- 暴露年龄的回忆杀-温州
千百果one
生命中真正重要的不是你遭遇了什么,而是你记住了哪些事,又是如何铭记的1.陌生的气候陌生的城说起来是到温州,到不如说是过温州,在柳市的。也是我最近又有些向往走出去,想着南方应该是温暖的,而我在柳市时,感觉到的却是骨头关节阵阵的疼痛,早晚天气也是凄冷,只是中午时,阳光和绚的很是舒服,像北方的中秋时节,却一直是潮乎乎的,打印纸从来都有绵柔的。我是有关节炎的,上楼下楼,都能听到我的腿关节,可可吧吧的作响,
- 大模型日报2024-06-07
赛博 AI
大模型日报人工智能AIGCGPT4oOpenAIGemini
大模型日报2024-06-07大模型资讯大规模单细胞转录组学基础模型研究摘要:大型预训练模型已成为基础模型,在自然语言处理及相关领域取得突破。本文介绍了在单细胞转录组学领域应用大规模基础模型的研究进展。MMLU-Pro:评估语言理解模型的新基准摘要:MMLU-Pro是一个增强型基准,旨在评估语言理解模型在更广泛和更具挑战性的任务中的表现。最近,大型语言模型在自然语言处理领域取得了显著进展,推动了这
- 雷达图在单细胞数据分析中的应用
周运来就是我
听过周老师的课的同学,应该有印象:周老师在讲单细胞数据结构的时候提到过,单细胞数据是表达量数据,每个数值表示的是表达量,也就是含量,是一个非负数。表达量这个可以有绝对表达量和相对表达量,也就是所占的比例。基于这个简单淳朴的认知,其实我们就可以画出很多好玩的图,如雷达图。雷达图是以从同一点开始的轴上表示的三个或更多个定量变量的二维图表的形式显示多变量数据的图形方法。今天在逛一个单细胞免疫数据库的时候
- seurat提取表达矩阵_10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程
幸福的小酒瓶
seurat提取表达矩阵
刘小泽写于19.10.15笔记目的:根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10XGenomics技术相关的分析课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=55第二单元第7讲:走Seurat标准流程【文章结构总-分-总,结尾有完整的代码,熟悉者前面可以跳过,去看后面8min完成的代码】前言前面介绍了自己利用cellrangerc
- scRNA-data中的R值
武艺晴小朋友你好
r语言数据可视化
愿武艺晴小朋友一定得每天都开心当我们测序拿得到各个样本中基因的表达值,就可以用基因表达值来表征样本间的相关性代码如下:#样本间相似性:R值相关性捕获到的基因在两个样本间表达趋势一致性exp_RNA1000)head(label)ggPoint(x=df$fed,y=df$memory_66d,size=1,title="r=0.41",colorDensity=TRUE,continuousSet
- 单细胞DNA测序方法比较及应用
6102
Lorenz曲线:越接近对角线,测序覆盖越均一Bulk大量细胞测序MDA直接使用DNA聚合酶Phi29扩增均一度:Bulk>MALBAC>MDA3种方法测肿瘤细胞CNV:横轴-染色体序列;纵轴-测序的覆盖深度fig.ABC:MALBAC法还算能看清拷贝数变异fig.D:Bulk法看拷贝数变异很直接清晰fig.E:MDA法拷贝数变异的信息较模糊生殖健康方面的一个应用染色体平衡易位,常见于习惯性流产家
- 为什么会得滑膜炎,滑膜炎该怎么治疗?
