- R可视化之美之科研绘图-15.克利夫兰点图、棒棒糖图、哑铃图
科研私家菜
本内容为【科研私家菜】R可视化之美之科研绘图系列课程快来收藏关注【科研私家菜】01棒棒糖图library(ggplot2)library(reshape2)mydata<-read.csv("第3章_类别比较型图表/DotPlots_Data.csv",sep=",",na.strings="NA",stringsAsFactors=FALSE)mydata$sum<-rowSums(mydata
- 存在/缺失矩阵绘制热图
花生学生信
library(pheatmap)#本次所使用的热图绘制包,如果没有安装包,记得提前安装好library(vegan)#vegan包待会可以用来标准化和中心化数据data%mutate(x=1:nrow(.))%>%#select(1:10,x)%>%select(1:ncol(.),x)%>%reshape2::melt(,id.vars="x")%>%mutate(pav=case_when(
- ggplot2绘制折线图
钿璎纍纍佩珊珊
折线图通常用于动态变化的数据,例如某事件随着时间的变化。本文使用的是分组数据来演示绘制步骤(分组数据最好用柱形图来展示)。首先看一下我们用到的数据:列名是浓度,分别是control组,0,25,50,100,200,500μM。共三行,代表三个复孔。加载需要的R包:library(reshape2)library(tidyverse)library(ggplot2)导入数据:data<-read.
- 单因素方差分析--R
All_Will_Be_Fine噻
R统计学bioinfor语言
任务说明三个剂量水平的药物处理受试者,每个剂量水平十个受试者,现在收集到数据后,问:药物剂量水平显著影响受试者的response?或者不同剂量药物处理受试者有显著效果的差异吗?数据library(tidyverse)library(reshape2)#install.packages("gplots")library(gplots)dfF)#variable259352529676245.62.2
- R语言——reshape2包、tidyr包、dplyr包(五)
Billie使劲学
R语言r语言开发语言
目录一、数据转换之reshape2包:melt与dcast函数二、数据转换之tidyr包:gather与spread函数,separate与unite函数三、据转换之dplyr包四、参考一、数据转换之reshape2包:melt与dcast函数merge函数使用merge函数x7)#过滤函数。函数前面加上“包名::”是为了防止dplyr包中的函数名与其他函数产生冲突dplyr::distinct(
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DrKu
安装一些R包:数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:ggplot2不同领域的R包使用频率不一样,在生物信息学领域,尤其需要掌握bioconductor系列包。if(!require(ALL))BiocManager::install("ALL")if(!require(CLL))BiocM
- 2019-04-19 R读取csv文件 绘制散点和密度图代码
今年二圆可以到一百吗
原csv文件部分截图:字段名R语言绘图首先需要加载包install.package(ggplot2)#如果已经下载就不用install.packageinstall.package(reshape2)#如果已经下载就不用install.packageinstall.package(ggthemes)#如果已经下载就不用install.packageinstall.package(RColorBre
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谢俊飞
在实验数据产出之后,绘制图形时存在两个问题,首先是数据录入格式的问题,其次是数据转换的问题。(一):数据录入[1]举例:用两种饲料喂食橘小实蝇(处理),4个生物重复,待其性成熟后每日统计产卵量,连续统计4天,试录入数据。1.1宽数据格式宽数据是指数据集对所有的变量进行了明确的细分,各变量的值不存在重复循环的情况也无法归类。数据总体的表现为变量多而观察值少。宽格式1.2长数据格式长数据一般是指数据集
- R语言文本分析《三国演义》
乔巴爱雪雪
R语言R文本分析词频统计
数据读取与包的加载由于最近对文本分析比较感兴趣,所以分析三国演义的文本。getwd()setwd("E:\\三国")library(jiebaR)library(ggplot2)library(jpeg)library(reshape2)library(wordcloud)读取前十行>sanguosanguo[1:10]#展现数据前十行[1]"三国演义明?罗贯中"[2]"致读者"[3]"“大江东去
- ggplot2回顾(14): 绘图函数--以平行坐标图为例
TOP生物信息
library(ggplot2)library(reshape2)library(plyr)归一化range01testtestRNAX2005X2006X2007X2008X20091piRNA132212mRNA112133miRNA445314lncRNA351245circRNA12111>pcp(test)为啥要叫“平行坐标图”?
