- 本地blast
德先森的书
建数据库:makeblastdb-in.\miR171.fa-input_typefasta-dbtypenucl比对:blastn-dbmiR171.fa-queryrco.fa-outrco.csv-evalue1e-5-outfmt7-num_threads2
- 探针寻找之旅(2)——与探针匹配的基因组序列的提取
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀
目的是根据现有探针,匹配到转座子,在转座子与探针匹配的位点的相邻区间寻找重复次数高的序列。步骤1stblast提取匹配序列ID#打点当前目录参数cd$(pwd)#建库makeblastdb-incsi.chromosome.fa-dbtypenucl-outcsi.chromosome.fa-parse_seqids#blastn比对1个cpublastn-queryfish.fa-dbcsi.c
- Blast常用命令
BINBINCC
构建蛋白质数据库:makeblastdb-inspinach.fa-parse_seqids-hash_index-outspinach_DB-dbtypeprot构建核酸数据库:makeblastdb-inspinach.fa-parse_seqids-hash_index-outspinach_DB-dbtypenucl#一般带上-parse_seqids-hash_indexblastp-q
- 如何计算kaks值和4dtv值
Davey1220
前期准备不同物种的蛋白和cds序列:os.pep,os.cds,sb.pep,sb.cds依赖程序:blast+,clustalw2,ParaAT,KaKs_Calculator注:所依赖程序需提前安装好,并添加到环境变量中所用脚本:axt2one-line.py,calculate_4DTV_correction.pl获得不同物种之间的同源序列对参考物种的蛋白序列构建索引makeblastdb-
- 基因家族分析三把刀:hmmsearch&blast&orthofinder
一直想要成为大牛的科研狗
我只是个搬运工,侵权请私信,速删方法一:blast数据准备:下载NCBI中相关蛋白序列,将所有的fa序列放在一起成all.pep下载相关基因组的蛋白序列,eg:genome1.fa,genome2.fa。。。数据分析:#用makeblastdb建立blast数据库makeblastdb-inref.nbs.plant.fa-dbtypeprot-outblastdb#用blastp进行序列搜索,得
- blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对
weixin_34032792
数据库jsonpython
之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库(NRNT等)|blastx/diamond使用方法|blast构建索引|makeblastdb本地运行blast时,需要指定outformat。常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析***Formattingoptions-outfmtalignmentviewoptions:0=Pairwise,1=Query-anchored
- windows本地BLAST(二):操作及应用
想要学好生信的小白
以blastn用法为例:1、建索引:makeblastdb-dbtypenucl-inref.fasta注:-dbtype:序列类型,nucl为核酸序列,prot为蛋白序列。-in:输入文件,fasta格式文件。2、比对:blastn-queryquery.fa-dbref.fasta-outfmt6-outquery_result.blastn注:-query:你要查询的输入序列,fasta格式
- blast在linux上的用法
最怕被温柔以待
生信linuxr语言python开发语言
文章目录blast`mdkebalstdb`和`blast`的参数`一VS一`比对示例1.核酸序列比对`blastn`2.蛋白序列比对`blastp``一VS多`比对示例1.核酸序列比对`blastn`备注:blastblast包含核酸序列比对,蛋白序列比对等。主要有两个步骤:建库(makeblastdb)比对(blast)mdkebalstdb和blast的参数makeblastdb-ininp
- 本地blast
茶思饭
建立比对数据库makeblastdb-inMs.Unigene.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outMsrna'##建立比对数据库-in数据来源fasta格式,-dbtype数据库类型,nucl代表核酸prot为蛋白质-parse_seqids用途不明,建议加上,-out数据库名称执行上述代码后将生成后缀为nin,nhr,nsq,nsi,nsd,nog六个文件,至此,自定义
- 2022-06-05多序列比对教程
麦冬花儿
1、格式化数据库makeblastdb-ingenome.pep-dbtypeprot2、序列比对(筛选blast最优结果)blastp-queryAP2.fa-dbgenome.pep-outfmt6-max_hsps1-num_alignments1-outap2.tab-evalue1e-5-num_threads8
- 基因家族 基于 blast比对 筛选串联重复基因
夹竹桃的下午
#定义%identity>70并且aligmentlength>70认为是串联重复基因makeblastdb-inbhlh.cds-dbtypenucl-titlebhlhblastn-num_threads24-dbbhlh.cds-querybhlh.cds-evalue1e-20-outfmt7>blastn.outsamtoolsfaidxbhlh.cdsviKAKS_SHAIXUAN.p
- blast以后使用python提取比对上的序列简单小例子
小明的数据分析笔记本
这里我们用到biopythonblast的输出结果需要保存为xml格式-outfmt设置为5首先是blast构建索引makeblastdb-inZjn_sc00188.1.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outzjn比对blastn-dbzjn-queryquery.fasta-outfmt5-outquery.xml接下来是python里的操作导入用到的模块fromBio.
