scanpy 第2页

sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()

scanpy的标准化从sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total()，它官方也是建议用后者（当然前面这个函数仍然存在，且可以正常使用）。

纷纷不可诉·2023-07-14 14:34

importerror: cannot import name ‘stacked_violin‘

先附上找到的参考链接：参考链接解决办法：降低scanpy的版本；（改到了1.5.2）注：降低版本之后，发现会出现以下警告：InafutureversionofScanpy,scanpy.apiwillberemoved.Simplyuseimportscanpyasscandimportscanpy.externalassceinstead

柚子+·2023-07-14 02:04

python安装特定版本的包

以sklearn为例：pipinstallscikit-learn==1.2.2这个主要是为了解决scanpy加载不成功的问题的。

马疾香幽_0702·2023-07-06 10:31

scanpy单细胞分析流程

梳理一下scanpy单细胞分析流程（处理的是scRNA-seq）。

今晚月亮有点圆·2023-06-21 13:57

10X单细胞和空间联合分析的方法---cell2location

目前联合分析的方法已经有了好几个，包括Seurat、scanpy等，但目前而言，利用的情况很少，今天我们来分享一下一种新的联合分析方法----cell2loca

Evil_Genius·2023-06-16 14:53

Scanpy可视化函数汇总

Scanpy数据结构：AnnDataScanpy分析单细胞数据：预处理和聚类Scanpy分析单细胞数据：轨迹分析PAGA演示数据集依然是熟悉的pbmc3k，经过预处理和聚类后保存为pbmc3k.h5ad

Hayley笔记·2023-05-13 01:56

10X单细胞（10X空间转录组）聚类算法之Louvain

今天我们来分享默认的聚类算法Louvain，Louvain算法是目前单细胞分析中最常用的聚类算法，Seurat/Scanpy/RaceID等单细胞分析工具都默认louvain算法，那么我们就来分享一下这个聚类算法

Evil_Genius·2023-04-20 04:11

单细胞分析的必备软件安装

分析单细胞分析主流软件R有seurat（降维聚类），Python有scanpy聚类后的自动注释软件主要是Scibet,SingleR肿瘤细胞cnv分析包括inferCNV，copyKAT等软件安装自然使用

周六周六·2023-04-18 17:00

利用scanpy进行单细胞测序分析（二）轨迹推断

这篇文章学习scanpy官网的第二部分，这部分介绍了如何使用scanpy进行轨迹推断。

生信start_site·2023-04-16 08:58

Python单细胞测序分析教程 - 1| 配置基本分析环境

2020.11.19第四次更新，本次更新增加了一个新的scanpy依赖包annoy的安装方法。本教程适用于在新安装的Linux系统上安装Scanpy软件。

切瓜少年·2023-04-15 17:35

用VSCode Jupyter 学习Scanpy——轨迹推断

参考官网https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/paga-paul15.html学习重建髓样和红系分化数据为Pauletal.(2015).引入包

米妮爱分享·2023-04-09 22:53

cellchat-与其他单细胞分析工具的接口

Seurat或SingleCellExperiment对象创建CellChat对象在单单元格对象之间转换（Seurat，SingleCellExperiment和andata对象）根据从Seurat和Scanpy

Seurat_Satija·2023-04-04 06:43

利用scanpy进行单细胞测序分析（一）预处理和聚类

scanpy软件官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html这个软件的官网分了几个部分进行介绍，每一个部分的练习数据都不一样

生信start_site·2023-04-03 20:41

认识单细胞分析中的各种数据结构

童蒙编辑：amethyst单细胞分析世界里数据结构多种多样，主流的四种数据结构分别是Bioconductor主导的SingleCellExperiment，Seurat中的SeuratObject格式，scanpy

生信阿拉丁·2023-04-03 04:59

scanpy环境配置

安装docker文件###docker网址https://hub.docker.com/r/gcfntnu/scanpy/tags?page=1&ordering=last_updated

MR来了·2023-03-28 06:52

利用scanpy进行数据归一化

作者：童蒙编辑：angelica函数1—scanpy.pp.regress_out01功能去除非期望来源的方差对数据的影响。

生信阿拉丁·2023-03-28 05:26

10X单细胞（10X空间转录组）批次去除（整合）分析之Scanorama

hello，大家好，今天我们来分享一下scanpy做整合分析的一个方法---Scanorama，关于这个方法，相信用过scanpy做数据分析的同学应该都不陌生，今天我们来分享一下，因为这个方法，在特定的情况下

Evil_Genius·2023-03-26 02:59

关于PAGA轨迹分析的一些理解

PAGA（Partition-basedgraphabstraction）轨迹分析功能包含在Scanpy软件中，是一种基于python的软件，对于没有python使用经验的人来说用起来还是比较吃力的。