柒柒_f8a9
滑膜炎能不能治好,可不可以自愈?这大概是得了滑膜炎的朋友最关心的问题了,有一部分病人能自愈,但大部分病人不能自愈,不治疗或治疗不及时,可导致创伤性骨关节炎或使原有骨关节炎症加重。呼和浩特中安骨关节的专家说:“滑膜炎,最喜欢盯上膝关节”。滑膜炎是一种多发性疾病,还有点“挑剔”,总是盯上膝关节。滑膜炎是一种无菌型炎症,滑膜的功能异常会导致关节液无法正常生成和吸收,滑膜的形态改变还会侵袭膝关节软骨。不过
- Trimmomatic 数据过滤
生信编程日常
Trimmomatic是一个很常用的Illumina平台数据过滤工具。支持SE和PE测序数据。主要用来去除Illumina平台的fastq序列中的接头,并根据碱基质量值对fastq进行修剪。用法:Trimmomatic=~/biotools/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jaradapter=~/biotools/Trimmomatic-0.36/adapte
- 单细胞转录组和表观组学图谱揭示效应、记忆和耗竭CD8 T细胞在不同细胞命运分化中的共享生物学特征(下篇)
Davey1220
文章信息文章题目:Longitudinalsinglecelltranscriptionalandepigeneticmappingofeffector,memory,andexhaustedCD8Tcellsrevealssharedbiologicalcircuitsacrossdistinctcellfates期刊:bioRxiv链接:https://www.biorxiv.org/cont
- Signac::EnhanceCoveragePlot 参考实现流程
倪桦
r语言Signaccoverageplot
Signac中的CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具,常用于ATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)数据分析。它显示了特定基因组区域内测序读取的覆盖度,即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。通过将多个样本的Coverag
- 2022-01-14
Tree_microbiome
Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组测序数据可视化,微生物组测序分析领域博主(一)不同分类水平注释结果相对丰富度转化在微生物组测序中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平(level1,level2,level3……)的注释结果,一般我们用这些不同注释结果做微生物组的组成的堆积图,但是这些并不是相对丰富度,因此我们需要对其进行转换。以level-6属水平注释结
- 科研绘图系列:R语言单细胞差异基因四分图(Quad plot)
生信学习者2
R语言可视化r语言数据分析数据挖掘
介绍在单细胞分析领域,为了探究不同分组间同一细胞类型的基因表达差异,研究者们常采用四分图(QuadPlot)作为分析工具。该图形的横轴代表比较组1,而纵轴代表比较组2。通过这种布局,四分图能够有效地展示两组间共有的差异表达基因,从而为深入理解细胞类型在不同条件下的分子特性提供直观的视角。这种可视化方法不仅揭示了组间基因表达的异同,还有助于识别可能在生物学过程或疾病发生中起关键作用的基因。加载R包导
- 解惑深度学习中的困惑度Perplexity
Axlsss
深度学习统计知识深度学习人工智能数学建模
困惑度的定义困惑度(Perplexity)是衡量语言模型好坏的一个常用指标。语言模型(languagemodel)可以预测序列(比如一个句子)中每个时间步词元(比如一个句子中的逐个单词)的概率分布,继而计算一个序列的概率。一个好的语言模型应该有更高的概率生成一个好的序列,即生成的序列不应该让人感到很困惑,困惑度的核心思想是:序列生成的概率越大,其困惑度越小,因此可以使用困惑度这个指标来评估语言模型
- 使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析(有参情况)
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寻找差异表达的基因并识别它们的功能,是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显,这些差异的基因必然与功能改变密切相关,例如,比较患病个体与正常个体的组织表达谱,不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等,导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么,后续如何继续通过生信分析的方法,探索差异表达的基因发挥了怎样的功能,参
- 1区9+非肿瘤纯生信,逻辑清晰易懂,机器学习筛选关键基因的纯生信也可以发高水平期刊,抓紧上车!
生信小课堂
影响因子:9.186关于非肿瘤生信,我们也解读过很多,主要有以下类型1单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。2单个疾病结合免疫浸润,热点基因集,机器学习算法等。3两种相关疾病联合分析,包括非肿瘤结合非肿瘤,非肿瘤结合肿瘤或者非肿瘤结合泛癌分析4基于分型的非肿瘤生信分析5单细胞结合普通转录组生信分析目前非肿瘤生信发文的门槛较低,有需要的朋友欢迎交流研究概述:本研究首先使用R语言在三个基因表达
- 论文阅读瞎记(四) Cascade R-CNN: Delving into High Quality Object Detection 2017
码大哥
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概述在物体检测中1,IOU阈值被用于判定正负样本。在低IOU阈值比如0.5的状态下训练模型经常产生噪音预测,然而检测效果会随着IOU增加而降低。两个主要因素:1.训练时的过拟合,正样本指数消失2.检测器最优IOU与输入假设的不匹配。一个单阶段的物体检测器CascadeR-CNN被提出用于解决这些问题。网络由一个检测序列组成,这些序列训练时会伴随IOU增长从而对FP样本更加有选择性地判别。检测器一个
- 肿瘤免疫微环境/免疫浸润分析
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肿瘤免疫微环境/免疫浸润1.概念:肿瘤及微环境肿瘤细胞肿瘤微环境基质细胞成纤维细胞免疫细胞:B细胞、T细胞等肿瘤免疫微环境:就是肿瘤的内部和周围往往聚集着大量的免疫细胞。这些免疫细胞与肿瘤细胞存在复杂相互作用和调节。免疫微环境或免疫浸润分析:本质上,就是搞清楚肿瘤组织当中免疫细胞的构成比例。2.计算免疫微环境的常用方法:“实测法”,高精度的单细胞测序,SinglecellRNA-seq等手段。即一
- 7+非肿瘤纯生信,内容不多但思路值得借鉴!
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转录因子分析可以了解细胞异质性背后的基因调控网络的异质性。转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容,R语言分析一般采用的是SCENIC包,具体原理可参考两篇文章。1、《SCENIC:single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering》。2、《AscalableSCENICworkflowforsingle-cellgeneregulatoryne
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- 【好书分享第十期】大模型应用解决方案_基于ChatGPT和GPT-4等Transformer架构的自然语言处理(文末送书)
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- 科研盘点丨空间转录组技术在肝脏研究中的应用
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哺乳动物的肝脏是维持代谢稳态及解毒的重要器官,单细胞RNA测序技术可以鉴定到大多数肝细胞类型,但如何获取细胞类型在组织上的定位及其基因表达情况,并研究细胞间相互作用及通讯对于增强我们对肝脏发育及疾病发生、发展机制的了解至关重要。10x空间转录组技术结合显微成像、靶向探针捕获、芯片、测序技术,从一片完整的冰冻组织切片或石蜡组织切片中获取切片不同位置细胞中转录组数据,并将组织学和基因表达分析相结合。接
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来源:FoodPrevent/翻译:Forest幺林免责声明:本文观点与译者无关。文章内容仅供参考,并不构成疾病预防,控制,治疗方面的任何建议,相关问题请务必遵从医生或其他专业人士的指导。肿胀,疼痛,僵硬,关节活动范围减小。这些都是关节炎的常见症状。事实上,关节炎如此普遍,它影响了5400万成年人和30万婴儿和儿童,有100多种不同的相关疾病。这是来自于关节炎基金会的说法。类风湿关节炎属于自身免疫
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- 文献01-单细胞多组学
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文献-单细胞多组学python
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- 如何处理NGS数据中的污染?
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本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题,在测序中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染,例如,我想测序拟南芥,其中由于实验员的操作不够干净,很容易引入一些人类的DNA,又或者该拟南芥的叶子上也混杂着细菌真菌等其他的DNA。当你进行组装或者做一些后续分析,这些污染会造成一些可想不到的不良影响。这篇文章会和大家讨论一下,处理NGS数据中的微生物污染?清理原始数据显而易见的,在一开始
- 隐马尔可夫模型(HMM) |前向算法 |一个简单的例子说清计算过程 |一般步骤总结
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算法隐马尔可夫模型
如是我闻:本文通过一个简单的例子来详细说明隐马尔可夫模型(HMM)的前向算法我们求解的问题类型是:给定模型及观测序列计算其出现的概率。隐马尔可夫模型由三个主要部分组成:隐藏状态集合观测状态集合以及三个概率矩阵(状态转移概率矩阵、观测概率矩阵、和初始状态概率向量)1.示例说明假设有一个简化的天气模型,其中隐藏状态是“晴朗”(Sunny)和“雨天”(Rainy),观测状态是“干燥”(Dry)和“湿润”
- 究竟什么是类风湿性关节炎?