- 本地BLAST使用方法(command line)
Xylona_MS
PrologueBLAST:BasicLocalAlignmentSearchToolBLASTn:核酸序列比对核酸数据库BLASTx:核酸序列比对蛋白数据库BLASTp:蛋白序列比对蛋白数据库建库并比对1.一对一(一条序列比对一个库)建库:$makeblastdb-inyourdbseq.fasta-dbtypenucl/prot-titleyourdbname-parse_seqids-out
- 用blast进行本地化搜索PHI数据库
咸鱼426
PHI(pathogenhostinteractions)是一个病原菌和宿主互作的数据库,包含了许多已报道的病原菌致病相关基因的信息。网页版的PHIB-blast只能支持很少的序列搜索,但数据量大了只能选择本地blast。在下载数据前需要注册填写一点信息,如何下载fasta格式文件,命名为PHI-base.fasta。1、创建blast数据库makeblastdb-inPHI-base.fasta
- blast与blast+使用(参数、输出文件格式)
纵春水东流
一、BLAST+(NCBI发布于2009年)下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1、建库makeblastdb-indb.fasta-dbtypeprot-outdbname参数说明-in:待格式化的序列文件-dbtype:数据库类型,prot或nucl-out:数据库名-parse_seqids:解析
- 使用R语言包circlize可视化展示blast双序列比对结果
小明的数据分析笔记本
circlize这个包还挺强大的,R语言里用来画圈图还挺方便的。今天这篇文章记录用circlize这个包画圈图展示blast双序列比对结果的代码植物线粒体基因组类的文章通常会分析细胞器基因组间基因转移情况,基本的分析方法就是blast比对。可视化展示可以选择用这个圈图来做首先是使用blast建库比对makeblastdb-inmt.fasta-dbtypenucl-outmtblastn-quer
- 基因家族鉴定---Blastp
MLD_TRNA
数据:研究物种的基因组文件:Protein.fasta近源种的基因家族蛋白序列:protein.fasta建库:makeblastdb-ininput_file-dbtypemolecule_type-parse_seqids-outdatabase_name-logfileFile_Nameinput_file替换为近源物种的目标基因家族的序列名molecule_type为序列类型,更改为nuc
- 本地blast的使用及SRA转fastq,解决sra转换成fastq后bwa无法识别的问题
XH生信ML笔记
二代测序分析本地blastsra数据转换fasta
BLASTinstaliiation直接下载编译好的balst,加入PATH导入PATH,使其在任何terminal中均可使用exportPATH=$PATH:yourdirectory/ncbi-blast-2.9.0+/bincd~vim~/.bash_profilesource~/.bash_profile使用命令建立数据库makeblastdb-inSRR5799563.fasta-out
- 2020-05-26 PASA 基因组结构注释(debugging)
lalalapa
PASA安装perl模块GDDBD::myqcl1.利用cpanorcpanm安装总提示报错,未解决再次利用yuminstall‘perl(GD)'安装成功2.下载UniVec数据后,formatdb命令格式化数据,formatdb命令找不到NCBIftp下载了老版blast寻到了formatdb,折腾了一天时间,发现它生成格式与makeblastdb一样3.Trinity合并多个bam文件sam
- 构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb...
