scanpy

Scanpy数据结构：AnnData

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式1.AnnData数据结构：主要包含四个slots：Xcontainstheexpressionmatrix.obsmcontainstheembeddingsdata.obscontainsthecellmetadata.varcontainsthegenemetadata.adata#AnnDataobjectwithn_obs×n_var
Hayley笔记·2022-07-01 10:16

轨迹分析_Scanpy进行单细胞分析及发育轨迹推断

分享是一种态度最近看文献，发现越来越多的单细胞测序使用scanpy进行轨迹推断，可能因为scanpy可以在整体umap或者Tsne基础上绘制细胞发育路径，图片也更加美观，但是Scanpy是基于python
颜不良文丑·2022-06-12 19:04

rna聚类分析_实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

但是最近我发现了一个基于python的单细胞基因表达分析包scanpy，能够很好地在我这个仅4G内存的小破机上分析378k的细胞，并且功能丰富程度
l鲁波波·2022-06-12 19:04

paul15数据集scanpy和Seurat可视化

pythonimportscanpyasscadata=sc.datasets.paul15()sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=1e4)#这一部也是需要加入进去的。sc.pp.filter_genes(adata,min_cells=1)sc.pp.filter_genes_dispersion(adata,n_top_ge
qq_45759229·2022-06-12 19:01

gitto-page enrichment

Giotto||空间表达数据分析工具箱20Seurat新版教程：分析空间转录组数据（上）Seurat新版教程：分析空间转录组数据（下）scanpy教程：空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析空间信息在空间转录组中的运用
youngleeyoung·2022-06-12 19:01

Scanpy(一)AnnData数据结构与一些API用法介绍

目录Scanpy简介与安装AnnDataAnnData的结构h5ad：AnnData的写入和读取Scanpy中一些常用api的用法介绍sc.pp.filter_cellssc.pp.filter_genessc.pp.highly_variable_genessc.pp.normalize_totalScanpy
tzc_fly·2022-06-12 19:00

10w+细胞数的项目Seurat分析很慢，我推荐你scanpy

单细胞的测序自2009年开始，短短十几年的时间呈现爆发式的增长与普及，其在科研、医疗、诊断等多个领域发挥了重要的作用。单细胞的捕获细胞数随着各种技术的迭代，从最开始的Smart-seq近百个细胞的捕获通量增加到10Xgenomics捕获近万个细胞。通过使用纳米芯片等技术，细胞数有了巨大的提升。最近研究中的的原位条形码技术是的捕获的量级达到了十万级的水平。并且，根据10X官方的介绍，今年下半年预期会
菌小落·2022-06-12 19:59

Scanpy(六)空间转录组数据的分析与可视化

ReadingdataQCandpreprocessingManifoldembeddingandclusteringbasedontranscriptionalsimilarityVisualizationinspatialcoordinates簇的marker基因空间数据的高变基因MERFISH示例本篇内容演示如何在Scanpy
tzc_fly·2022-06-12 19:23

scanpy相关操作

基本操作##读取文件importscanpyasscadata=sc.read("/path/00.datasets/HLCA/local.h5ad")##查看meta信息adata.obs.head(5)##umap图sc.pl.umap(adata,color='scanvi_label')##提取数据adata_copy=query_data[query_data.obs['new_tcel
MR来了·2022-05-11 09:50

python sci数据_scanpy学习笔记:用Python分析单细胞数据

Scanpy是一个基于Python分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。
weixin_39839018·2022-03-09 08:28

CellChat || Seurat、scanpy单细胞数据构建CellChat对象

我们展示如何从其他现有的单细胞分析工具包(包括Seurat和Scanpy)中提取CellChat输入文件。
周运来就是我·2022-02-16 05:18

Seurat Weekly NO.06 || 数据对象转化之Scanpy2Seurat

SeuratWeeklyNO.0||开刊词SeuratWeeklyNO.1||到底分多少个群是合适的？！SeuratWeeklyNO.2||我该如何取子集SeuratWeeklyNO.3||直接用Seurat画fig2SeuratWeeklyNO.4||高效数据管理SeuratWeeklyNO.5pseudocell该如何计算||或谈Seurat的扩展其实，我们在2019年的时候就介绍过单细胞转录
周运来就是我·2022-02-07 03:46

提取修改scanpy源码，实现单细胞横向堆叠小提琴图

scanpy中的单细胞堆叠小提琴图一般是纵向的，每一行代表一个亚群，每一列代表一个基因：我们经常从单细胞文章里看到这种横向的小提琴图很美观，无论Seurat还是scanpy都没有办法直接实现我打算自己实现它
seqyuan·2021-06-09 08:30

python如何读取.mtx文件

mtx文件是按照稀疏矩阵格式存储的矩阵数据，可以按照以下步骤读取：1、安装scanpy包pipinstallscanpy2、文件读取importscanpyasscadata=sc.read(filename
·2021-04-22 15:15

