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尽管幕府正努力改善和欧洲国家之间的关系，但国内民众的排外情绪高涨。[8]6月5日，十四名水户藩的浪人袭击了江户的英国使馆，公使阿礼国爵士逃过一劫，但他的职员受了伤。水户藩的“攘夷”行动依然最为积极，然而其他藩国却反而准备与外国人达成和解。山口县长州藩的大名毛利敬亲认为必须开国，并实现公武合体。
内亲王和年轻将军的婚礼必须等到1862年3月11日才能举行，然而在那之前，反对这桩婚事的人就已经开始动武了。1862年2月14日，公武合体和联姻的主要倡导人老中安藤信行（1819—1871），在去江户城的途中，遭到六名水户藩浪人的袭击。有人朝安藤的轿子开了一枪，但是大约有五十名家臣保护着安藤（井伊直弼的遇刺使幕府官员意识到外出时没有足够的护卫非常危险），他们很快就击毙了这些行凶未遂的刺客。
亲子在婚礼上受到极高的礼遇，被安排坐在主人的座位上。结婚仪式进行了大约十个小时，有足够的时间让新娘更换许多套衣服。亲子第一次见到丈夫时的感觉并没有记录下来，尽管有政治背景，并且后来她和婆婆之间也有矛盾，但是就跟任何皇室婚姻可能的那样，他们的婚姻却非常美满。因为家茂的突然去世，内亲王的婚姻生活只持续了四年半。然而亲子临终之际，要求葬在德川家的墓地，而不是京都。
1862年6月，萨摩大名和父亲派使者到京都，向前左大臣近卫忠熙和权大纳言近卫忠房表达对天皇的支持，并认为幕府亟需改革。他们担心天皇没有足够的护卫，因此已经决定将自己的军队派往京师。近卫忠房听后非常震惊，试着推掉这些不请自来的帮助，但是萨摩藩的领导人并不听从劝告。6月15日，大约一千名萨摩武士进入京都。岛津久光宣称希望看到一些朝廷的高级官员下马，并由近卫忠熙代替九条尚忠的关白位置。他们同时提出幕府的改革要求，希望借此将那些反对公武合体的人清理出去，并要求幕府向朝廷示忠。此次行动一旦完全确立皇权，就可以考虑通过何种方式将其延伸到海外的问题。[23]那天晚上，也许是为了检验萨摩的忠诚，天皇下令岛津久光平定那些引起京师骚乱的浪人
1863年将军访问京都，再次强调了天皇的新地位。这是两百多年来首次有将军访问京都。家茂希望表达自己对宫廷的敬意以及实现公武合体的强烈愿望。2月27日，家茂最重要的顾问德川庆喜在他之前已经访问京都，并受到天皇的接见。三天之后，庆喜参观了学习院，这是孝明的父亲为培养公卿子弟而创办的学校
1863年将军访问京都，再次强调了天皇的新地位。这是两百多年来首次有将军访问京都。家茂希望表达自己对宫廷的敬意以及实现公武合体的强烈愿望。2月27日，家茂最重要的顾问德川庆喜在他之前已经访问京都，并受到天皇的接见。三天之后，庆喜参观了学习院，这是孝明的父亲为培养公卿子弟而创办的学校
11月德川家茂决定率领一支远征军讨伐长州，惩罚长州士兵在京都的不法行为。为了重振幕府的声威，家茂下令各藩国派兵出征。一些藩国找借口拒绝：他们显然不愿意帮助幕府。尽管长州被称为叛徒，但它的勇敢立场受到大家的钦佩，当下关遭联军轰炸的消息传来时，举国上下都很同情长州。幕府注意到了这种情绪，因此只要求长州道歉并提交一份认过书。毛利敬亲同意了这些条件，为表示顺从，他献上了三个主要谋臣的人头，并答应将按照幕府的要求处置三条实美等逃到长州的公卿。
这些零散的证据似乎表明，天皇纪中宫廷平静生活的记载可能掩盖了一些不太好的实际情况——亲王甚至向父亲叫喊着尊王攘夷的口号，而孝明试图通过沉迷于美酒和女人来忘却苦恼。
1866年2月，一直为实现两藩结盟而奔走的土佐藩士坂本龙马（1835—1867）和中冈慎太郎（1838—1867）和西乡见面，探讨萨摩和长州之间积极合作的计划。[28]他们的战斗口号已经不再是“攘夷”。“倒幕”、“王政复古”的目标将两藩紧密团结在一起。3月，在坂本龙马的协助下，木户孝允（1833—1877）和西乡隆盛分别代表长州和萨摩签署了协议。
