解析分子结构和分子指纹的工具PaDEL‐Descriptor

PaDEL-Descriptor是用于计算分子描述符和指纹的软件。该软件当前可计算797个描述符（663个1D，2D描述符和134个3D描述符）和10种分子指纹。这些描述符和指纹主要使用The Chemistry Development Kit计算得出。

    什么是分子描述符呢，分子描述符是用来描述化学分子的结构信息或实验描述的符号，可将其分为三大类：1D、2D和3D描述符，分别表示化学成分，拓扑，3D形状和功能。描述符可以是简单的一个特征，例如分子体积，也可以是复杂的，例如3D-MoRSE，包含化合物的多种物理化学和结构特性。分子描述符的可以用于建立定量结构活性关系（QSAR）模型以预测新型化合物的生物学活性。

    当前已有许多用于计算分子描述符的商业和免费提供的软件。其中一些是专门为分子描述符的计算而开发的（如：BlueDesc、CDK Descriptor 、DRAGON、MODEL等），也有一些QSAR软件具有计算分子描述符的功能（如： CODESSA Pro, Discovery Studio, Sybyl, MOE），此外，还有一些开源库，例如JOELib、Chemistry Development Kit (CDK)也提供了计算分子描述符的功能。

    但上述计算分子描述符的软件要么就不开源、要么就没有可视化界面、或无法处理多种分子文件格式。今天介绍的 PaDEL‐Descriptor弥补了上述的不足，使用java语言开发，具有可视化界面，接受多种分子文件格式。

    PaDEL‐Descriptor的下载链接如下：http://www.yapcwsoft.com/dd/padeldescriptor/PaDEL-Descriptor.zip，使用方式很简单，安装java后直接在命令提示符界面：java -jar PaDEL-Descriptor.jar，打开主界面如下：

。

    我们通过一个例子来说明如何使用 PaDEL‐Descriptor 从2D结构计算166位的MACCS分子指纹：
首先从drugbank中下载一个分子的2D结构的sdf文件：

    在PaDEL‐Descriptor 中选择该sdf文件所在目录，然后设置输入文件目录及输出文件名，在Fingerprints中选择MACCSFingerprinter：

    点击开始后我们就能获得该分子的分子指纹了。

    当然也可以在该文件夹下放置多个sdf文件进行批量计算。

---

更多原创精彩视频敬请关注生信杂谈: