2022-01-14

Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组测序数据可视化,微生物组测序分析领域博主

（一）不同分类水平注释结果相对丰富度转化

在微生物组测序中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平（level1,level2,level3……）的注释结果，一般我们用这些不同注释结果做微生物组的组成的堆积图，但是这些并不是相对丰富度，因此我们需要对其进行转换。

以level-6属水平注释结果转化为例：

rm(list = ls())

#读入文件

all.data<-read.csv("level-6.csv",row.name=1,header=T)

dim(all.data)

#相对丰富度转化

data.prop<-all.data/rowSums(all.data)

#文件保存

write.csv(data.prop,"genus.csv")

（二）特征表ASVs水平相对丰富度转化

在某些情况我们也需要对特征表中的ASVs的测序结果也转换为相对丰富度，特征表与不同分类水平的注释结果表略有不同，因此在转化中也有略微不同，^…^.

#读入文件

all.data<-read.csv("ASVs特征表.csv",row.name=1,header=T)

#转置

df<-t(all.data)

#相对丰富度转化

data.prop<-df/rowSums(df)

#由于数据量大，转化完直接写出后打开不方便，因此对数据进行转置

ASV<-t(data.prop)

write.csv(ASV,"ASVs特征表_相对丰度.csv")