调和小区株树的计算

计算家系平均遗传力时，如果数据不平衡（小区株树不一致）需要用到调和小区株树（nk）。

• 单点
  
• 多点
  

nk的计算在黄少伟的论文中（黄少伟; 钟伟华 用小区平均值估算单株遗传力的方法. 华南农业大学学报 1998, 19, 76–81.）有介绍，计算公式为：

调和小区株树.png

关键点是得到具体方法每个小区的株树，加起来然后用地点数、区组数和家系数的积除一下即可得。

• SPSS
  用general linear model中的univariate分析，响应变量选择一个最好没有缺失值的变量，单点时自变量选择family和block，多点则把site也选上。当然我们并不真的要做回归或ANOVA，所以要在options中勾选描述性统计，这个才是我们需要的。出来的结果是这样的：

output.png

我们需要最右列 N，复制到Excel中，注意把所有Total的行去掉，按照公式计算就可以了。

• R

n_s=2; n_r=5; n_f <- length(levels(df$Fam))
df_freq <- table(df$Fam, df$Rep) %>% as.data.frame() %>% filter(Freq!=0) 
n_p <- n_r*n_f/sum(1/df_freq$Freq)


harm_plot <- function(Fam, Rep) {
  n_f <- length(levels(Fam))
  n_r <- length(levels(Rep))
  df_freq <- table(Fam, Rep) %>% as.data.frame() %>% filter(Freq!=0) 
  n_p <- n_r*n_f/sum(1/df_freq$Freq)
  return(n_p)
}