韩建刚（CAAS-UCD）·2023-03-24 14:03

分析流程||scanpy单细胞分析流程1-理解AnnData

gzh：BBio，欢迎关注AnnData是scanpy软件使用的数据存储结构，为了更好的理解和使用scanpy单细胞分析流程，有必要先明白AnnData的数据结构。

BBio·2023-03-23 11:57

10X单细胞scanpy bbknn算法做多样本，不同批次整合

参考：http://events.jianshu.io/p/d855ee1a121fscanpy做10X单细胞多样本整合与Seurat差别比较大，很多学者喜欢使用seurat来进行整合，但实际情况是基于R平台的SeuratMNN整合算法非常消耗内存，并不适合进行多样本大量批次的整合首先来看看简介，Theingestfunctionassumesanannotatedreferencedataset

云养江停·2023-03-17 14:31

SPOTlight || 用NMF解卷积空间表达数据

Giotto||空间表达数据分析工具箱Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析空间信息在空间转录组中的运用定量免疫浸润在单细胞研究中的应用

周运来就是我·2023-03-13 10:32

关于文集《Single_Cell》拆分的说明

其主要内容有：Seurat教程scanpy教程空间数据分析免疫组库数据分析细胞通讯细胞类型鉴定公开课的ppt（以及其他单细胞课件）ATAC相关10X文档综述文章个人写的《XXX在单细胞数据分析中的应用》

周运来就是我·2023-03-13 07:58

Giotto|| 空间表达数据分析工具箱

Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析10XVisium:空间转录组样本制备到数据分析空间信息在空间转录组中的运用Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata

周运来就是我·2023-03-11 00:46

空间转录组教程|| stLearn ：空间轨迹推断

空间信息在空间转录组中的运用Giotto||空间表达数据分析工具箱SPOTlight||用NMF解卷积空间表达数据Seurat新版教程：分析空间转录组数据单细胞转录组数据分析||scanpy教程：空间转录组数据分析

周运来就是我·2023-02-05 02:41

【单细胞】sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()函数

一穷二白到年薪百万·2023-02-04 14:51

【单细胞】Scanpy进行数据归一化

1功能scanpy.pp.scale将数据归一化到mean=0，var=1。如果某个基因没有任何方差，也会被保留，如果设置了zero_center=True，那么会设置为0，未来会设置为NaN。

一穷二白到年薪百万·2023-02-04 14:51

【单细胞】Scanpy进行高可变基因的筛选

1功能取出高可变基因，默认使用log的数据，当使用flavor=seurat_v3的时候，采用countdata。flavor参数可以选择是使用Seurat，Cellranger还是seuratv3的算法。SeuratandCellranger中，使用的是dispersion-based方法，获得归一化的方差。先对基因按照表达量平均值进行分bin，然后计算落在每个bin的基因的离散度（disper

一穷二白到年薪百万·2023-02-04 14:21

scanpy细胞类型标注（marker基因对比）

在scanpy对数据进行聚类操作后，往往需要对簇进行细胞类型标注。本文采取了一种暴力搜索的方法，通过将簇本身的差异基因作为marker基因，和现有的marker基因进行比对，确定簇的细胞类型。

今晚月亮有点圆·2023-01-29 20:03

使用python包scanpy读取单细胞h5ad文件

importscanpyasscannData=sc.read_h5ad(filePath)print(annData.to_df())#这里显示的就是单细胞数据的pandas.DataFrame类型了#其中annData.var里面的是细胞，annData.var里面的是基因

fVector·2023-01-29 19:30

Scanpy 单细胞测序基因分析

参考：https://www.bilibili.com/video/BV1sq4y1C7Qx/https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html

loong_XL·2023-01-29 19:50

anndata scanpy拆分成多个数据集python Linux 多个单细胞合并切分数据集合切割

Concatenation—anndata0.9.0.dev38+g3c5f63ddocumentationConcatenationWithconcat(),AnnDataobjectscanbecombinedviaacompositionoftwooperations:concatenationandmerging.Concatenationiswhenwekeepallsubelement

YoungLeelight·2023-01-28 10:27

python 分析单细胞数据教程 scanpy---初探

python分析单细胞数据scanpy数据下载流程分析参考数据下载#!mkdirdata#!

