QIIME2-傻瓜式安装

安装平台：WSL+Ubuntu 20.04 LTS+Miniconda

QIIME2的安装网上已有许多优秀教程，本教程基于win10下的Linux（Ubuntu 20.04 LTS）平台、miniconda环境下完成，WSL好处优于虚拟机（大佬们可自己去比较一把）。

yml文件下载

首先，从QIIME2官网找到yml文件，然后下载

内容如下：

channels:
- qiime2/label/r2020.2
- conda-forge
- bioconda
- defaults
dependencies:
- _libgcc_mutex=0.1
- _openmp_mutex=4.5
- _r-mutex=1.0.1
- alsa-lib=1.1.5
- arb-bio-tools=6.0.6
- attrs=19.3.0
- backcall=0.1.0
- bibtexparser=1.1.0
- binutils_impl_linux-64=2.33.1
- binutils_linux-64=2.33.1
- bioconductor-biobase=2.42.0
- bioconductor-biocgenerics=0.28.0
- bioconductor-biocparallel=1.16.6
..........................
..........................
- q2-alignment=2020.2.0
- q2-composition=2020.2.0
- q2-cutadapt=2020.2.0
- q2-dada2=2020.2.0
- q2-deblur=2020.2.0
- q2-demux=2020.2.0
- q2-diversity=2020.2.0
- q2-emperor=2020.2.0
- q2-feature-classifier=2020.2.0
- q2-feature-table=2020.2.0
- q2-fragment-insertion=2020.2.0
- q2-gneiss=2020.2.0
- q2-longitudinal=2020.2.0
- q2-metadata=2020.2.0
- q2-phylogeny=2020.2.0
.............................
............................

从yml中可看出文件内容主要为含“q2”和不含“q2”，接下来对yml文件进行增删：1）切换channels ，这里我们切换为清华大学的镜像：

channels:
- qiime2/label/r2020.2
- qiime2
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- defaults
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- biocore
dependencies:
...............
...............

2) 把yml中含有”q2“的行删掉。conda运行：

####添加清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
####安装非”q2“插件
conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

”q2“类型插件下载

”q2“插件可在线下载：

https://conda.anaconda.org/qiime2/label/r2020.2/linux-64/qiime2-2020.2.0-py36_0.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/qiime2/label/r2020.2/linux-64/q2-alignment-2020.2.0-py36_0.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/qiime2/label/r2020.2/linux-64/q2-composition-2020.2.0-py36_0.tar.bz2
https://conda.anaconda.org/qiime2/label/r2020.2/linux-64/q2-cutadapt-2020.2.0-py36_0.tar.bz2
...................
................

”q2“类型插件安装

等待非”q2“插件安装完后，测试一下，激活qiime2环境：

conda activate qiime2-2020.2

建议重启shell，然后激活qiime2环境，使用conda批量安装”q2“类型插件：

## 把含有后缀名的插件放在同一目录下，
conda install --use-local *.bz2

总结

上述的”q2“类型插件的下载需要科学上网。经过以上折腾，QIIME2安装完毕，怎么跑数据、分析，请移步QIIME2官网。另外，我们创建了学术交流QQ群：335774366。欢迎有兴趣的朋友加入→指导
参考：
微生物组分析软件 QIIME 2 安装小记