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类风湿关节炎是一种致病机制不明的慢性、疑难性的周身免疫性疾病,中医上属“痹病”范畴。类风湿关节炎主要特征为对称性、持续性多关节炎,以手足小关节受累最为常见,也可累及胸锁关节、颈椎等关节和其它器官,严重影响着患者的工作、学习和日常生活。类风关节炎的临床表现:了解了类风湿关节炎的病因和病理之后,我们来看一下它的临床表现。类风关的临床表现分为关节表现和关节外表现,以关节表现为主。包括:晨僵、关节疼痛与压
- 怎么样才能成为专业的程序员?
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编程PHP
如何要想成为一名专业的程序员?仅仅会写代码是不够的。从团队合作去解决问题到版本控制,你还得具备其他关键技能的工具包。当我们询问相关的专业开发人员,那些必备的关键技能都是什么的时候,下面是我们了解到的情况。
关于如何学习代码,各种声音很多,然后很多人就被误导为成为专业开发人员懂得一门编程语言就够了?!呵呵,就像其他工作一样,光会一个技能那是远远不够的。如果你想要成为
- java web开发 高并发处理
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javaWeb并发开发处理高
java处理高并发高负载类网站中数据库的设计方法(java教程,java处理大量数据,java高负载数据) 一:高并发高负载类网站关注点之数据库 没错,首先是数据库,这是大多数应用所面临的首个SPOF。尤其是Web2.0的应用,数据库的响应是首先要解决的。 一般来说MySQL是最常用的,可能最初是一个mysql主机,当数据增加到100万以上,那么,MySQL的效能急剧下降。常用的优化措施是M-S(
- mysql批量更新
ekian
mysql
mysql更新优化:
一版的更新的话都是采用update set的方式,但是如果需要批量更新的话,只能for循环的执行更新。或者采用executeBatch的方式,执行更新。无论哪种方式,性能都不见得多好。
三千多条的更新,需要3分多钟。
查询了批量更新的优化,有说replace into的方式,即:
replace into tableName(id,status) values
- 微软BI(3)
18289753290
微软BI SSIS
1)
Q:该列违反了完整性约束错误;已获得 OLE DB 记录。源:“Microsoft SQL Server Native Client 11.0” Hresult: 0x80004005 说明:“不能将值 NULL 插入列 'FZCHID',表 'JRB_EnterpriseCredit.dbo.QYFZCH';列不允许有 Null 值。INSERT 失败。”。
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- Java中的List
g21121
java
List是一个有序的 collection(也称为序列)。此接口的用户可以对列表中每个元素的插入位置进行精确地控制。用户可以根据元素的整数索引(在列表中的位置)访问元素,并搜索列表中的元素。
与 set 不同,列表通常允许重复
- 读书笔记
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1. K是一家加工厂,需要采购原材料,有A,B,C,D 4家供应商,其中A给出的价格最低,性价比最高,那么假如你是这家企业的采购经理,你会如何决策?
