simpleitk

python 中图像用SimpleITK和numpy.ndarray表示的差异

python中图像用SimpleITK和numpy.ndarray表示的差异https://blog.csdn.net/doublepython/article/details/71746975?

Williamongh·2024-01-30 05:40

simpleITK后处理，滤除不符合的点

#后处理文件，去除独立的小点importosimportSimpleITKassitkimportnumpyasnpimporttqdmdefpostProcessing(image,file_name,reseve_area_minvalue):"""对标签的後处理:paramimage:sitkimage图像:paramreseve_area_minvalue:保留下来的最小连通区域面积:re

吴天德少侠·2024-01-16 11:20

影像组学学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

本笔记来源于B站Up主:有Li的影像组学的系列教学视频本节(28)主要讲解:用SimpleITK包进行ROI/病灶体积的计算加载包importSimpleITKassitkimportnumpyasnp

北欧森林·2024-01-15 16:45

几种读nii图像方法的轴序比较

读.nii/.nii.gz图像并转成numpy可用medpy.io、nibabel、itk、SimpleITK几种方法，然而几种方法读出来的轴序有出入，本篇比较此几种方法。

HackerTom·2024-01-05 00:51

【影像组学入门百问】#44--#50

PyRadiomics使用SimpleITK进行图像加载和处理。因此，所有由SimpleITK支持的图像类型都可以作为PyRadiomics的输入。请注意，图像/掩膜只能提供一个文件位置。

有Li·2023-12-28 18:31

Pytorch项目，肺癌检测项目之四

#安装图像处理的两个包simpleITK和ipyvolume#安装缓存相关的两个包diskcache和cassandra-driverimportgzipfromdiskcacheimportFanoutCache

永远的HelloWorld·2023-12-24 05:06

ITK学习

https://itk.org/ITKExamples/src/index.htmlitk读取各种类型的文件ReadingandWritingforImagesandTransformshttps://simpleitk.readthedocs.io

努力减肥的小胖子5·2023-12-23 10:14

使用Python对Dicom文件进行读取与写入

Dicom文件的读取Pydicom单张影像的读取一些简单处理读取并编辑DicomTags借助Numpy与PIL.Image可视化单张影像的写入SimpleITK单张影像的读取序列读取一些简单操作边缘检测可视化单张影像的写入

Mitty_Meng·2023-11-23 18:13

python dicom传输_使用Python对Dicom文件进行读取与写入的实现（pydicom 和 SimpleITK）_xjp_xujiping的博客-CSDN博客...

使用Python对Dicom文件进行读取与写入的实现(pydicom和SimpleITK)_xjp_xujiping的博客-CSDN博客2020-11-29使用Python对Dicom文件进行读取与写入的实现

weixin_39775577·2023-11-23 18:43

SimpleITK CT图像窗宽窗位变换

##SimpleITKCT图像窗宽窗位变换#--coding:utf-8--importSimpleITKassitkimportosimportnumpyasnpdefwindow_transform(ct_array,windowWidth,windowCenter,normal=False):"""return:trucatedimageaccordingtowindowcenterandw

周星星✘·2023-11-16 11:23

影像组学学习笔记(27)-SimpleITK包介绍

本笔记来源于B站Up主:有Li的影像组学的系列教学视频本节(27)主要讲解:功能强大的图像处理工具SimpleITK包视频中李博士演示了SimpleITK的两个基本功能：图像格式转换以及图像镜像翻转导入

北欧森林·2023-10-30 19:52

matlab中ct值直方图,【CT值与灰度值的总结】

接下来，就要看你具体是要处理哪种格式的文件了，是DICOM还是NIFTI；文件格式不同，用来做解析的Python库也就不同，譬如，要处理DICOM类型的数据，一般会用simpleitk,pydicom库

weixin_39637589·2023-10-17 19:55

Li‘s 影像组学视频学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算

本笔记来源于B站Up主:有Li的影像组学的系列教学视频本节(28)主要讲解:用SimpleITK包进行ROI/病灶体积的计算1、加载包importSimpleITKassitkimportnumpyasnp2

有Li·2023-10-12 19:12

simpleitk 读数据图像 dicom nii 处理数据

最近在使用simpleITK读取dicomnii处理数据非常方便，下面记录一下；1.读取DICOM序列医学图像中一个CT序列包含很多张图片，即一个case包含许多slice，使用SimpleITK可以直接读取一个序列

恋恋西风·2023-10-10 10:44

影像组学学习笔记(33)-使用SimpleITK实现医学影像差值

本笔记来源于B站Up主:有Li的影像组学系列教学视频本节(33)主要介绍:使用SimpleITK实现医学影像差值背景知识在图像几何变换时，无法给有些像素点直接赋值。

北欧森林·2023-10-04 12:30

Elastic开源图像配准工具

文章目录前言：图像配准综述一、常见的图像配准工具：ITK，SimpleITK，ANTs，Elastix，SimpleElastix二、Elastix：基于ITK开发的医学图像配准工具2.1、elastix.exe

