Nhanes临床数据库挖掘教程2—基线表绘制(table1)

美国国家健康与营养调查（ NHANES, National Health and Nutrition Examination Survey）是一项基于人群的横断面调查，旨在收集有关美国家庭人口健康和营养的信息。
地址为：https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/Default.aspx

上一章我们已经介绍了如何下载Nhanes临床数据库，本章来介绍一下如何绘制Nhanes临床数据库的基线表，也就是表一。

继续使用我们上次制作好的数据，我们先把数据导入，可以按上一章的方法提取，如果想偷懒一点的，直接想要我的数据的请公众号回复：代码。或者也可以在这里下载：https://download.csdn.net/download/dege857/86886630

library(tableone)
library(survey)
bc<-read.csv("E:/nhanes/nhanes.csv",sep=',',header=TRUE)

我介绍一下数据，SEQN：序列号，RIAGENDR, # 性别， RIDAGEYR, # 年龄，RIDRETH1, # 种族，DMDMARTL, # 婚姻状况，WTINT2YR,WTMEC2YR, # 权重，SDMVPSU, # psu，SDMVSTRA，# strata，LBDGLUSI, #血糖mmol表示，LBDINSI, #胰岛素( pmmol/L)，PHAFSTHR #餐后血糖，LBXGH #糖化血红蛋白，SPXNFEV1, #FEV1：第一秒用力呼气量，SPXNFVC #FVC：用力肺活量，ml（估计肺容量），LBDGLTSI #餐后2小时血糖。
按照论文：Non-linear association between diabetes mellitus and pulmonary function: a population-based study的介绍

它的基线表是分为正常患者、糖尿病前期，糖尿病3个类型，

但是文中没有给出是怎么分类判断的，我就按照OGTT来随便分一下

OCTT小于7.8算是正常患者，7.8—11是糖尿病前期，大于11为糖尿病

bc$oGTT2<-ifelse(bc$LBDGLTSI<7.8,1,ifelse(bc$LBDGLTSI>=11,3,2))

上面代码的意思是把小于7.8的分类为1，大于11的分类为3，其余分类为2

下面开始建立抽样调查函数svydesign，ids表示集群的意思，这里填入抽样单元SDMVPSU（PSU），如果没有的话填入1，strata = ~ SDMVSTRA，strata这里是分层的意思，这里填入SDMVSTRA，weights是权重的意思，参照别的大佬的意思，如WTINT2YR,WTMEC2YR,这两个权重就填入WTMEC2YR，data填入你的数据就可以了

bcSvy2<- svydesign(ids = ~ SDMVPSU, strata = ~ SDMVSTRA, weights = ~ WTMEC2YR,
                   nest = TRUE, data = bc)

我们解析一下看看，可以看到分成16个层

summary(bcSvy2)

接下来就是绘制基线表，使用的是svyCreateTableOne函数，先要定义全部变量和分类变量

dput(names(bc))##输出变量名
allVars <-c("RIAGENDR", "RIDAGEYR", "RIDRETH1", "DMDMARTL", 
            "LBDGLUSI", "LBDINSI", "PHAFSTHR", 
             "LBXGH", "SPXNFEV1", "SPXNFVC", "LBDGLTSI", "oGTT2")###所有变量名
fvars<-c("RIAGENDR", "RIDRETH1","DMDMARTL")#分类变量定义为fvars

绘制表格，我们是使用正常患者、糖尿病前期、糖尿病来分成比较的，所以strata填入oGTT2

Svytab2<- svyCreateTableOne(vars = allVars,
                            strata = "oGTT2",
                            data =bcSvy2 ,
                            factorVars = fvars)
Svytab2

OK，表格已经绘制好了，这里有个问题，婚姻状态有个77不知道是什么东西，所以没有出P值，绘制表格前应提前处理好。
欢迎斧正。
下节聊聊怎么对NHANES数据进行插补。

参考文献：

1. NHANES数据库手册
2. Survey包说明
3. https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkyNzI1NTM4Mw==&mid=2247484269&idx=1&sn=29ff5b11ffdea4a68598821b7b7b2d84&chksm=c22b9d55f55c1443f81e2f037a69dcfe11902764c77328b48aa116b32b1522a54bcd46b56225&scene=178&cur_album_id=2033051346194497537#rd
4. https://blog.csdn.net/qq_42458954/article/details/121296053
5. https://mp.weixin.qq.com/s/O2osOzwRteBQCedxSdhNpQ