NGS小技能（1）：下载SRA数据的N种方法

前言

从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，网上介绍的下载SRA数据方法也是各种各样，到底哪一种更好，关键在于哪种更适合你自己。下面我就跟大家分享一下，目前适合我的几种下载方式（没错，排在第一的是迅雷...）。

方法

1）信息检索

在 NCBI 网站SRA 数据库中搜索：项目ID（PRJ开头）、 Run ID（PRR开头），点击send to，发送搜索结果信息到： Run Selector

fig1.png

2）选择数据

勾选要下载的数据，点击： Accession List

fig2.png

3）获取地址

根据下载得到的SRR_Acc_List.txt 获取你所需要的下载地址或者命令：

（1）迅雷下载

$ perl -ne 'chomp;print "http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$1/$1$2/$_/$_.sra \n" if(/^(\w{3})(\d{3})/); ' SRR_Acc_List.txt > download_urls.txt
$ cat download_urls.txt

http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389352/SRR4389352.sra 
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389122/SRR4389122.sra 
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4388699/SRR4388699.sra 
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090164/SRR2090164.sra 
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090165/SRR2090165.sra 
http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090166/SRR2090166.sra 

（2）wget 下载

$ perl -ne 'chomp;print "wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$1/$1$2/$_/$_.sra \n" if(/^(\w{3})(\d{3})/); ' SRR_Acc_List.txt > wget.sh
$ cat wget.sh

wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389352/SRR4389352.sra 
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389122/SRR4389122.sra 
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4388699/SRR4388699.sra 
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090164/SRR2090164.sra 
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090165/SRR2090165.sra 
wget -c http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090166/SRR2090166.sra

（3）ascp 下载

$ perl -ne 'chomp;print "ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$1/$1$2/$_/$_.sra .\n" if(/^(\w{3})(\d{3})/); ' SRR_Acc_List.txt > ascp.sh
$ cat ascp.sh

ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389352/SRR4389352.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4389122/SRR4389122.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR438/SRR4388699/SRR4388699.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090164/SRR2090164.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090165/SRR2090165.sra .
ascp -QT -l 100M -i /Software/aspera-connect-3.6.2/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR209/SRR2090166/SRR2090166.sra .

(未完待续...)

结语

下载SRA数据对于生信人来说，是一个很基础的技能，之所以写出来，是为了记录整理，也是为了分享，欢迎补充~

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dulunar ： NCBI-SRA和EBI-ENA数据库