strand

读取Excel中的coordinates列，每个坐标值可能用逗号或分号隔开，并且每个坐标值使用点.来分隔度、分、秒。然后，它将这些度分秒（DMS）格式的坐标转换为十进制度（DD）格式，并将转换后的坐标

importpandasaspddefdms_to_dd(dms_str):try:#确保字符串不为空并且包含点号ifdms_strand'.'

fenghx258·2024-01-29 19:39

52.《Bioinformatics Data Skills》之实战：获取基因组基因间区域与内含子区域

但GRanges对象增加了strand信息，结果有所不同，通过一个简单的例子说明：首先创建一个GRanges对象gr2：>li

DataScience·2024-01-02 10:10

BED文件与bedtools简介

1、什么是bed格式1、文本文件2、表明基因组的一段区域3、标准的bed文件最少三列，最多十二列eg：1、chrom孔2、start开始3、end结束4、name名称5、score存一个数6、strand

筱贺学生信·2023-12-03 18:28

谈一谈今天使用ViewBS 和 deeptools的坑（二）

ViewBS的bed文件格式image.pngdeeptools的bed文件格式image.png一个基因的strand列在第五列，一个在第六列，然而这会导致最后结果很大的误差。

热衷组培的二货潜·2023-11-22 17:03

蛋白质的结构

其中包括：1）螺旋，最常见的就是alpha螺旋，此外还有其他一些类型的折叠；2）beta折叠，beta折叠由beta折片（beta-strand）平行排列构成；3）无规卷曲coil：无规律松散结构。

Peng_001·2023-10-27 09:54

③ valr实例计算ChIP-seq中Upstream + GeneBody + Downstream上下游reads的分布

#Summarizingintervalcoverageacrossgenomicfeaturesbedfile%filter(strand=="+")%>%mutate(end=start+1)#1000bpupanddownstreamregion_size

热衷组培的二货潜·2023-10-18 22:10

英语——记忆篇——单词——找拼音+单词+编码+谐音+特点

coffee（咖啡)hound（猎犬）----sound（声音)boodle（贿赂）----noodle（面条)fiend（魔鬼）----friend（朋友)derive（获得）----drive（驾驶)strand

fo安方·2023-09-20 03:40

Gviz绘制基因isoform结构

suppressMessages(library(tidyverse))#首先是我自己的数据可以忽略，总而言之，换成它需要的格式，其他的可以随意定义，包含"chromosome","start","end","width","strand

落寞的橙子·2023-09-02 19:43

C++的Boost库：asio::io_context 替换掉asio::io_service的问题

io_context.get_executor().post()io_context.dispatch()->io_context.get_executor().dispatch()io_context::strand

吃素的施子·2023-08-15 10:26

bedtools intersect 的八个常用案例

-wa参数可以报告出原始的在A文件中的feature，加-wb参数可以报告出原始的在B文件中的feature,加-c参数可以报告出两个文件中的overlap的feature的数量，参数-s可以得到忽略strand

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-08-08 19:49

hbctraining-Introduction to ChIP-Seq Lesson 5

PeakCallingIntroductionForChIP-seqexperiments,whatweobservefromthealignmentfilesisastrandasymmetrywithreaddensitiesonthe+/-strand

horsefish·2023-08-01 19:05

Augustus

1.脚本运行$augustus--strand=both--genemode=partial--singlestrand=false--hintsfile=hints.gff--extrinsicCf

陈洪瑜·2023-07-31 10:47

Boost：asio strand同步

asio当有多个线程调用了run，那么异步任务会被分发到不同的线程中同时执行，如果多个线程访问相同的资源，有可能会造成竞争：#include#include#include#include#include#include#includeusingnamespaceboost::asio;usingnamespacestd;staticatomic_ints_timerNum=0;staticint

风静如云·2023-06-08 21:39

2020-05-11Strand bias 链偏好

Strandbias链偏好背景GATK.png造成链偏好的原因：1.Localrealignment目的就是将比对到indel附近的reads进行局部重新比对，将比对的错误率降到最低。一般来说，绝大部分需要进行重新比对的基因组区域，都是因为插入/缺失的存在，因为在indel附近的比对会出现大量的碱基错配，这些碱基的错配很容易被误认为SNP。还有，在比对过程中，比对算法对于每一条read的处理都是独

Soliva·2023-04-17 23:29

2019 Nat Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA

Article摘要大部分遗传突变导致疾病，这些突变难以有效且无副作用的矫正。本文描述了prime编辑，这是一种通用且准确的编辑方法，直接将新的DNA片段写入到特定的DNA位点。它由一个无催化活性的Cas9核酸内切酶和连接在一起的工程逆转录酶构成，与既包含定位信息又包含编辑信息的primeeditingguideRNA(pegRNA)一起工作。在人细胞中进行了175次以上的编辑，包括靶向插入，缺失和

zxy126·2023-04-03 05:30

fasta文件更改header

chr，start，end等信息，gtf文件读取需要安装rtracklayer包rm(list=ls())modify_fa%filter(type=="transcript")gtf_df$new_strand