毒鸡蛋·2023-01-28 10:25

scanpy学习教程就像seurat教程一样

Tutorials—Scanpy1.9.1documentation教程汇总所有关于scanpy的教程UsagePrinciples—Scanpy1.9.1documentation总的介绍API—Scanpy1.9.1documentation

YoungLeelight·2022-12-31 08:54

（单细胞-SingleCell）Scanpy流程——python 实现单细胞 Seurat 流程——单细胞文献实战

导入模块importscanpyasscimportosimportmathimportitertoolsimportwarningsimportnumpyasnpimportpandasaspdimportmatplotlib.pyplotasplt%matplotlibinline%configInlineBackend.figure_format='svg'warnings.filterwa

TTS56·2022-12-30 12:12

Seurat SingleCellExperiment anndata相互转化

scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换使用1#安装并加载SeuratData中的pbmc3k数据集#library(SeruatData)#1.

qq_45759229·2022-12-08 07:55

scanpy学习笔记-细胞类型合并

最开始参考【公众号：BBio】里的方法，失败了分析流程||scanpy单细胞分析流程2-降维聚类及差异基因鉴定#不支持多个cluster是同一种细胞类型的格式,换一种方式添加细胞类型new_cluster_names_unique

id_gjie·2022-12-06 19:40

scanpy学习笔记-整合多样本数据

代码参考scanpy官网教程scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io

id_gjie·2022-12-06 19:39

单细胞分析Scanpy(一)：Anndata数据结构

Scanpy是一个分析单细胞转录组数据的python库，AnnData是scanpy的数据存储格式。

奶茶可可·2022-12-03 16:08

SCANPY代码部分调试整理1

最近刚刚调通了一个R语言和matlab的源码，相比于现在调的python感觉还是R比较简单，现在只调通了python源码一部分，整理一下SCANPY代码的核心算法包括：Louvain算法，Louvain

计算机程序爱好者·2022-12-03 16:06

Scanpy(二)可视化函数

目录embedding的散点图可视化基因表达量与其他变量用已知marker基因识别clustersdotplotviolinplotstacked-violinplotmatrixplot将图放到子图中HeatmapsTracksplot标记基因的可视化用dotplot可视化marker基因用matrixplot可视化marker基因用tracksplot可视化marker基因使用violinpl

tzc_fly·2022-12-03 16:02

scanpy画图

###/data/admin/yyp/yypold/scrna/HumanCellAtlasPreviewDatasetsimportnumpyasnpimportpandasaspdimportscanpyassc可以直接读取10Xgenomics的.h5格式数据adata=sc.read_10x_h5("/data/admin/yyp/yypold/scrna/HumanCellAtlasPr

qq_39306047·2022-12-03 16:02

scanpy change the pdf save path 修改保存地址的路径

scanpychangethepdfsavepath修改保存地址的路径figsavePath=r'aaa\bbb\c'fig,ax=plt.subplots()withrc_context({'figure.figsize':(5,5)}):sc.pl.umap(adata,color='choosed',add_outline=True,legend_loc='ondata',legend_fo

fK0pS·2022-12-03 16:29

scanpy保存图片注意点

%load_extrpy2.ipython%%R-ocounts-ometasuppressMessages(library(splatter))params<-newSplatParams()params<-setParam(params,"nGenes",5000)params<-setParam(params,"batchCells",c(500,500,500))params<-setPa

qq_45759229·2022-12-03 16:28

stackedplot 函数_R函数实现单细胞StackedVlnPlot

我们在《seurat结果转scanpy画Sta

weixin_39870155·2022-11-28 20:18

Reticulate | 如何在Rstudio中优雅地调用Python！？

1写在前面最近遇到一个大名鼎鼎的包叫Scanpy，用于单细胞测序的分析，不过需要在Python中运行。于是，我就研究了一下如何在Rstudio中调用这个神包。

生信卷·2022-11-28 20:46

【生信学习】Scanpy函数pp.calculate_qc_metrics

我的源文件目录是：D:\Anaconda\Lib\site-packages\scanpy\preprocessing\_qc.py二、主要代码defcalculate_qc_metrics(adata

奶茶可可·2022-11-25 14:15

【Scanpy】单细胞转录组分析思路之细胞分类和组织分层

本文将详细讲述单细胞转录组分析的步骤。一、文章信息题目：ClusterMapformulti-scaleclusteringanalysisofspatialgeneexpression链接：https://doi.org/10.1038/s41467-021-26044-x期刊：Nature二、数据集数据集：小鼠初级视觉皮层V1_1020转录组技术：STARmap基因数：1020细胞数：1650

奶茶可可·2022-11-25 13:55

partially initialized module ‘scanorama‘ has no attribute

partiallyinitializedmodule‘scanorama’hasnoattribute‘correct_scanpy’(mostlikelyduetoacircularimport)当你把执行文件名和函数名取名一样时就会遇到这个问题

今晚月亮有点圆·2022-11-11 13:58

scanpy 运行官方教程umap图片形状奇怪

微信图片_20220912234344.png微信图片_20220912234404.png这个貌似是umap版本的问题后来重新更新了Python=3.8，scanpy=1.9.1就没问题附py36scanpy

依然At·2022-09-13 07:48

scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心绘图功能

学习资料来源：scanpy主页：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/官网：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en

_十三·2022-07-24 23:17

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