实验记录12: scanpy轨迹分析的大型翻车现场

3月29日天气晴心情雷暴Preprosessingthedataimportnumpyasnpimportpandasaspdimportmatplotlib.pyplotasplfrommatplotlibimportrcParamsimportscanpyasscsc.settings.verbosity=3#verbosity:errors(0),warnings(1),info(2),hi
MC学公卫·2021-04-21 18:42

单细胞转录组之Scanpy - 样本整合分析

Scanpy使用python语言构建了一套完整的单细胞分析流程，其中就包括使用ingest和BBKNN整合方法。
清竹饮酒·2021-03-10 17:16

单细胞空间转录分析之Scanpy

单细胞的一切分析，加前缀Spatial都是一个新的分析点，因此Scanpy扩展后也可用于空间转录组数据分析。
清竹饮酒·2021-03-10 17:48

单细胞空间转录分析之Scanpy-多样本整合

和Seurat一样，Scanpy也提供了多样本空转数据的整合https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/integration-scanorama.htmlScanpy
清竹饮酒·2021-03-10 17:57

单细胞转录数据分析之Scanpy

Scanpy是一个基于Python分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。
清竹饮酒·2021-02-20 20:07

STUtility || 空间转录组多样本分析框架（一）

应用空间统计学分析空间表达数据空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据空间转录组教程||stLearn：空间轨迹推断Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy
周运来就是我·2021-01-16 05:05

STUtility || 空间转录组多样本分析框架（二）

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周运来就是我·2021-01-16 05:01

应用空间统计学分析空间表达数据

空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据空间转录组教程||stLearn：空间轨迹推断Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy
周运来就是我·2020-12-23 08:10

用VSCode Jupyter 学习Scanpy——预处理与分群

预处理与分群的步骤大体和Ｒ包Ｓｅｕｒａｔ（https://satijalab.org/seurat/v3.2/pbmc3k_tutorial.html）类似哦，数据的下载和目录的创建可以参考一下代码[1]#!mkdirdata#!wgethttp://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/1.1.0/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_m
米妮爱分享·2020-12-19 22:04

Python单细胞测序分析教程 - 2| 下载测序数据并处理为scanpy可读取的格式

本教程介绍了在GEO数据库中下载单细胞数据集的方法，并进一步处理为scanpy可读取的格式。
切瓜少年·2020-10-23 09:50

ACM TechNews摘要（3）——细胞基因表达数据的流形学习软件

关键词：高维数据处理，流形学习采用流形学习算法（tSNE）得到的细胞分类图亥姆霍兹慕尼黑中心（德国健康与环境中心）的研究员开发了一款机器学习软件Scanpy（大概是scan+python）,用于管理超庞大数据库
Luccas_Wang·2020-08-22 16:01

利用scanpy进行单细胞测序分析（三）Marker基因的可视化

官网这部分讲解的地址：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/visualizing-marker-genes.html开始之前需要注意一点的是
生信start_site·2020-08-09 04:21

单细胞-傻瓜式Seurat的rds文件转Scanpy的h5ad文件

在Seurat主导的单细胞世界里，Scanpy算是有点小众了。可是坑爹的是自己还必须用scanpy(谁让流程已经搭建好了，数据已经处理一半了；谁让师兄说这个数据量大R带不起来。。。。呵谁知道呢)。
松鼠菌奶黄包·2020-08-06 20:11

scanpy分析单细胞数据

但是最近我发现了一个基于python的单细胞基因表达分析包scanpy，能够很好地在我这个仅4G内存的小破机上分析378k的细胞，并且功能丰富程度
z赵云飞·2020-07-28 11:15

【可视化】Python数据可视化之matplotlib篇

1.比较火的单细胞处理分析Scanpy利用matplotlib将多个基因的小提琴图规则美观的合并在一起。
XuningFan·2020-07-13 10:29

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断

单细胞转录组数据分析||scanpy教程：预处理与聚类说起轨迹推断，很多人的第一印象就是monocle的轨迹图，大概率是长这样子的：如果说单细胞转录组数据分析中的分群是寻找细胞的离散属性，那么轨迹推断就是寻找细胞分化连续性的尝试
周运来就是我·2020-03-26 07:05

实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

但是最近我发现了一个基于python的单细胞基因表达分析包scanpy，能够很好地在我这个仅4G内存的小破机上分析378k的细胞，并且功能丰富程度
MC学公卫·2020-03-23 07:33

Single cell RNA-seq

10Xplatformhttps://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latesthttps://scanpy.readthedocs.io
zhoujj2013·2020-02-12 05:02

安装loompy报错以及解决方案--configparser区分大小写

需求  由于现在所单细胞scanpy分析的时候，想使用loom文件作为输入，loom文件是一种十分重要的数据存储方法，占用储存小，便于分享，!
尧小飞·2020-02-02 03:42

实验记录13: scanpy细胞分化轨迹推断大型真香现场

跳过了scanpy中的降噪步骤。scanpy的降噪算法做的真不咋地，一个好图降噪之后更加混乱了。这个故事告诉我们一个道理：不要迷信作者说的话！！！
MC学公卫·2020-01-06 05:25
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