weixin_33806300
参考链接:FTPREADME如何下载NCBINRNT数据库?下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+先了解BLASTDatabases:BLASTFTPSite 如何下载NCBIblast数据库?NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。脚本使用方法:perlup
- 基因组注释之同源搜索
javaLi
1.在uniprot下载fungi蛋白质序列在uniport数据库输入taxonomy:fungiANDreviewed:yes查找蛋白质相关数据,总共找到33905条序列,下载并解压。蛋白质序列下载2.创建本地数据库使用makeblastdb程序,对上述FASTA格式的基因组序列进行处理,建立本地BLAST数据库。/opt/BioBuilds/bin/makeblastdb-inGCA_0009
- Orthologous groups
keaidelele
OrthologousgroupsCAZymedomainsequences正交群体采用CAZyme域序列来运行OrthoMCL程序(http://orthomcl.org/orthomcl/)。这是通过多个步骤完成的,每个步骤如下所述:1.域FASTA序列根据其家族被分类到文件中。2.每个FASTA系列文件都使用程序makeblastdb进行了一些BLAST数据库的默认设置。3.对于每个家族,F
- pdb
keaidelele
howtomakeblastdb看这个网页https://www.biostars.org/p/116885/,你可看到这一行makeblastdb-in/pdbaa-dbtypeprot-dbtype有两个参数,一个是prot表示蛋白质序列,另一个是nucl表示的是核酸。biostars是类似于stackoverflow的网页,很多生物信息的问答在上面,非常好用。我目前的命令行是:blastp-
- 基因组注释之从头预测
javaLi
1.创建本地BLAST数据库使用makeblastdb程序,对上述FASTA格式的蛋白质序列进行处理,建立本地BLAST数据库。makeblastdb-in./uniprot-taxonomy_fungi+reviewed_yes.fasta-titleuniprot_protein-dbtypeprot-outuniprot_protein2.从头预测全基因组中的基因下载安装augustus软件
- 分析记录|blast
琼脂糖
命令makeblastdb-inCAZyDB.07202017.fa-dbtypeprot-outCAZydbnohupblastp-db~/database/pfam/Pfam-A-duplicate.fasta-query../assembly.faa-num_threads8-outpfam.out-outfmt"6"-evalue1e-5>pfam.log2>&1&pfamnrtrembl
- blast
琼脂糖
1.-dbtypeMoleculetypeoftargetdb-parse_seqidsOptiontoparseseqidforFASTAinputifset,forallotherinputtypesseqidsareparsedautomatically2.#Buildtheblastindex.makeblastdb-inindex/all-proteins.fa-dbtypeprot-o
- Blastdbcmd,makeblastdb,blastn.使用简介
天骏
blastdbcmd,makeblastdb,blastn.使用简介运行平台是ubuntu17.041blastdbcmd作用:RetrievessequencesorotherinformationfromaBLASTdatabase它相当于以前的fastacmd.利用这个命令,可以从blast数据库中获得你想要的信息:例子0:`blastdbcmd-dbrefseq_rna-info``bla
- makeblastdb
SuYanan
$makeblastdb-dbtypenucl-input_typefasta-innt3files$makeblastdb-dbtypenucl-input_typefasta-innt-parse_seqids6filesadd:.nog.nsd.nsimakeblastdb_parse_seqids.png$makeblastdb-dbtypenucl-input_typefasta-inn
- 本地blast试运行
miao_hzaupo
Linux由于服务器上已经安装有Blast+,所以就没有安装的步骤啦!目的:将候选基因的ID转换成另一参考基因组的ID准备文件:候选基因氨基酸序列--target.fasta;参考基因组氨基酸序列--reference.facd/home02/qzy/zm/blast#建数据库makeblastdb-inreference.fa-dbtypeprot-parse_seqids-hash_index
- MCScanX
天骏
MCScanX使用方法:首先需要得到物种的蛋白序列以及基因组注释文件:fasta与gff然后通过本地blast建库:$makeblastdb-inat_final.pep.fasta-dbtypeprot-parse_seqids-outat#建库$blastp-queryat_final.pep.fasta-dbat-outat.blast-evalue1e-10-num_threads12-o
- 怎么样才能成为专业的程序员?
