析起来速度非常慢,如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周,这显然不现实
TS的美梦
·
2024-02-14 06:47
python
r语言
开发语言
单细胞
转录因子
Python
转录组
学分析框架:Omicverse的安装教程
Python
转录组
学分析框架:Omicverse的安装教程OmicVerse是用Python进行多组学(包括Bulk和单细胞分析)的基础框架。
Starlitnightly
·
2024-02-14 06:46
python
开发语言
单细胞数据分析之PCA再认识与ScaleData函数
我们首先再认识一下PCA数据做PCA分析的前提是1、主成分分析认为主元之间彼此正交,样本呈高斯分布;2、主成分分析假设源信号间彼此非相关;那么这里我们需要讨论一下,我们的单细胞或者空间
转录组
数据是呈现高斯分布的么
单细胞空间交响乐
·
2024-02-14 04:18
10X空间
转录组
分析回顾之Giotto
这一篇我们回顾一下10X空间
转录组
的分析软件----Giotto,文章在Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata
单细胞空间交响乐
·
2024-02-14 04:30
10X单细胞(10X空间
转录组
)通讯分析之汇总(scSeqComm)
开工第一天,开年红包到手,不知道大家工作的怎么样呢??这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析,参考文章在Identify,quantifyandcharacterizecellularcommunicationfromsingle-cellRNAsequencingdatawithscSeqComm,开年了,新的开始,我们来汇总一下细胞通讯2种主要的信号机制anintercellularsignal
单细胞空间交响乐
·
2024-02-14 02:25
介绍一款单细胞细胞类型注释软件-scibet
作者:童蒙编辑:amethyst引言随着技术的进步,测序成本的降低,单细胞
转录组
的数据呈指数级的爆发。
生信阿拉丁
·
2024-02-14 01:55
转录组
文章 | 2022《Journal of Hazardous Materials》细胞壁多糖在水稻钒解毒中的作用及其
转录组
机制
一、导读细胞壁多糖在重金属结合方面起着至关重要的作用,这有助于植物体内重金属的解毒。然而,目前有关于钒(V)与植物根系细胞壁结合的分子机制的研究目前还没有,尤其是有关于对水稻(OryzasativaL.)的研究。本研究以两个不同V耐受程度的水稻品种为研究对象,探究了不同V浓度对V的亚细胞分布的影响,揭示了细胞壁多糖对V暴露的调控机制。结果表明,水稻根系抑制了V的向上迁移,V在根系细胞壁中的积累量达
生信师姐
·
2024-02-13 19:17
【算法详解】STitch3D:空间
转录组
数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法,实现更高分辨率的3D结构重建
目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文:Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构,生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255
·
2024-02-13 18:32
算法详解
算法
论文阅读
论文笔记
机器学习
人工智能
R、python读取空间
转录组
的8种方式
“空间
转录组
测序主要包括5个步骤,我们着重下游分析部分:空转数据分析和可视化。
生信小博士
·
2024-02-13 18:01
python
服务器
linux
2022-07-28
2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=38.272推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者分析了来自57个PDAC、22个正常样本的80000个T细胞,并使用单细胞
转录组
学和
图灵基因
·
2024-02-12 13:17
10X空间
转录组
的文献思路简单分析
这一篇我们简单回顾10X空间
转录组
的分析思路和过程,上一篇说到,ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑,所以难度上,比单细胞需要更高,对人的
单细胞空间交响乐
·
2024-02-12 12:59
应用Cellpose进行细胞核分割
在这个教程中,我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose(包含在squidpy.im.segment)进行空间
转录组
数据图像的细胞核分割。
JUpter_
·
2024-02-12 10:39
