Cytoscape

简介

Cytoscape是一个开源网络可视化和分析的软件，提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。主要用于大规模蛋白质与蛋白质互作，蛋白质-DNA和遗传交互的分析。

---

安装

• 安装Java程序，必须是Java8
• 安装cytoscape,从http://cytoscape.org下载

---

使用教程

cytoscape教程1
cytoscape教程2

---

绘图：ClueGO+CluePedia

• 获取：点击Cytoscape的APPs下载安装。首次打开，需要一个license，点开网址按步骤获取。
• 使用：在Cytoscape中直接打开ClueGO。
  例如：要展示KEGG结果。ClueGO是自带GO和KEGG分析的，只需要在Load Marker List处输入基因列表（可以是geneID，genesymbol等多种形式），Ontologies/Pathways那里勾选KEGG这个条目即可。物种选项默认的是人类和小鼠两种，不过可以自己下载其它物种信息。