- 【R】基础语法
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- 生信人的20个R语言习题
生信小白白
笔记生信技能树
学习什么,都得从基础开始,作为生信分析的一个必备软件,R语言操作技能当然是相当重要和基础的,今晚,就趁机练习一下jimmy师兄生信菜鸟团给出的“生信人的20个R语言习题”,答案下一期更新贴出。1.安装一些R包:数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:ggplot2不同领域的R包使用频率不一样
- 长表和宽表的相互转化
m0_38093796
基础学习data.table
使用函数melt()和decast(),是reshape2包中函数的增强先考虑传统长宽表转化函数,1.默认函数a.融合data.table(宽表到长表)考虑如下data.table:>DT=fread("melt_default.csv")>DTfamily_idage_motherdob_child1dob_child2dob_child31:1301998/11/262000/1/29NA2:
- R语言~图例中的合并同类项
Oodelay
有时绘图,存在很多分类层次,需要用颜色,大小,线条类型来逐级区分,但是造成图例太多的情况,需要合并同类项。在网上找到了答案https://stackoverflow.com/questions/37140266/how-to-merge-color-line-style-and-shape-legends-in-ggplot以下示例基于自己的数据先上图加载工具包library(reshape2)l
- ggplot2分面作图然后在其中一个添加注释
小明的数据分析笔记本
ggplot2分面作图如果添加注释通常在每一个小图都会添加上比如df<-reshape2::melt(iris)head(df)library(ggplot2)ggplot(df,aes(x=variable,y=value))+geom_boxplot(aes(fill=variable),show.legend=F)+facet_wrap('~Species')+theme(axis.text
- R语言中的数据重塑
zoujiahui_2018
Rr语言
文章目录介绍reshape2::melt()的用法实例reshape2::dcast()的用法实例tidyr::gather()的用法tidyr::spread()的用法介绍tidyverse系列包中的函数操作都是针对简洁数据框进行的,对于不是简洁的数据,实现需要进行数据重塑。数据重塑主要包括长宽表的转换、拆分/合并列、方形化。长宽表转化最初使用的是reshape2包的melt()和cast()函
- [跟着NC学作图]-柱状堆积图
小杜的生信筆記
本期内容为[[跟着NC学作图]-柱状堆积图代码部分:导入相关包和数据options(stringsAsFactors=FALSE)library(reshape)library(plyr)library(ggplot2)library(ggsci)library(cowplot)library(reshape2)#'@导入数据metadata_coinf<-read.table("metadata
- reshape功能介绍_R 利用reshape2实现数据透视表功能
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reshape功能介绍
这几天处理数据,经常需要把原始数据进行变形以方便运算,比如长长的数据变成宽宽的数据,宽宽的数据变成长长的数据,总而言之,就是要对数据做一个变形整合。如果一个人要变形,那他应该去韩国,如果一个数据要变形,那它应该来reshape2包。虽然R自身带有reshape函数,但自从有了reshape包,reshape函数倒不引人关注了,再后来,reshape2包替代了reshape包,所以我们现在用的都是r
- 在R语言中轻松搞定数据透视表操作
Sim1480
前言数据透视表是一种交互式的表,可以进行某些计算,如求和、平均和求和等。按照之前介绍的长宽格式数据来说,数据透视表是长格式数据向宽格式数据转换,对转换之后的value值进行某些计算。【R语言】长宽格式数据相互转换函数介绍函数使用这里使用reshape2包中的dcast函数和acast函数,两个函数都可以将长格式数据转换成宽格式数据,dcast与acast几乎没有区别,唯一的差别在于acast函数的
- R_让人觉得相见恨晚的包
AJane
分析与建模:Matrix包:先进的稀疏矩阵处理,不了解稀疏矩阵概念的时候内存占用和运行速度都不忍直视。Reshape2/ddply:数据处理不用愁。*apply系列:比for更好用的函数,其中tapply远不如lapply流行,但是实用程度不在其下。实际上lapply有没有变快得看各人的实现,因为虽然lapply调用了C实现,但是它还是要回头调用在R里用户定义的函数才能做计算,这个函数速度如何才是
