本文主要是对没有GO term库的植物进行注释。
1、选用AgriGo 进行注释，在agriGO中点击species后，查看与你目标物种相近的物种作为库
2、比如我以甜菜为例
为了找到和GO term对应的ID，先找到PLAZA，进入网站https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v3_dicots/download/index
点击data ->identifier Conversion, 找到甜菜，下载改ID对应的文件，进而可以确定甜菜基因组版本，并进行写脚本更换ID
3、将DGE更换好的ID输入AgriGO中，即可获得差异基因，可点击downlodw下载，
选取FDR<=0.05, p <0.05进行作图
作图
使用ggplot2
rm(list = ls())
library(ggplot2)
data <- read.table("Go_input.txt",header = T,sep = "\t")
attach(data)
dorder=factor(as.integer(row.names(data)),labels = data$Term) ###sorted by the Term,
p <- ggplot(data,aes(x=dorder,y=queryitem,fill=term_type))+geom_bar(stat = "identity",width = 0.8)+
xlab("") + ylab("Gene count") +theme_bw()+
scale_fill_discrete(name="GO_category",breaks=c("C","F","P"),labels=c("CC","MF","BP"))+ ##change the legend text
theme(panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),axis.text.y = element_text(size = 7),axis.text.x = element_text(face = "bold",angle = 70,vjust = 1,hjust = 1,size = 7))
第二种，利用代码进行作GO，KEGG分析
可以参照https://www.jianshu.com/p/47b5ea646932?utm_source=desktop&utm_medium=timeline