胖墩会武术·2023-10-02 20:18

SimpleITK，三维膨胀与腐蚀，python实现

腐蚀：importSimpleITKassitk#读取输入图像input_image=sitk.ReadImage("input_image.nii")#创建腐蚀过滤器erode_filter=sitk.BinaryErodeImageFilter()erode_filter.SetKernelRadius(1)#设置腐蚀半径#执行腐蚀操作output_image=erode_filter.Exe

Teng-Sun·2023-09-25 19:15

Numpy三维数组医学图像显示

实现目标（记录）显示从mask中裁取的patch块（三维数组ndarray）网上很多教程显示三维图像（三视图，simpleITK等）都不是我想要的效果基于VTKmayavi都有些复杂而且我尝试过mayavi

春树-·2023-09-18 20:37

medical image常用工具

pythonpydicomnibabelsimpleitkantspyfslpyRAntsRfslrmatlabNIfTIstisuiteshellfslANTsdcm2niixANTspy,Nibabel,SimpleITK

yohn·2023-08-07 07:03

【4】医学图像——DCMTK、VTK、ITK、RTK、SimpleITK

目录1.ITK-医学图像处理软件包...12.SimpleITK-ITK的简化接口...13.RTK-CBCT重建算法包...34.DCMTK-dicom协议开源库...35.VTK-三维计算机图形学、

豚大叔的小屋·2023-08-07 02:28

【医学图像预处理(一)】之SimpleITK的介绍及使用代码

SimpleITK的介绍及使用代码1，前情提要2，SimpleITK基础概念2.1医学图像基础概念2.2通道/Channels2.3空间域变换/Transforms2.4重采样/Resampling2.5

Alexa2077·2023-07-20 17:23

ITK读mhd文件报错RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ReadImage......

python下使用sitk读取mhd文件时提示：RuntimeError:ExceptionthrowninSimpleITKReadImage:/tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules

liqiang12689·2023-07-19 01:51

医学图像处理（一）

1.HWC转换成CHW，SimpleITK和Nibabel的区别：SimpleITK加载数据是channel_first，即（155，240，240）；Nibabel是channel_last，即（240

抹茶生活·2023-07-17 23:59

医学影像常用Python包

一、图像操作类医学影像往往需要操作的图像种类较多，类似于nii图像，dicom图像等，传统的工具为SimpleITK，NiBabel，目前也有很多集成的工具，便于深度学习模型的使用和调优。

Joker 007·2023-07-16 23:08

医学图像配准工具SimpleElastix的配置和入门

医学图像配准工具常见有ITK，SimpleITK，ANTs，Elastix，SimpleElastix其中SimpleElastix综合了SimpleITK和Elastix，并且能够实现Python命令行调用

Joker 007·2023-07-16 23:38

python将医学图像dicom文件批量转换为avi视频格式

首先，导入以下库，比如opencv、SimpleITK、numpy等利用os库读取选择的文件夹下的dicom文件，然后用sitk对文件进行操作，获取图像的变量。

帅帅帅.·2023-06-23 14:17

python通过SimpleITK库预览.mha格式图片

importSimpleITKassitkimportmatplotlib.pyplotaspltfrompathlibimportPathdefread_and_display_mha(file_path):#使用SimpleITK

Mark White·2023-06-20 16:54

【影像组学pyradiomics教程】(一)简介与安装

该系列是为了记录自己学习的过程一、简介：pyradiomics是一个开源的python软件包，可以从医学影像中提取出Radiomics影像组学特征SimpleITK支持的所有图像类型可以用作PyRadiomics

loving灬漠然丶·2023-06-14 08:50

Python SimpleITK 将dicom数据转为nii.gz

importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportosimportshutildefformat_conversion(work_path):''':paramswork_path:workdirpath---root--sud_dir(fixeddir)--other_files:ToDo:getdicomdir'''case_list=os.listdir(p

Along1617188·2023-04-20 11:55

dicom批量转Nii格式

importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportpydicomimportos'''功能：读取filepath下的dcm文件返回值：读取得到的SimpleITK.SimpleITK.Image

大风的blog·2023-04-20 11:55

ITK ERROR: ITK only supports orthonormal direction cosines. No orthonormal definition found!