UCSC Cell Browser:可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具
自2010年以来,单细胞
转录组
文章数量呈指数级增长。这种增长导致了对交互式工具的需求,这些工具让科研人员在与合作者更深入地进行计算分析之前,能够在高水平上探索和理解这些复杂的数据集。
尐尐呅
·
2024-02-11 17:03
单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应
今天继续搬砖主要学习了一下内容:单细胞
转录组
学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞
转录组
学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性
天涯清水
·
2024-02-11 14:47
lncRNA
转录组
分析泌乳母猪热应激机制
热应激(Heatstress,HS)严重影响母猪泌乳性能,然而,关于HS通过下丘脑-垂体-乳腺轴(HPMA)影响雌性动物泌乳性能的机制,信息有限。长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是,lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。因此,本研究对热应激和热舒适条件下哺乳母猪的下丘脑、垂体和乳腺组织进行
felix108
·
2024-02-11 06:37
芯周刊·第15期 | 代谢组+
转录组
+单细胞
转录组
揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应
01代谢组+
转录组
+单细胞
转录组
揭示肠道菌群代谢衍生物的抗肿瘤免疫反应肠道微生物可以调控固有免疫和适应性免疫应答,参与免疫检查点阻断治疗,但其影响肿瘤生长的机制仍不清楚,胰腺导管腺癌(PDAC)临床特征发现其具有显著的免疫浸润
生物芯时空
·
2024-02-10 15:23
单细胞
转录组
测序---多样本整合分析完整代码
最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析,我在GEO数据库中下载了10个样本(GSE182135),完整的的代码如下,做一个记录,还在摸索阶段,如果有不对的地方也请大佬们指正。后续想再写一下每个步骤的知识点,也有助于自己的学习梳理。1.首先将十个样本的测序数据下载到本地。过滤后合并#GEO:GSE182135,10个样本合并library("scde")library("DEsingle")libra
生信小白花
·
2024-02-10 03:19
scanpy官方教程2022||05-空间
转录组
数据分析
scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html【注意教程有两个版本,这里是latest版本的学习笔记】这篇教程主要介绍怎么使用scanppy进行空间
转录组
数据分析
信你个鬼
·
2024-02-10 02:55
TCGA新版数据库表达矩阵提取
现在使用TCGAbiolinks下载
转录组
数据后,直接是一个SummarizedExperiment对象,这个对象非常重要且好用。
医学和生信笔记
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2024-02-10 00:22
三代
转录组
系列:使用Cogent重建基因组编码区
尽管目前已测序的物种已经很多了,但是对于一些动辄几个G的复杂基因组,还没有某个课题组有那么大的经费去测序,所以仍旧缺少高质量的完整基因组,那么这个时候一个高质量的
转录组
还是能够凑合用的。
xuzhougeng
·
2024-02-09 23:06
单细胞
转录组
|Seurat 4.0 使用指南
正好前段时间刚做过单细胞
转录组
分析,今天就给大家介绍一下常用工具Seurat的用法。
木舟笔记
·
2024-02-09 01:56
单细胞
转录组
之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化
1.Seurat包的安装及数据的准备1.1加载需要的包和数据if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Seurat")library(Seurat)#devtools::install_github('satijalab/seurat-d
青青青山
·
2024-02-08 23:32
最新1区9+非肿瘤纯生信,逻辑清晰易懂,机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊,抓紧上车!
3两种相关疾病联合分析,包括非肿瘤结合非肿瘤,非肿瘤结合肿瘤或者非肿瘤结合泛癌分析4基于分型的非肿瘤生信分析5单细胞结合普通
转录组
生信分析目前非肿瘤生信发文的门槛较低,欢迎有需要的朋友!
