一、下载神器Aspera Connect

下载

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

解压 tar zxvf
安装 bash
查看是否安装成功，cd~进入根目录，ls -a查看有无 .aspera 文件
添加环境变量

export PATH=/usr/local/mongodb/bin:$PATH
which命令可以查看软件的PATH

配置完后可通过 echo $PATH 查看配置结果

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
~代表家目录
~/表示/home/arrow/
>> 输出重定向，将结果输出到 .bashrc 文件

source ~/.bashrc
对当前用户永久生效

ascp工具的参数说明

-v 实时知道程序在干啥
-T 取消加密，否则有时候数据下载不了
-i 提供私钥文件的地址，不可少
-k 断点续传，一般设置为值1

二、conda的自动安装

下载miniconda软件

百度miniconda，选择Linux下64-bit的版本下载

# 用 -c 命令下载中断的话可以再次执行此命令继续下载
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装时可以选择将路径添加到bashrc中
可以 vim ~/.bashrc 查看
安装好后可在家目录下看到 miniconda3

命令行输入conda找不到是未激活，现在激活conda

source ~/.bashrc

三、常用软件的添加

在conda中并不包含生物信息学软件源，所以需要把生物信息学相关的chanels添加到conda中，bioconda可以快捷安装许多生物信息的软件，而无需自己解决软件之间的依赖关系。


conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge

四、添加国内镜像

目的是：加快软件下载速度【因为conda是国外的软件管理器，不添加会自动默认从国外网站下载】
直接一行行运行代码即可

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

软件安装升级与卸载

查看当前所有软件

conda list

搜索软件（如：数据质控软件fastqc）

conda search fastqc

会搜索出软件的各个版本

能search到的soft可以直接安装

conda install fastqc -y  默认最新版本
也可以选择安装指定的版本
conda install fastqc=0.11.7 -y

安装完成后直接软件名--help 若有帮助文档则是安装成功
升级软件

conda update 软件名

卸载软件

conda remove fastqc -y

conda中没有的软件需自行编译安装

编译流程
①配置 ./configure
②编译 make
③安装 make install
④如果报错是权限问题需重新配置 prefix 将路径设置为有权限的地方
⑤重新编译 make clean，执行后./configure --prefix= ,②③

samtools安装为例

samtools一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令

samtools官网 -- 复制下载链接

# 安装压缩包
# 参数说明： j-带有bz2属性的压缩包 x-解压  v-显示过程 f-要操作的文件名
 tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2

解压时遇到点小问题

原因：没有用gzip格式压缩，所以不用加z指令就可以了

进入到samtools，配置 configure文件
执行 ./configure

发现了一个报错

解决方法
原因是没安装合适的编译器
解决：sudo yum install gcc-c++

make 编译

又出现了这一个错误

原因是没安装ncurses
解决：

Debian/ Ubuntu Linux系统中
sudo apt-get install libncurses5-dev libncursesw5-dev

CentOS
yum install ncurses-devel ncurses

又出现了这个错误

解决：yum search bzip2

紧接着又是这个错误

解决：yum install -y xz-devel

再make一下，看是否还有报错，没的话重新编译先执行 make clean

相当于重新开始编译安装

重新配置，因为需要可执行权限
./configure --prefix=/root/sam/samtools
/root/sam 是放置的文件夹位置，samtools是安装后的名字
②make
③make install
安装成功后会发现sam目录下多了一个叫samtools的目录

进入samtools目录再进入bin目录

执行 ./samtools 出现了帮助信息就是安装成功了

现在有个新问题就是出去了这个目录运行samtools会报错
解决的方法是我们要把路径添加到 bashrc 中去
①在samtools/bin目录下 pwd 获取当前的路径复制
②vim ~/.bashrc
添加复制的路径
export PATH="/root/sam/samtools/bin:$PATH"
③保存退出
:wq
④重新加载
. ~/.bashrc
⑤检查是否添加成功
其他目录下输入 samtools 看是否有帮助文档

一、常用软件安装