比对，先要建index
bwa index /path/to/ref.seq.fa
一般bwa比对完后需要用samtools转换成bam或者排序什么的，都需要用samtools首先对ref进行建index
samtools faidx ref.seq.fa
基础参数介绍
-R STR read group header line such as '@RG\tID:foo\tSM:bar' [null]
如： "@RG\tID:0\tPL:BGISEQ-500\tPU:0\tLB:UN\tSM:0\tCN:BGI"
bwa mem 搭配samtools比对，及sort排序：
PE（paired end）
bwa mem -t 18 /path/to/ref.seq.fa /path/to/rawdata/RP01G9E1L3/RP01G9E1L3_R1.fq.gz /path/to/rawdata/RP01G9E1L3/RP01G9E1L3_R2.fq.gz |samtools view -buhS -t /path/to/ref.seq.fa.fai - |samtools sort -n -o Cleandata_sample1_Rd12.vdjab.bam -
SE （single end）
bwa mem -t 18 /path/to/ref.seq.fa /path/to/rawdata/RP01G9E1L3/RP01G9E1L3_R1.fq.gz |samtools view -buhS -t /path/to/ref.seq.fa.fai - |samtools sort -n -o sample1_R1.vdjab.bam -
bwa aln
bwa aln用于短read，
PE：比对两次，再合并
SE：
比对结果处理
比对结果中没有比对上的flag为4
查看bam/sam文件用 samtools view xxx.bam |le
过滤没有比对上的结果 用-F：
-F INT only include reads with none of the FLAGS in INT present [0]
例子1：从bam中过滤掉没有比对上的信息，并将比对上的部分保存到sam中，
samtools view -F 4 xxx.bam >xxx.mapped.sam
例子2：从bam中过滤没有比对上的信息，并保存到bam中：(要加-h,表示输出header）
samtools view -F 4 -h xxx.bam |samtools view -h -o xxx.mapped.bam -
注意：虽然有些没有比对上的结果 的flag值是141,77等，但是都可以用4过滤掉。
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提取为fastq：主要参数为-f,-F,-G三个。
提取没有比对上的信息到fastq用：
samtools fastq -f 4 xxx.bam > xxx.unmapped.fastq
提取比对上的reads到fastq用
samtools fastq -F 4 xxx.bam > xxx.mapped.fastq
查询flag值的意义：https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html
samtools sort 报错案例：
使用samtools 为bam建立index之前，要对bam进行sort，而且sort时候不能加-n参数（sort by read name）。否则samtools index会报错：
[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end 280 -1
samtools index: failed to create index for "sample1_R1.vdjab.bam"
bam与sam格式相互转换
BAM 转SAM ：samtools view -h -o out.sam out.bam
SAM转BAM ：samtools view -bS out.sam >out.bam
-b 意思是输出为BAM format
-S 意思是输入为SAM，如果@SQ 缺剩， 要写-t，所以如果没有@SQ
samtools faidx ref.fa
samtools view -bt ref.fa.fai out.sam > out.bam
bowtie2
bowtie2建index用：
bowtie2-build -f TRAVBV.seq.fa TRAVBV.seq前缀就可以
全局局部比对要加参数--local
只比对正链或只比对负链用--norc，--nofw
single end数据用-U比对实例：
bowtie2 -p 20 -x /cygene/database/TCR/TRAVBV.seq -U /cygene/data/ANCCR180494_PM-CR180494-03_000000000-C2R58_2018-09-14/Rawdata/RP01G9E1L1/RP01G9E1L1_R1.fq.gz -S sample1_r1_bowtie.fw.sam --nofw --local
bowtie
bowtie 安装
bowtie 建index，
bowtie-build
bowtie-build -f /cygene/database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome.n2g.idx.fa /cygene/database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome
如果是indrops
bowtie 比对参数：
bowtie-align-s --wrapper basic-0 -q -p 1 -a --best --strata --chunkmbs 1000 --norc --sam -shmem -m 200 -n 1 -l 15 -e 80 /cygene/database/refdata-cellranger-GRCh38-ercc92-1.2.0/fasta/ -