- 非参数检验-计算部分
RaoZC
非参数检验,一般是在分布未知的情况下使用。我们首先会先对数据进行正态检验和方差齐性分析,如果均不服从,则对数据进行变化,如果还是不服从,则进行非参数检验。首先输入数据进行变换library(reshape2)ano=read.table("statistic.txt",header=T,sep="\t",quote="")head(ano)原始输入数据如下SamplesL2.L2L2.L4L2.L
- R语言中dim函数_R语言入门:函数介绍(3)—— %>%
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R语言中dim函数
R语言入门:函数介绍(2)%>%大家好,绝艺我又回来更新了!本期主要内容是介绍上次预告的中缀函数%>%,该函数封装于"dplyr"包中。同时剧透下一期内容为有同学点播要求学习的reshape2包中的melt()函数和cast()函数。函数介绍(3)%>%%>%函数,本质上而言就是编程中常用的管道符。什么叫管道符呢?顾名思义,就是像一个管道一样,把数据传输过去。在R中,%>%函数的作用是将上一个函数
- 【生信技能树】R语言高级练习题
函数IsLazy
安装一些R包数据包:ALL,CLL,pasilla,airway软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler工具包:reshape2绘图包:ggplot2了解ExpressionSet对象,比如CLL包里面就有data(sCLLex),找到它包含的元素,提取其表达矩阵(使用exprs函数),查看其大小参考:https://github.com/bioconductor-chin
- ggplot2 画图 X 轴排序问题
梦想画家
R语言r语言ggplot2排序factor因子
实际使用ggplot2画柱状体时,遇到x轴排序问题。本文描述问题及其解决过程。data(tips,package="reshape2")library(tidyverse)library(scales)#forpercentagescalestips%>%count(day)%>%mutate(perc=n/nrow(tips))->tips2ggplot(tips2,aes(x=day,y=pe
- 待更新的问题
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富集相关compareClusterclusterProfiler包中富集条目可以挑选重复的问题富集条目不一致的问题文字溢出问题网格图绘图错误的问题网格图使用genesymb绘制的问题自动换行的问题一些Rfunction的问题重铸的问题reshape2::melttidyr::pivot_longer(cols=-id,names_to=“variable”,values_to=“value”)其
- R语言中ggplot2绘制热图,美化热图流程
生信分析笔记
ggplot2是一款强大的绘图R包,今天的笔记内容是学习使用ggplot2来绘制一幅热图,并进行美化调整。需要加载的包有两个:ggplot2、reshape2。如果你也想跟着笔记一起学习,请访问链接下载脚本:https://down.jewin.love/?f=/Rscript/访问上面的网址即可下载使用,也可以直接在Rstudio中运行下面这一句代码,则会自动在当前工作路径下生成11副PDF图片
- R语言做单因素方差分析
μμ豆奶
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R语言做单因素方差分析检验三组与三组以上数据(需满足正态,方差,独立)整理数据保存CSV格式打开Rstudiogetwd()#查看工作目录read.csv("filename")df<-read.csv("filename",header=T)library(reshape2)df1<-melt(df)my.analyse<-aov(value~variable,data=df1)summary(
- R语言常用的数据处理的包(2)
Evil_Genius
这一节我们来复习一下shape2的用法:reshape2包的主要功能函数是melt()和cast(),其实现了长数据和宽数据之间的转换。melt的功能用处:将列名作为行的值,减少列的个数,增加行的个数。用法:melt(data,id.vars,measure.vars,variable.name="variable",...,na.rm=FALSE,value.name="value")其中id.
