分析基因和miRNA与疾病表型的相关性（WGCNA）

流程图：

流程图

1.分别下载某个疾病基因和miRNA的芯片数据
2.分别进行聚类分析（WCGNA） 得到基因以及miRNA聚类模块与表型的关系
参考：
http://www.bio-info-trainee.com/2535.html
https://www.jianshu.com/p/e9cc3f43441d

聚类模块：总是一起变化的一堆基因 或者miRNA
3.用cytoscape 筛选出hub gene 和 hub miRNA
4.可以先用cytoscape分别画一下富集分析气泡图
5.cytoscape载入miRNA数据库 然后 以txt文档模式 输入hub gene 和 hub miRNA
https://mp.weixin.qq.com/s?src=3×tamp=1540061942&ver=1&signature=offrbeJZrqLdbSrOSBKCmeM09EoUpgoUOt82iT13Ij2cwE1e8Nm4iJXmr8leWSQqFiyKkH9bn4sDvowTSF-NbepH87nMBxzI7yuNP5hDQDilXWsL1oNwR22RrRHSilLq9BupMpOh9Y71jRJUIfVcFC3Nn-FLb-UwjPK0VY8bE=

6. 构建gene-miRNA network 或者 mRNA-miRNA network

为什么要做WGCNA？它是干什么的？ 还有什么能做？
差异分析得到的gene或者miRNA太多了 通过聚类分析的方式（原理自己百度） 把基因或者miRNA或者别的 和临床表型相关联 找出你感兴趣的临床表型 最主要的基因或miRNA 缩小靶基因范围

LASSO 和COX 也能做类似的 缩小目的基因的事