scvi

scVI与MultiVI

scVI：https://docs.scvi-tools.org/en/stable/user_guide/models/scvi.htmlMultiVI：https://docs.scvi-tools.org
tzc_fly·2024-01-10 04:22

V100 配置 Scanpy + Scvi + Pytorch

V100配置Scanpy+Scvi+Pytorch创建虚拟环境安装基础包安装Scanpy安装Scvi安装GPU版本Pytorch创建虚拟环境condacreate-nnamepython=3.8condaactivatename
平平无奇科研小天才·2023-11-17 06:25

module ‘torch‘ has no attribute ‘_six‘

主要问题是torchvision的问题在122服务器上的scvi-env2环境中importtorchimporttorch.nnasnnimportnumpyasnpfromtqdmimporttqdmfromtorchvision.utilsimportsave_image
我的心永远是冰冰哒·2023-11-10 06:05

10X单细胞 & 10X空间转录组联合分析之细胞连续变化状态（scvi-tools）

hello，大家好，今天来分享一个新的分析内容，那就是单细胞空间联合分析过程种存在的问题，就是目前大多数单细胞空间联合分析的软件，在没有明确方法将细胞分层为离散类型或亚型的环境中应用更具挑战性。Thisisespeciallyimportantwhencellsthatbelongtothesameoveralltype(e.g.,Thelpercells)maycarrydifferentfun
单细胞空间交响乐·2023-07-27 14:12

python中使用scvi 去除批次效应 scvi整合批次效应 Integration with scVI 在python中scvi去除批次效应python4

scvi.model.SCVI-scvi-toolsAtlas-levelintegrationoflungdataAnimportanttaskofsingle-cellanalysisistheintegrationofseveralsamples
YoungLeelight·2023-01-17 11:18

MultiVI NaN in latent representation

scvi-tools开发者提供的这个tutorial(https://docs.scvi-tools.org/en/stable/tutorials/notebooks/MultiVI_tutorial.html
hyena_7·2023-01-17 11:18

安装scVI及使用教程

首先参考教程https://docs.scvi-tools.org/en/0.6.3/tutorials/basic_tutorial.html其中输入首先需要安装pytorchpipinstalltorch
qq_45759229·2023-01-17 11:47

单细胞数据分析工具scvi介绍

之前听师兄在组会上介绍了scvi，恰巧最近在用scvi做一些分析，感觉这个方法很精巧效果也不错，因此研究了一下原始论文，这里简要介绍一下这个单细胞数据分析工具的新星。
goodljq·2022-06-12 19:55
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