问题Traceback(mostrecentcalllast):File"",line1,inFile"D:\miniconda3\envs\DL\lib\site-packages\SimpleITK

Nightmare004·2023-04-20 06:35

Python读取预处理DICOM文件方式详解

目录需要的库读取dicom需要的库●Simpleitk安装命令：condainstall-csimpleitksimpleitk使用：importSimpleITKassitk●pydicom（不推荐，

·2023-04-12 01:12

已解决ImageFileReader_Execute:D:la1sitk\CodeI0srcsitkImageReaderBase.cxx:105:

已解决return_SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self)RuntimeError:ExceptionthrominSimplelTkImageFileReader_Execute

袁袁袁袁满·2023-04-10 07:37

已解决sitk::ERROR: Unable to determine ImageIO reader for “D:zuj\fx05(IOSUDA-master datasetsretinal_dat

已解决return_SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self)RuntimeError:ExceptionthrominSimplelTkImageFileReader_Execute

袁袁袁袁满·2023-04-10 07:37

radiomics.featureextractor-----使用pyradiomics提取2维医学图像及其掩模的特征

1本篇解决的问题介绍一般而言都是使用SimpleITK.ReadImage()方法来读取3D的医学图像和掩模，然后再利用pyradiomics中featureextractor来直接提取一阶特征、3D形状特征

fighterflyfly·2023-04-05 15:05

Python图像处理【11】利用反卷积执行图像去模糊

利用反卷积执行图像去模糊0.前言1.图像模糊检测1.1拉普拉斯(Laplacian)方差阈值1.2使用OpenCV执行模糊检测2.使用SimpleITK反卷积滤波器实现非盲去模糊2.1去模糊分类2.2实现非盲去模糊

AI technophile·2023-04-05 07:08

【SimpleITK】CT数据的3D space归一化

导入依赖库importSimpleITKassitkimportmatplotlib.pyplotasplt示例数据exaple_file='1.nii.gz'使用sampleITK读取数据,注意SimpleITK

是Billy呐~·2023-02-23 21:56

python医学图像读取_对python读取CT医学图像的实例详解

需要安装opencv和simpleitk。simpleitk比较简单，直接pipinstallsimpleitk即可。

xliping84·2023-01-24 10:09

python医学图像可视化_对python读取CT医学图像的实例详解

需要安装OpenCV和SimpleItk。SimpleItk比较简单，直接pipinstallSimpleItk即可。

Dr.Song心理学·2023-01-24 10:08

Python处理DICOM（02）--DICOM转PNG

一、基础环境准备使用pipinstallXXX命令安装pydicom，SimpleITK，NumPy，opencv-python，tqdm几个模块。

baccolee·2023-01-12 16:33

Nifti1Image需要掌握的一些点

Nifti1Image图像可以用nibabel或者SimpleITK来读。

Never_Jiao·2023-01-10 17:28

VTK ImageData 与ITK、SimpleITK

目录VTK、ITK、SimpleITKITKVTK图像数据结构图像头信息图像数据vtkImageDataVTK、ITK、SimpleITK医学图像处理的话建议用ITK+VTK，ITK做底层图像处理算法，

luemeon·2023-01-07 07:36

python编程Demo：将dicom图片转换成jpg图片

使用到的python库：SimpleITK下面是一个将dicom（.dcm）图片转换成jpg图片的demo：importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportcv2defconvert_from_dicom_to_jpg

GoHowz·2022-12-30 07:28

SimpleITK读写nii.gz文件

SimpleITK读写nii.gz文件1、读写nii.gz文件2、对于神经网络输出概率生成二值图保存1、读写nii.gz文件##usingsimpleITKtoloadandsavedata.importSimpleITKassitkitk_img

落花逐流水·2022-12-23 07:33

使用SimpleITK读取、保存、处理nii文件

numpy格式保存成nii什么是origin、Direction、Spacing，以及如何设置它们示例重采样重采样代码参考链接前言nii.gz格式是保存医学图像非常重要一种格式，下面来介绍一下如何使用SimpleITK

遇到坎就得迈过去·2022-12-23 07:03

SimpleITK常用指令

说明文档：SimpleITKSphinxDocumentation—SimpleITK2.0rc2documentationimportSimpleITKassitk1、数据类型1）查看img_itk.GetPixelIDTypeAsString

emergency_rose·2022-12-17 22:53

SimpleITK 中连通分量大小计算 GetPhysicalSize

利用全卷积神经网络解决医学图像分割问题，使用移除最小连通分量后处理分割结果。假设只做2分类：每个连通分量的大小计算方式：统计每个连通区域，首先从分割结果中统计连通区域，为每个连通区域设置不同的标签。每个连通区域的物理大小计算：》统计该区域中前景像素点的数量，假设为N.》计算CT的x,y,z三个方向的体素间距参数乘积，结果为M.》则当前连通区域的物理大小为：N/M.

开心就哈哈·2022-12-17 21:52

SimpleITK三维图像分析

SimpleITK三维图像分析1、去除3D小连通域2、【医学图像处理】之腹部骨骼提取（SimpleITK）1、去除3D小连通域在一些计算机视觉任务中，需要对模型的输出做一些后处理以优化视觉效果，连通域就是一种常见的后处理方式

落花逐流水·2022-12-17 21:22

ITK学习笔记（十二） SimpleITK获取二值图像bbox

ITK学习笔记（十二）SimpleITK获取二值图像bboxsitk_seg_img=sitk.ReadImage(m)bbox=get_bbox_frommask(sitk_seg__img)defget_bbox_from_mask