基于集成网络的细胞特征文库LINCS介绍

LINCS(The Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures)是NIH旗下的通过各种方式扰动细胞（如敲出、过表达某些基因，但主要是药物对细胞的影响），然后对比细胞扰动前后细胞表达谱或其他的细胞进程的数据库。

主要包含以下几个库：

基于CMap的L1000库
    L1000数据库中包含约1,000,000个表达谱，主要是使用32855个小分子对99个细胞系处理，然后在384孔板里测978个landmark基因的表达谱。通过深度学习的方法，根据GEO数据库已有的表达谱预测剩余12328个基因的表达量，官方说准确率>85%，但有些文章还是只使用978个真实基因表达谱数据。

Drug Toxicity Signature Generation Center(DToxS)
    DToxS先通过FEARS（FDA不良事件报告系统）搜索数百种药物组合，发现了某些报告中第二种药物能够减缓第一种药物的毒性，他们假设可以使用这些观察结果来提高预测药物诱导的毒性和药物对缓解的能力。
    DToxS中心寻求 FDA批准的药物引起的不良反应相关的细胞特征，以及通过联合用药来缓解这些影响。从来自不同细胞系获得特征，既包括原代细胞，也包括诱导的多能干细胞，使用单一药物和组合药物处理细胞系。重点关注的是药物引起的心脏毒性，肝毒性和周围神经病变。
DToxS目前公布了的数据：

也给出了处理后的结果文件，也就是某个药物处理后的差异表达基因列表：

Liver Toxicity Knowledge Base (LTKB)
    肝毒性库根据已上市药物状态以及药物标签，将药物分为三类：137个高肝损伤药物(most-DILI-concern)，85 个低肝损伤药物(less-DILI-concern)，65个无肝损伤药物(less-DILI-concern)，且提供了一个基于java的可视化软件，用于查询和预测已知结构药物的肝损伤指数：

Drug Induced Liver Injury Rank (DILIrank) Dataset
    这个肝毒性药物数据集除了上述的三个分类外，还包含了一个未确定分类（Ambigous-DILI-concern）：
1. 192 vMost-DILI-concern drug
2. 278 vLess-DILI-concern drug
3. 312 vNo-DILI-concern drug
4. 254 Ambiguous-DILI-concern drug

信号和表观遗传学的LINCS蛋白质组学表征中心（PCCSE）
    30个药物扰动7个细胞系，然后测磷酸化位点、组蛋白修饰、RNA表达量来自L1000。

HMS LINCS
    HMS描述了细胞对干扰素的反应的基本原理，特别是小分子激酶抑制剂，表观基因组修饰剂和天然配体，如生长因子和炎性细胞因子的水平。目前的研究主要集中在理解剂量和反应之间的关系，细胞间变异的起源和意义，以及正常和疾病背景下药物敏感性和耐药性的分子基础。

Microenvironment Perturbagen (MEP) LINCS Center
    MEP主要研究的是化合物对细胞微环境的改变，MEP-LINCS将使用新型微环境微阵列（MEMA）平台来评估近3000种不同的微环境扰动（MEPs）组合对特定生物和分子的影响，如细胞包括增殖，分化状态和细胞周期等。

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