落寞的橙子·2023-04-02 04:20

GWAS 数据格式说明

其变量构成：名称描述rs#SNP的标识符alleles基于NCBI数据库的SNP等位基因chromSNP所在的染色体posSNP在染色体上的位置strand相对于参考序列

陈光辉_花生所·2023-03-23 16:33

一个经常会有些小脚本操作代码的网站-ecseq之脚本收集

image.png干货很多，收了不看系列就不好了1、ConvertBAMtoBEDfileformatusingcommandlineperlsamtoolsviewfile.bam|perl-F'\t'-ane'$strand

热衷组培的二货潜·2023-02-04 16:50

真珠美学“锁水之王”面霜

小阿九_ccdf·2023-02-04 00:02

「来绘图吧！」链特异性测序的read depth绘制

有一些数据我放在github，可参考：https://github.com/Youpu-Chen/Myscripts/tree/miniproject/mini-project/strand-specific-RNAseqSaccharomycescerevisiae

陈有朴·2022-12-27 20:40

C语言知识点之函数篇

C语言知识点(13/12/2022)目录目录1.随机数函数2.实用的小函数1.随机数函数rand函数要在#include头文件中包含，避免随机数相同引入随机数种子strand（time（0））函数要包含在

L·Z1024·2022-12-23 21:44

链偏倚（strand bias）对Illumina短序列测序数据的影响

image.png这是范德比尔特-英格拉姆（Vanderbilt-Ingram）癌症中心于2012年在《BMCGenomics》杂志发表的一篇关于链偏倚性的一篇文章，发表时间虽然距今已经10年，但仍可作为学习链偏倚性的一篇经典文章。1摘要背景：当使用Illumina高通量仪器进行短序列测序时，有些时候正链和负链显示的变异类型却显著不同，一个可能显示是纯合突变，一个可能显示是杂合突变，这种现象被称为

生信小书童·2022-10-05 22:52

signature=ec60b45113de7d0987c1302a87f8f54b,Isothermal Strand Displacement Amplification Using Primer.

TECHNICALFIELDThepresentinventionrelatestomethodsforamplifyingnucleicacidmoleculeswithoutthermalcycling.BACKGROUNDARTThemostwidelyusedmethodforamplificationofspecificsequencesfromwithinapopulationofnu

weixin_39965283·2022-07-25 14:17

工具 | bioawk

bioawk-F'\t'-vOFS="\t"#即分隔符、输出分隔符设置为制表符3.2-c3.2.1help$bioawk-chelpbed:1:chrom2:start3:end4:name5:score6:strand7

shwzhao·2021-11-19 13:24

如何处理alert日志中出现Private Strand Flush Not Complete？

FriOct1719:59:512014Thread1cannotallocatenewlog,sequence4722PrivatestrandflushnotcompleteCurrentlog#1seq#4721mem#0:/oradata/sgomp5/redo01.logThread1advancedtologsequence4722(LGWRswitch)Currentlog#2seq

·2021-06-23 17:50

Random Thoughts: 不必回避

下午在strand,临近4点，想想还是给Miky发个短信，见面谈，不谈，都可以，但是我在校区，随时可见。Miky说，来吧，咱们聊聊。内心里闪躲了一下，要不要避一下，下周见？还是迎了上去，会一会面。

伦敦许小姐·2021-06-10 10:28

snpEff

突然报错java.lang.RuntimeException:Error:Cannotfindfirstcodingexonfortranscript:PEKD01005337.1:-2277-18238,strand

宗肃書·2021-05-01 12:25

plotly--碱基替换率图--在线分析

1.输入数据d1.pngsample，样品名字type，碱基替换的情况，根据实际需求设置样式，X轴坐标substituterate，替换rate,需要展示的数字strand，正负链的情况，'+'/'-'

MR来了·2021-04-13 11:52

UE4 Hair Strands浅析

Strand-basedHairRenderi

kuangben2000·2020-09-15 02:50

好玩的排序待研究

冒泡排序鸡尾酒排序奇偶排序梳子排序侏儒排序快速排序臭皮匠排序Bogo排序选择类排序–选择排序堆排序Smooth排序笛卡尔树排序锦标赛排序圈排序插入类排序–插入排序希尔排序二叉查找树排序图书馆排序耐心排序归并类排序–归并排序梯级归并排序振荡归并排序多相归并排序Strand