cocos2d-x小菜
编程PHP
如何要想成为一名专业的程序员?仅仅会写代码是不够的。从团队合作去解决问题到版本控制,你还得具备其他关键技能的工具包。当我们询问相关的专业开发人员,那些必备的关键技能都是什么的时候,下面是我们了解到的情况。
关于如何学习代码,各种声音很多,然后很多人就被误导为成为专业开发人员懂得一门编程语言就够了?!呵呵,就像其他工作一样,光会一个技能那是远远不够的。如果你想要成为
- java web开发 高并发处理
BreakingBad
javaWeb并发开发处理高
java处理高并发高负载类网站中数据库的设计方法(java教程,java处理大量数据,java高负载数据) 一:高并发高负载类网站关注点之数据库 没错,首先是数据库,这是大多数应用所面临的首个SPOF。尤其是Web2.0的应用,数据库的响应是首先要解决的。 一般来说MySQL是最常用的,可能最初是一个mysql主机,当数据增加到100万以上,那么,MySQL的效能急剧下降。常用的优化措施是M-S(
- mysql批量更新
ekian
mysql
mysql更新优化:
一版的更新的话都是采用update set的方式,但是如果需要批量更新的话,只能for循环的执行更新。或者采用executeBatch的方式,执行更新。无论哪种方式,性能都不见得多好。
三千多条的更新,需要3分多钟。
查询了批量更新的优化,有说replace into的方式,即:
replace into tableName(id,status) values
- 微软BI(3)
18289753290
微软BI SSIS
1)
Q:该列违反了完整性约束错误;已获得 OLE DB 记录。源:“Microsoft SQL Server Native Client 11.0” Hresult: 0x80004005 说明:“不能将值 NULL 插入列 'FZCHID',表 'JRB_EnterpriseCredit.dbo.QYFZCH';列不允许有 Null 值。INSERT 失败。”。
A:一般这类问题的存在是
- Java中的List
g21121
java
List是一个有序的 collection(也称为序列)。此接口的用户可以对列表中每个元素的插入位置进行精确地控制。用户可以根据元素的整数索引(在列表中的位置)访问元素,并搜索列表中的元素。