德川家茂的死对孝明天皇的打击很大。他非常喜欢这个朋友，一度相信他们能够合力实现公武合体的理想。假如天皇能够忘掉这个理想并接受王政复古的新理想，那他无疑会幸运一些。届时不仅有大多数公卿的支持，还有武士阶层的支持，但他却拒绝放弃自己的旧理念。
1867年1月10日，天皇授予德川庆喜“攘夷大将军”的称号，以表示自己依然坚定地支持公武合体的理念。这是他在位时颁布的最后几个法令之一。一个星期后的1月16日，天皇连日不舒服，但还是在内殿观看了神乐舞蹈的表演。太医诊断是感冒，虽然建议不要参加，但天皇仍抱病参加仪式，然而表演结束之前，天皇感到极为难受，提前离场。此后他的病情加重。两天后，天皇发高烧并卧床不起。1月20日，太医宣布天皇得了天花。经过调查，发现一个名为藤丸的侍从曾经得过天花，但是经过长时间的治疗已经康复。1月15日，藤丸又开始在宫里露面，人们怀疑天皇是被他传染。
自从孝明拒绝同意以来局势已经发生了许多变化。不仅发生了征讨长州和前将军去世，而且外国人在要求日本兑现条约的承诺时也理直气壮得多。日本没有选择，只有同意。较之被动地默许，日本应该以一种新的眼光看待世界局势。在“四海同胞一视同仁”这句古老格言的指导下，新王朝建立伊始必须启动国家的重建。这样一洗过去之陋习，数年之内国家将变得繁荣富强。帝国的光辉将泽被四海，天皇也会变得安心。
尊王派自称非常尊敬天皇，但他们的忠诚通常只表现为反对将军，并不清楚幕府垮台后国家能获得什么好处。
为解决与俄罗斯之间关于如何处置萨哈林岛的争端，幕府派两名官员到圣彼得堡去和俄国人谈判。当时岛上居住着日本人和俄国人，两国居民之间的争端从未间断。日本提议以北纬五十度将萨哈林岛一分为二；俄国人要求占有整个岛屿，但是同意放弃择捉岛和其他三个小岛。谈判陷入僵局，不过，1867年的3月18日，两国最终签署了一份临时协议，约定双方均可使用该岛，但要求两国人民真诚友好地相处。这是一个两国的定居者都不满意且不太可能实现的条约，但却标志着日本外交史上迈出了重要一步：这是日本使团首次出国谈判。
幕府面临的最紧迫问题自然是它的存续问题。已经有许多历史学家研究过日益高涨的倒幕运动的始末，因此我在这里只需说一点就够了：原先的死对头长州藩和萨摩藩结成联盟，成为刺激倒幕事业的关键因素。主要位于本州西部、九州和四国的倒幕各藩越来越不满幕府垄断了利润非常丰厚的对外贸易。然而在反对幕府时，他们通常都不会说这一点；相反，他们说的是王政必须复古。
京都贵族和那些旨在推翻幕府的武士之间也有往来。仍然软禁在岩仓村的岩仓具视一直与萨摩藩的主要领导人保持联系，另外，各藩来的访客也给他带来了最新消息。7月，中冈和坂本来拜访岩仓，并恳求他与宿敌三条实美和解。岩仓同意后，中冈又远赴九州成功地说服三条忘记旧怨。这样一来，勤王派两位公家在倒幕这一点上达成一致，并得到萨长两藩的支持。
王政复古并没有给京都带来和平与稳定。谣言频发使得气氛高度紧张。11月14日，岩仓具视秘密前往京都的萨摩藩邸，通知他们应对紧急事态。一名与岩仓关系密切的前官员告诉他，大垣藩的一名武士向老中献策，建议焚烧萨摩驻京都的宅邸，随后在混乱中将天皇劫往大阪城。岩仓相信了这个很可能毫无根据的谣言，匆忙去警告萨摩的武士小心谨慎，以防不测。
不管鸟羽之战的胜利应该归功于谁，这一仗的胜利却是决定性的。幕府军弃阵而逃。他们企图在一名老中的封地淀城重新集结，但却被拒之城外，极度吃惊之余也开始恐慌起来。这是第一次有本该效忠幕府的军队出现背叛行为。第二次则出现在一天之后，守护大阪门户山崎的津藩将枪炮对准了幕府军。