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GSEA使用（初级）

首先我们先了解一下什么叫做基因富集分析 
基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。
2005年提出了基于基因集(gene set)定义的基因富集分析方法。  首先要定义基因集，也就是基于我们的先验知识（基因组注释信息），将基因富集，可以想象成，用一堆代表基因功能的箱子（bin）把具有相同或相似功能的基因装起来，起到了降维的作用，当然，每个基因可能同时参与好几种功能。
这样，得到这两组数据后，我们所分析的不是单个基因表达的差异，而是箱子与箱子之间的差异。由此，我们得到的数据更容易解释。 
 
GSEA基本思想  
使用预定义的基因集，将基因按照在两类样本中的差异表达程序排序，检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。
 
GASEA原理
PNAS文章Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Oct 25;102(43):15545-50. Epub 2005 Sep 30. 
 
GSEA如何使用
我们只需要一个表达矩阵，并做出分组说明的cls文件
说明书的测试数据http://software.broadinstitute.org/gsea/datasets.jsp
数据要求格式：http://www.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Data_formats

GSEA使用（初级）_第1张图片
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官网 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp
官网下载 http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp
安装前需要安装好java环境
官网说明书 http://software.broadinstitute.org/gsea/doc/desktop_tutorial.jsp 

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    参考资料 http://www.ibm.com/developerworks/cn/opensource/os-cn-spring-cache/ http://swiftlet.net/archives/774   缓存注解有以下三个： @Cacheable      @CacheEvict     @CachePut
  • dom4j解析XML时出现"java.lang.noclassdeffounderror: org/jaxen/jaxenexception"错误 xp9802
    java.lang.NoClassDefFoundError: org/jaxen/JaxenExc 关键字: java.lang.noclassdeffounderror: org/jaxen/jaxenexception 使用dom4j解析XML时，要快速获取某个节点的数据，使用XPath是个不错的方法，dom4j的快速手册里也建议使用这种方式 执行时却抛出以下异常： Exceptio
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他