与 set 不同,列表通常允许重复
- 读书笔记
永夜-极光
读书笔记
1. K是一家加工厂,需要采购原材料,有A,B,C,D 4家供应商,其中A给出的价格最低,性价比最高,那么假如你是这家企业的采购经理,你会如何决策?
传统决策: A:100%订单 B,C,D:0%
&nbs
- centos 安装 Codeblocks
随便小屋
codeblocks
1.安装gcc,需要c和c++两部分,默认安装下,CentOS不安装编译器的,在终端输入以下命令即可yum install gccyum install gcc-c++
2.安装gtk2-devel,因为默认已经安装了正式产品需要的支持库,但是没有安装开发所需要的文档.yum install gtk2*
3. 安装wxGTK
yum search w
- 23种设计模式的形象比喻
aijuans
设计模式
1、ABSTRACT FACTORY—追MM少不了请吃饭了,麦当劳的鸡翅和肯德基的鸡翅都是MM爱吃的东西,虽然口味有所不同,但不管你带MM去麦当劳或肯德基,只管向服务员说“来四个鸡翅”就行了。麦当劳和肯德基就是生产鸡翅的Factory 工厂模式:客户类和工厂类分开。消费者任何时候需要某种产品,只需向工厂请求即可。消费者无须修改就可以接纳新产品。缺点是当产品修改时,工厂类也要做相应的修改。如:
- 开发管理 CheckLists
aoyouzi
开发管理 CheckLists
开发管理 CheckLists(23) -使项目组度过完整的生命周期
开发管理 CheckLists(22) -组织项目资源
开发管理 CheckLists(21) -控制项目的范围开发管理 CheckLists(20) -项目利益相关者责任开发管理 CheckLists(19) -选择合适的团队成员开发管理 CheckLists(18) -敏捷开发 Scrum Master 工作开发管理 C
- js实现切换
百合不是茶
JavaScript栏目切换
js主要功能之一就是实现页面的特效,窗体的切换可以减少页面的大小,被门户网站大量应用思路:
1,先将要显示的设置为display:bisible 否则设为none
2,设置栏目的id ,js获取栏目的id,如果id为Null就设置为显示
3,判断js获取的id名字;再设置是否显示
代码实现:
html代码:
<di
- 周鸿祎在360新员工入职培训上的讲话
bijian1013
感悟项目管理人生职场
这篇文章也是最近偶尔看到的,考虑到原博客发布者可能将其删除等原因,也更方便个人查找,特将原文拷贝再发布的。“学东西是为自己的,不要整天以混的姿态来跟公司博弈,就算是混,我觉得你要是能在混的时间里,收获一些别的有利于人生发展的东西,也是不错的,看你怎么把握了”,看了之后,对这句话记忆犹新。 &
- 前端Web开发的页面效果
Bill_chen
htmlWebMicrosoft
1.IE6下png图片的透明显示:
<img src="图片地址" border="0" style="Filter.Alpha(Opacity)=数值(100),style=数值(3)"/>
或在<head></head>间加一段JS代码让透明png图片正常显示。
2.<li>标
- 【JVM五】老年代垃圾回收:并发标记清理GC(CMS GC)
bit1129
垃圾回收
CMS概述
并发标记清理垃圾回收(Concurrent Mark and Sweep GC)算法的主要目标是在GC过程中,减少暂停用户线程的次数以及在不得不暂停用户线程的请夸功能,尽可能短的暂停用户线程的时间。这对于交互式应用,比如web应用来说,是非常重要的。
CMS垃圾回收针对新生代和老年代采用不同的策略。相比同吞吐量垃圾回收,它要复杂的多。吞吐量垃圾回收在执
- Struts2技术总结
白糖_
struts2
必备jar文件
早在struts2.0.*的时候,struts2的必备jar包需要如下几个:
commons-logging-*.jar Apache旗下commons项目的log日志包
freemarker-*.jar  
- Jquery easyui layout应用注意事项
bozch
jquery浏览器easyuilayout
在jquery easyui中提供了easyui-layout布局,他的布局比较局限,类似java中GUI的border布局。下面对其使用注意事项作简要介绍:
如果在现有的工程中前台界面均应用了jquery easyui,那么在布局的时候最好应用jquery eaysui的layout布局,否则在表单页面(编辑、查看、添加等等)在不同的浏览器会出
- java-拷贝特殊链表:有一个特殊的链表,其中每个节点不但有指向下一个节点的指针pNext,还有一个指向链表中任意节点的指针pRand,如何拷贝这个特殊链表?
bylijinnan
java
public class CopySpecialLinkedList {
/**
* 题目:有一个特殊的链表,其中每个节点不但有指向下一个节点的指针pNext,还有一个指向链表中任意节点的指针pRand,如何拷贝这个特殊链表?
拷贝pNext指针非常容易,所以题目的难点是如何拷贝pRand指针。
假设原来链表为A1 -> A2 ->... -> An,新拷贝
- color
Chen.H
JavaScripthtmlcss
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd"> <HTML> <HEAD>&nbs
- [信息与战争]移动通讯与网络
comsci
网络
两个坚持:手机的电池必须可以取下来
光纤不能够入户,只能够到楼宇
建议大家找这本书看看:<&
- oracle flashback query(闪回查询)
daizj
oracleflashback queryflashback table
在Oracle 10g中,Flash back家族分为以下成员:
Flashback Database
Flashback Drop
Flashback Table
Flashback Query(分Flashback Query,Flashback Version Query,Flashback Transaction Query)
下面介绍一下Flashback Drop 和Flas
- zeus持久层DAO单元测试
deng520159
单元测试
zeus代码测试正紧张进行中,但由于工作比较忙,但速度比较慢.现在已经完成读写分离单元测试了,现在把几种情况单元测试的例子发出来,希望有人能进出意见,让它走下去.
