ITK 多张图像转成单个nii.gz或mha文件

主要实现的部分是利用NameGeneratorType读入系列图像，见头文件#include "itkNumericSeriesFileNames.h"。

需要包含的头文件有：

#include "itkImage.h"

#include "itkImageSeriesReader.h"

#include "itkImageFileWriter.h"
#include "itkNumericSeriesFileNames.h"
#include "itkPNGImageIO.h"//转成JPG格式，将PNG替换成JPEG就可以。

int main( int argc, char ** argv )
{
  // 需要四个参数，分别是程序起点，第一张图像的编号和最后一张图像的变化，输出文件的名称（包含路径）
  if( argc < 4 )
    {
    std::cerr << "Usage: " << std::endl;
    std::cerr << argv[0] << " firstSliceValue lastSliceValue  outputImageFile " << std::endl;
    return EXIT_FAILURE;
    }
//定义读入图像类型，创建对应的reader
  typedef unsigned char           PixelType;
  const unsigned int Dimension = 3;


  typedef itk::Image< PixelType, Dimension >  ImageType;
 
  typedef itk::ImageSeriesReader< ImageType >  ReaderType;
  typedef itk::ImageFileWriter<   ImageType >  WriterType;


  ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
  WriterType::Pointer writer = WriterType::New();

//输入参数定义

  const unsigned int first = atoi( argv[1] );
  const unsigned int last  = atoi( argv[2] );
  const char * outputFilename = argv[3];//输出的文件名加上对应格式的后缀即可，如mha或nii.gz



//系列图像读入
  typedef itk::NumericSeriesFileNames    NameGeneratorType;
  NameGeneratorType::Pointer nameGenerator = NameGeneratorType::New();
  nameGenerator->SetSeriesFormat( "vwe%03d.png" );


  nameGenerator->SetStartIndex( first );
  nameGenerator->SetEndIndex( last );
  nameGenerator->SetIncrementIndex( 1 );//张数的增长间距


//读入图像，写出图像，进行Update
  reader->SetImageIO( itk::PNGImageIO::New() );
  reader->SetFileNames( nameGenerator->GetFileNames()  );
  writer->SetFileName( outputFilename );
  writer->SetInput( reader->GetOutput() );

  try
    {
    writer->Update();
    }
  catch( itk::ExceptionObject & err )
    {
    std::cerr << "ExceptionObject caught !" << std::endl;
    std::cerr << err << std::endl;
    return EXIT_FAILURE;
    }

  return EXIT_SUCCESS;
}