预测酶切位点的软件_那么多的分子生物学软件，哪个好用？

本来今天想写关于载体构建的文章，每次写之前的习惯就是在微信各个公众号查查看，自己想写的主题在公众号有没有写过，相关的文章数量有多少。浏览下来，在文章中用来做载体构建引物设计的分子生物学软件有很多，比如Primer Premier 5，Oligo 6.0，Primer 3.0，DNASTAR，Vector NTI，SnapGene，你说哪个最方便，哪个最好用，没有绝对一说。

单纯说PCR引物设计：

1、Primer Premier 5，Oligo 6.0，Primer 3.0可能最好，原因是其能看引物的错配，引物的Tm值，但是对于我们要扩增固定的一段序列，又没有那么方便，因为我们要找到这段序列的首和尾。

2、DNASTAR是专门为DNA分析设计的一款生物学软件，该软件在国际上的知名度都是首屈一指的，不仅名气大，而且功能给力，dnastar主要由7个模块组成，主要用于DNA和蛋白质序列分析、重叠群拼接和基因工程管理，dnastar帮助用户实现dna生物性分析，同时支持蛋白质结构分析。DNASTAR里边的SeqBuilder，PrimerSelect，GeneQuest结合也能设计出很好的PCR引物。

3、Vector NTI软件包含了丰富的模块，可以满足不同生物研究人员和学习人员的需要。vector nti 11可以针对DNA、限制酶、引物分析、蛋白质等类型的生物数据进行详细模拟和演化分析等操作，可以有效地对各类生物元素进行有效细致地分析。自然可以设计PCR引物。

4、SnapGene这款软件就是提供最快和最简单的方式来计划、可视化和文档你的分子生物学方法，支持分析酶切位点、标签、启动子、终止子和复制子等质粒原件，生成详细的DNA序列文件，非常的实用，可在SnapGene中完成所有克隆，并且优化改善你的策略，快速创建质粒图谱，并提供优雅，信息丰富的窗口，用于模拟各种常见的克隆和PCR方法。它节省了大量的时间和金钱，容易操作的可视化和模拟，提前预测可能发生的错误，并提醒用户进行改善，整个过程中，每一个操作都会自动记录，这样的话，用户可以清楚准确的看到你所有的操作内容，并可以通过.dna文件与同事共享丰富的带注释的地图和序列，按名称，长度，颜色，结合位点，方向性或解链温度对杂交引物列表进行排序。

介绍下来，貌似SnapGene最好，介绍的文字最多，也是放在最后介绍的。但是我想说的是，碰到复杂序列的PCR引物设计，只是SnapGene可能不够，根据我的经验，结合GeneQuest可以设计出更好的引物，特别是特异性方面。因为GeneQuest可以很好的分析序列内部的重复结构。

那在公众号查找相关文章也发现了几个在线设计引物构建质粒的网站，分别是诺唯赞，全式金生物，宝生物。从微信文章的介绍看，诺唯赞的这款软件很不错，打开软件，惊喜地发现具有多种功能(如下图)：

1. 入门克隆(ClonExpress Entry)引物设计；

2. 单片段克隆(ClonExpress II)引物设计；

3. 多片段克隆(ClonExpress MultiS)引物设计；

4. 单点突变(MutExpress II)引物设计；

5. 双/多点突变(MutExpress II/MutExpress MultiS)引物设计；

6. 重组反应DNA使用量计算程序；

7. DNA序列处理工具；

8. 引物Tm值计算工具。

感兴趣的老师可以试试诺唯赞的这款软件。今天介绍到的几个软件中，Vector NTI，SnapGene相对来说功能是最全的，也是因为他们功能太多，一直迟迟没有拿来和大家分享他们的使用，因为自己也只是用到其中很少一部分功能，也是在学习中，希望通过系统的学习，给大家一个这两个软件最全面的使用介绍。

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