Ocean&&Star·2020-09-12 21:22

【angularjs】文本框模糊查询时下拉自动补全

将目标集合中包含输入字符的记录查出来2.将输入的字符匹配1.中查出来的集合对应字段值，并保存该字段值3.拼接对应字段，下拉显示JS代码：varstrDefID="";self.strwhere1="{ID}='Strand'and

Betty-白靖·2020-09-11 08:11

疯狂的小猪oO·2020-08-21 21:26

squeue2019·2020-08-21 21:24

m0_37586850·2020-08-21 19:43

10条在设计推荐系统中学习到的经验和教训

虐猫人薛定谔·2020-08-21 17:12

关于 Private strand flush not complete

网友发来告警日志，原本是关于一个死锁的情形，而另外的一个问题则是从redologbuffer写出到redologfile出现了不能分配新的日志，Privatestrandflushnotcomplete的等待事件。这是个和redolog相关的话题，从Meatlink也找到了对此的描述如下文。1、错误消息TueSep2414:27:482013Thread1cannotallocatenewlog,

Leshami·2020-08-09 11:55

boost asio 几个问题

strand求教asio中strand的post和dispatch的区别RT求教这2个接口的详细区别先谢谢了看boost文档或者代码。

Rover Ramble·2020-08-06 12:46

【翻译】为何我们要使用boost strands

使用strands最显著的好处就是简化我们的代码，因为通过strand来维护handler不需要显式地同步线程。strands保证同属于一个

whosemario·2020-07-31 23:48

Boost.Asio的使用技巧

基本概念AsioproactorI/O服务work类run()vspoll()stop()post()vsdispatch()buffer类缓冲区管理I/O对象socket信号处理定时器strand参考最近尝试使用了一下

somestill·2020-07-14 22:18

Boost Asio要点概述（二）

三、多任务执行复杂一些的应用，往往存在多个事件任务执行，此时既有可任意顺序执行的场景，也有按指定顺序执行的场景，前者可采用将任务放到多个线程执行，后者要用到”strand”概念。

guxch·2020-07-14 11:46

Biopython 分析序列

report=genbank&from=31164337&to=31170682&strand=true1读取常见的序列文件格式（fasta，gb）2浏览fasta序列文件内容fromBioimportSeqIO

wangchuang2017·2020-07-12 01:39

C++boost之asio strand

以c++boost1.66版本为例，类boost::asio::io_context::strand的主要作用是在asio中利用多线程进行事件处理的时候，如果涉及到多线程访问共享资源，借助于strand

highnewrain·2020-07-12 01:16

boost::asio::spawn 将一统C++网络库

boost::asio::spawn(my_strand,do_echo);一般输入2个参数，参数1是io_service或者是strand，参数2是协程函数，类型如下：voidcoroutine(boost

金庆·2020-07-11 09:33

alert日志中出现Private Strand Flush Not Complete的处理方法

还是南京那个客户的库，alert.log日志还报了如下的错误：FriOct1719:59:512014Thread1cannotallocatenewlog,sequence4722PrivatestrandflushnotcompleteCurrentlog#1seq#4721mem#0:/oradata/sgomp5/redo01.logThread1advancedtologsequence

aaron8219·2020-07-07 02:43

干货实操：微服务Spring Cloud 系列（二） Eureka服务发现与服务注册(strand alone)

此篇主要实操Eureka服务端的服务注册，以及服务发现，并需要认证才能访问控制中心。分五个部分说明：一.认识Eureka二.Eureka服务端开发三.Eureka客户端开发四.多客户端情况查看五.下节预告（多个服务提供后，怎么消费）(一）认识Eureka1.怎么读Eureka英文读音[juə'ri:kə]，中文读音：尤里卡，古希腊词语，词性为感叹词，意思是“我找到了！我发现了！”2.whatisE

zhm6422107·2020-06-30 16:14

演示boost::asio::deadline_timer如何使用

/*标题：演示boost::asio::deadline_timer如何使用作者:Kagula知识点：[1]boost::asio::strand实例让多根线程逐个执行[2]boost::asio::io_service

金士顿·2020-06-29 19:42

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基本概念AsioproactorI/O服务work类run()vspoll()stop()post()vsdispatch()buffer类缓冲区管理I/O对象socket信号处理定时器strand参考最近尝试使用了一下

CodingSir·2020-06-23 06:02

转录因子详细介绍(motif)

TFBS:transcriptionfactorbindingsite转录因子结合位点TFBS是序列内的location，TF特异结合在这里，这个site有这种特点1和一些参考相关的一个位置（开始，结束，strand

Y大宽·2020-03-22 05:11

伦敦到北京，不无聊

从东到西，经过市中心，意外走到Strand（又见King's）,特拉法加广场。。。在希斯罗某大食堂和吃过午饭，逛一遍地下免税店。下午4点35分，BA0

杰西刘·2020-03-17 13:24

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