本文是zeus的dao单元测试:
1.单元测试直接上代码
package com.dengliang.zeus.webdemo.test;
import org.junit.Test;
import o
- C语言学习三printf函数和scanf函数学习
dcj3sjt126com
cprintfscanflanguage
printf函数
/*
2013年3月10日20:42:32
地点:北京潘家园
功能:
目的:
测试%x %X %#x %#X的用法
*/
# include <stdio.h>
int main(void)
{
printf("哈哈!\n"); // \n表示换行
int i = 10;
printf
- 那你为什么小时候不好好读书?
dcj3sjt126com
life
dady, 我今天捡到了十块钱, 不过我还给那个人了
good girl! 那个人有没有和你讲thank you啊
没有啦....他拉我的耳朵我才把钱还给他的, 他哪里会和我讲thank you
爸爸, 如果地上有一张5块一张10块你拿哪一张呢....
当然是拿十块的咯...
爸爸你很笨的, 你不会两张都拿
爸爸为什么上个月那个人来跟你讨钱, 你告诉他没
- iptables开放端口
Fanyucai
linuxiptables端口
1,找到配置文件
vi /etc/sysconfig/iptables
2,添加端口开放,增加一行,开放18081端口
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 18081 -j ACCEPT
3,保存
ESC
:wq!
4,重启服务
service iptables
- Ehcache(05)——缓存的查询
234390216
排序ehcache统计query
缓存的查询
目录
1. 使Cache可查询
1.1 基于Xml配置
1.2 基于代码的配置
2 指定可搜索的属性
2.1 可查询属性类型
2.2 &
- 通过hashset找到数组中重复的元素
jackyrong
hashset
如何在hashset中快速找到重复的元素呢?方法很多,下面是其中一个办法:
int[] array = {1,1,2,3,4,5,6,7,8,8};
Set<Integer> set = new HashSet<Integer>();
for(int i = 0
- 使用ajax和window.history.pushState无刷新改变页面内容和地址栏URL
lanrikey
history
后退时关闭当前页面
<script type="text/javascript">
jQuery(document).ready(function ($) {
if (window.history && window.history.pushState) {
- 应用程序的通信成本
netkiller.github.com
虚拟机应用服务器陈景峰netkillerneo
应用程序的通信成本
什么是通信
一个程序中两个以上功能相互传递信号或数据叫做通信。
什么是成本
这是是指时间成本与空间成本。 时间就是传递数据所花费的时间。空间是指传递过程耗费容量大小。
都有哪些通信方式
全局变量
线程间通信
共享内存
共享文件
管道
Socket
硬件(串口,USB) 等等
全局变量
全局变量是成本最低通信方法,通过设置
- 一维数组与二维数组的声明与定义
恋洁e生
二维数组一维数组定义声明初始化
/** * */ package test20111005; /** * @author FlyingFire * @date:2011-11-18 上午04:33:36 * @author :代码整理 * @introduce :一维数组与二维数组的初始化 *summary: */ public c
- Spring Mybatis独立事务配置
toknowme
mybatis
在项目中有很多地方会使用到独立事务,下面以获取主键为例
(1)修改配置文件spring-mybatis.xml <!-- 开启事务支持 --> <tx:annotation-driven transaction-manager="transactionManager" /> &n
- 更新Anadroid SDK Tooks之后,Eclipse提示No update were found
xp9802
eclipse
使用Android SDK Manager 更新了Anadroid SDK Tooks 之后,
打开eclipse提示 This Android SDK requires Android Developer Toolkit version 23.0.0 or above, 点击Check for Updates
检测一会后提示 No update were found