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2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因

文章目录

    • 论文地址
    • STRING数据库
    • PPI网络构建
      • 输入差异基因list
      • PPI图
      • 保存结果
    • cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
      • 输入“string_interactions”文件
      • 用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因
      • 生存分析
      • 用MCODE插件，筛选功能模块

论文地址

STRING数据库

PPI网络构建

输入差异基因list

进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”
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继续
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PPI图

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保存结果

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cytoscape软件筛选hub基因、功能模块

在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件

输入“string_interactions”文件

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用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因

下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序
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下面的图片就是筛选出来的10个hub基因，保存结果，后续进行生存分析
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生存分析

最终发现VEGFA基因与生存显著相关
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用MCODE插件，筛选功能模块

2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因_第9张图片
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