生信小课堂
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2024-02-08 22:54
「
转录组
」从环境配置之conda
image.png什么是condaconda:开源包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。系统:适用Linux,OSX和Windows。For:为Python程序创建的,但可以打包和分发任何软件。【生物信息学频道bioconda】Anaconda是一个开源的Python发行版本,包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量
旮旯蜗牛_c299
·
2024-02-08 21:35
Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响
借助16S扩增子、宏基因组、
转录组
等生物学技术,我们一起来探究在太空环境下,微生物所发生的变化。航天飞行期间,小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通
ee00dc6faab7
·
2024-02-08 05:16
R统计绘图 - 柱状图
39个
转录组
分析工具,120种组合评估(
转录组
分析工具哪家强-导读版)中提到了较多堆积柱状图的
生信宝典
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2024-02-08 01:35
Q30与Phred值
转录组
测序数据中,经常会出现Q30或Phred值,它们究竟是什么含义?Q30表示一个碱基的质量值,也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30,错误率为0.1%,正确率为99.99%。
新欣enjoy
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2024-02-07 10:57
2021-12-10
前沿分子生物学机制撰文:楠烟不可言IF=53.242推荐度:⭐⭐⭐⭐亮点:这篇文章介绍了诱导多能干细胞(iPSC)存在线粒体单核苷酸变异(mtSNV),近年来的单细胞分析表明,相同的诱导多能干细胞单个细胞之间的
转录组
存在差异
图灵基因
·
2024-02-07 08:30
前沿Perspective | 空间
转录组
数据分析方法最新进展
空间
转录组
学是一个迅速发展的领域,有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织结构。
尐尐呅
·
2024-02-07 08:31
Seurat 单细胞
转录组
测序数据分析教程(三)——python(scanpy)
Seurat单细胞
转录组
测序数据分析教程(二)——python(scanpy)文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读。
coffeeii
·
2024-02-07 03:31
python
数据分析
10X单细胞(10X空间
转录组
)多种通讯软件联合分析之liana
hello,今天我们分享一个简单的,将最近流行的细胞通讯分析软件整合在一起,分析我们的单细胞数据,直接看看代码部分注意一个名词,cell-cellcommunication(CCC),细胞通讯的软件方法很多了,thesemethodsandresourcesareusuallyinafixedcombinationofatoolanditscorrespondingresource,butinpr
单细胞空间交响乐
·
2024-02-06 21:15
PCA图
首先,要准备好要分析的
转录组
数据。
呼啦啦可爱的Sherry雪莉
·
2024-02-06 17:39
2022-08-14
我想完善一下,会使用Linux,会使用R语言,学了
转录组
分析的流程和
佳奥
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2024-02-06 09:00
谈谈数次生信线下活动的收获和体会
http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/从2017年11月份到2018年3月份,共进行了5次培训研讨活动,内容依次为
转录组
高级分析、生物信息作图系列
生信宝典
·
2024-02-06 08:48
六个样本+
转录组
标准分析=IF5.81——最新项目文章:氟苯尼考抑制P19干细胞增殖和分化的分子机制
近些年,
转录组
测序凭借其周期短,价格低,普适性高等优势,备受科研人员的青睐。
ee00dc6faab7
·
2024-02-06 02:30
Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的基因组、
转录组
特征
HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes
TOP生物信息
·
2024-02-05 23:47
RNA-seq
转录组
数据分析
B站:RNA-seq
转录组
数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access
医学小白学生信
·
2024-02-05 15:35
2022-08-25
细胞级表达图谱匹配测序和病理图像,发现更多结构细节原创骄阳似我图灵基因2022-08-2513:19发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术撰文:骄阳似我IF:47.99推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:①空间分辨
转录组
学
图灵基因
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2024-02-04 23:21
借助NMF的力量对单细胞RNA和单细胞ATAC进行联合分析
hello,大家好,礼拜天了,明天又要上班了,但是很想写一点东西,留下点足迹,但是又不想太动脑子,所以分享一篇代码文,分享给大家,单细胞
转录组
和ATAC的联合分析。
单细胞空间交响乐
·
2024-02-03 20:19
200826 Circ之旅3-构建人类基因组索引
RNA-seq(5):序列比对:Hisat2人类基因组hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2建索引和比对史上最快的
转录组
流程
dicklim
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2024-02-03 15:13
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