传统决策: A:100%订单 B,C,D:0%
&nbs
- centos 安装 Codeblocks
随便小屋
codeblocks
1.安装gcc,需要c和c++两部分,默认安装下,CentOS不安装编译器的,在终端输入以下命令即可yum install gccyum install gcc-c++
2.安装gtk2-devel,因为默认已经安装了正式产品需要的支持库,但是没有安装开发所需要的文档.yum install gtk2*
3. 安装wxGTK
yum search w
- 23种设计模式的形象比喻
aijuans
设计模式
1、ABSTRACT FACTORY—追MM少不了请吃饭了,麦当劳的鸡翅和肯德基的鸡翅都是MM爱吃的东西,虽然口味有所不同,但不管你带MM去麦当劳或肯德基,只管向服务员说“来四个鸡翅”就行了。麦当劳和肯德基就是生产鸡翅的Factory 工厂模式:客户类和工厂类分开。消费者任何时候需要某种产品,只需向工厂请求即可。消费者无须修改就可以接纳新产品。缺点是当产品修改时,工厂类也要做相应的修改。如:
- 开发管理 CheckLists
aoyouzi
开发管理 CheckLists
开发管理 CheckLists(23) -使项目组度过完整的生命周期
开发管理 CheckLists(22) -组织项目资源
开发管理 CheckLists(21) -控制项目的范围开发管理 CheckLists(20) -项目利益相关者责任开发管理 CheckLists(19) -选择合适的团队成员开发管理 CheckLists(18) -敏捷开发 Scrum Master 工作开发管理 C
- js实现切换
百合不是茶
JavaScript栏目切换
js主要功能之一就是实现页面的特效,窗体的切换可以减少页面的大小,被门户网站大量应用思路:
1,先将要显示的设置为display:bisible 否则设为none
2,设置栏目的id ,js获取栏目的id,如果id为Null就设置为显示
3,判断js获取的id名字;再设置是否显示
代码实现:
html代码:
<di
- 周鸿祎在360新员工入职培训上的讲话
bijian1013
感悟项目管理人生职场
这篇文章也是最近偶尔看到的,考虑到原博客发布者可能将其删除等原因,也更方便个人查找,特将原文拷贝再发布的。“学东西是为自己的,不要整天以混的姿态来跟公司博弈,就算是混,我觉得你要是能在混的时间里,收获一些别的有利于人生发展的东西,也是不错的,看你怎么把握了”,看了之后,对这句话记忆犹新。 &
- 前端Web开发的页面效果
Bill_chen
htmlWebMicrosoft
1.IE6下png图片的透明显示:
<img src="图片地址" border="0" style="Filter.Alpha(Opacity)=数值(100),style=数值(3)"/>
或在<head></head>间加一段JS代码让透明png图片正常显示。
2.<li>标
- 【JVM五】老年代垃圾回收:并发标记清理GC(CMS GC)
bit1129
垃圾回收
CMS概述
并发标记清理垃圾回收(Concurrent Mark and Sweep GC)算法的主要目标是在GC过程中,减少暂停用户线程的次数以及在不得不暂停用户线程的请夸功能,尽可能短的暂停用户线程的时间。这对于交互式应用,比如web应用来说,是非常重要的。
CMS垃圾回收针对新生代和老年代采用不同的策略。相比同吞吐量垃圾回收,它要复杂的多。吞吐量垃圾回收在执
- Struts2技术总结
白糖_
struts2
必备jar文件
早在struts2.0.*的时候,struts2的必备jar包需要如下几个:
commons-logging-*.jar Apache旗下commons项目的log日志包
freemarker-*.jar  
- Jquery easyui layout应用注意事项
bozch
jquery浏览器easyuilayout
在jquery easyui中提供了easyui-layout布局,他的布局比较局限,类似java中GUI的border布局。下面对其使用注意事项作简要介绍:
如果在现有的工程中前台界面均应用了jquery easyui,那么在布局的时候最好应用jquery eaysui的layout布局,否则在表单页面(编辑、查看、添加等等)在不同的浏览器会出
- java-拷贝特殊链表:有一个特殊的链表,其中每个节点不但有指向下一个节点的指针pNext,还有一个指向链表中任意节点的指针pRand,如何拷贝这个特殊链表?
bylijinnan
java
public class CopySpecialLinkedList {
/**
* 题目:有一个特殊的链表,其中每个节点不但有指向下一个节点的指针pNext,还有一个指向链表中任意节点的指针pRand,如何拷贝这个特殊链表?
拷贝pNext指针非常容易,所以题目的难点是如何拷贝pRand指针。
假设原来链表为A1 -> A2 ->... -> An,新拷贝
- color
Chen.H
JavaScripthtmlcss
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd"> <HTML> <HEAD>&nbs
- [信息与战争]移动通讯与网络
comsci
网络
两个坚持:手机的电池必须可以取下来
光纤不能够入户,只能够到楼宇
建议大家找这本书看看:<&
- oracle flashback query(闪回查询)
daizj
oracleflashback queryflashback table
在Oracle 10g中,Flash back家族分为以下成员:
Flashback Database
Flashback Drop
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Flashback Query(分Flashback Query,Flashback Version Query,Flashback Transaction Query)
下面介绍一下Flashback Drop 和Flas
- zeus持久层DAO单元测试
deng520159
单元测试
zeus代码测试正紧张进行中,但由于工作比较忙,但速度比较慢.现在已经完成读写分离单元测试了,现在把几种情况单元测试的例子发出来,希望有人能进出意见,让它走下去.
本文是zeus的dao单元测试:
1.单元测试直接上代码
package com.dengliang.zeus.webdemo.test;
import org.junit.Test;
import o
- C语言学习三printf函数和scanf函数学习
dcj3sjt126com
cprintfscanflanguage
printf函数
/*
2013年3月10日20:42:32
地点:北京潘家园
功能:
目的:
测试%x %X %#x %#X的用法
*/
# include <stdio.h>
int main(void)
{
printf("哈哈!\n"); // \n表示换行
int i = 10;
printf
- 那你为什么小时候不好好读书?
dcj3sjt126com
life
dady, 我今天捡到了十块钱, 不过我还给那个人了
good girl! 那个人有没有和你讲thank you啊
没有啦....他拉我的耳朵我才把钱还给他的, 他哪里会和我讲thank you
爸爸, 如果地上有一张5块一张10块你拿哪一张呢....
当然是拿十块的咯...
爸爸你很笨的, 你不会两张都拿
爸爸为什么上个月那个人来跟你讨钱, 你告诉他没
- iptables开放端口
Fanyucai
linuxiptables端口
1,找到配置文件
vi /etc/sysconfig/iptables
2,添加端口开放,增加一行,开放18081端口
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 18081 -j ACCEPT
3,保存
ESC
:wq!
4,重启服务
service iptables
- Ehcache(05)——缓存的查询
234390216
排序ehcache统计query
缓存的查询
目录
1. 使Cache可查询
1.1 基于Xml配置
1.2 基于代码的配置
2 指定可搜索的属性
2.1 可查询属性类型
2.2 &
- 通过hashset找到数组中重复的元素
jackyrong
hashset
如何在hashset中快速找到重复的元素呢?方法很多,下面是其中一个办法:
int[] array = {1,1,2,3,4,5,6,7,8,8};
Set<Integer> set = new HashSet<Integer>();
for(int i = 0
- 使用ajax和window.history.pushState无刷新改变页面内容和地址栏URL
lanrikey
history
后退时关闭当前页面
<script type="text/javascript">
jQuery(document).ready(function ($) {
if (window.history && window.history.pushState) {
- 应用程序的通信成本
netkiller.github.com
虚拟机应用服务器陈景峰netkillerneo
应用程序的通信成本
什么是通信
一个程序中两个以上功能相互传递信号或数据叫做通信。
什么是成本
这是是指时间成本与空间成本。 时间就是传递数据所花费的时间。空间是指传递过程耗费容量大小。
都有哪些通信方式
全局变量
线程间通信
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共享文件
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硬件(串口,USB) 等等
全局变量
全局变量是成本最低通信方法,通过设置
- 一维数组与二维数组的声明与定义
恋洁e生
二维数组一维数组定义声明初始化
/** * */ package test20111005; /** * @author FlyingFire * @date:2011-11-18 上午04:33:36 * @author :代码整理 * @introduce :一维数组与二维数组的初始化 *summary: */ public c
- Spring Mybatis独立事务配置
toknowme
mybatis
在项目中有很多地方会使用到独立事务,下面以获取主键为例
(1)修改配置文件spring-mybatis.xml <!-- 开启事务支持 --> <tx:annotation-driven transaction-manager="transactionManager" /> &n
- 更新Anadroid SDK Tooks之后,Eclipse提示No update were found
xp9802
eclipse
使用Android SDK Manager 更新了Anadroid SDK Tooks 之后,
打开eclipse提示 This Android SDK requires Android Developer Toolkit version 23.0.0 or above, 点击Check for Updates
检测一会后提示 No update were found