- R语言中ggplot2绘制热图,美化热图流程
生信分析笔记
程序人生
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- 一对多数据的互换
RaoZC
我们的目的是要将以下格式的数据相互转换。数据转换暂时没有找到一部到位的方法,只能使用较为繁琐的方法进行转换。1对数据进行长数据化library(reshape2)a=read.table("a.txt",header=T,sep="\t",quote="")b=melt(a,id.vars="GeneID")b转换结果2.拷贝到excel进行数据透视如下图,选择数据,选择“插入”选项卡下面的“数据
- ztree异步加载
3213213333332132
JavaScriptAjaxjsonWebztree
相信新手用ztree的时候,对异步加载会有些困惑,我开始的时候也是看了API花了些时间才搞定了异步加载,在这里分享给大家。
我后台代码生成的是json格式的数据,数据大家按各自的需求生成,这里只给出前端的代码。
设置setting,这里只关注async属性的配置
var setting = {
//异步加载配置
- thirft rpc 具体调用流程
BlueSkator
中间件rpcthrift
Thrift调用过程中,Thrift客户端和服务器之间主要用到传输层类、协议层类和处理类三个主要的核心类,这三个类的相互协作共同完成rpc的整个调用过程。在调用过程中将按照以下顺序进行协同工作:
(1) 将客户端程序调用的函数名和参数传递给协议层(TProtocol),协议
- 异或运算推导, 交换数据
dcj3sjt126com
PHP异或^
/*
* 5 0101
* 9 1010
*
* 5 ^ 5
* 0101
* 0101
* -----
* 0000
* 得出第一个规律: 相同的数进行异或, 结果是0
*
* 9 ^ 5 ^ 6
* 1010
* 0101
* ----
* 1111
*
* 1111
* 0110
* ----
* 1001
- 事件源对象
周华华
JavaScript
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml&q
- MySql配置及相关命令
g21121
mysql
MySQL安装完毕后我们需要对它进行一些设置及性能优化,主要包括字符集设置,启动设置,连接优化,表优化,分区优化等等。
一 修改MySQL密码及用户
 
- [简单]poi删除excel 2007超链接
53873039oycg
Excel
采用解析sheet.xml方式删除超链接,缺点是要打开文件2次,代码如下:
public void removeExcel2007AllHyperLink(String filePath) throws Exception {
OPCPackage ocPkg = OPCPac
- Struts2添加 open flash chart
云端月影
准备以下开源项目:
1. Struts 2.1.6
2. Open Flash Chart 2 Version 2 Lug Wyrm Charmer (28th, July 2009)
3. jofc2,这东西不知道是没做好还是什么意思,好像和ofc2不怎么匹配,最好下源码,有什么问题直接改。
4. log4j
用eclipse新建动态网站,取名OFC2Demo,将Struts2 l
- spring包详解
aijuans
spring
下载的spring包中文件及各种包众多,在项目中往往只有部分是我们必须的,如果不清楚什么时候需要什么包的话,看看下面就知道了。 aspectj目录下是在Spring框架下使用aspectj的源代码和测试程序文件。Aspectj是java最早的提供AOP的应用框架。 dist 目录下是Spring 的发布包,关于发布包下面会详细进行说明。 docs&nb
- 网站推广之seo概念
antonyup_2006
算法Web应用服务器搜索引擎Google
持续开发一年多的b2c网站终于在08年10月23日上线了。作为开发人员的我在修改bug的同时,准备了解下网站的推广分析策略。
所谓网站推广,目的在于让尽可能多的潜在用户了解并访问网站,通过网站获得有关产品和服务等信息,为最终形成购买决策提供支持。
网站推广策略有很多,seo,email,adv
- 单例模式,sql注入,序列
百合不是茶
单例模式序列sql注入预编译
序列在前面写过有关的博客,也有过总结,但是今天在做一个JDBC操作数据库的相关内容时 需要使用序列创建一个自增长的字段 居然不会了,所以将序列写在本篇的前面
1,序列是一个保存数据连续的增长的一种方式;
序列的创建;
CREATE SEQUENCE seq_pro
2 INCREMENT BY 1 -- 每次加几个
3
- Mockito单元测试实例
bijian1013
单元测试mockito
Mockito单元测试实例:
public class SettingServiceTest {
private List<PersonDTO> personList = new ArrayList<PersonDTO>();
@InjectMocks
private SettingPojoService settin
- 精通Oracle10编程SQL(9)使用游标
bijian1013
oracle数据库plsql
/*
*使用游标
*/
--显示游标
--在显式游标中使用FETCH...INTO语句
DECLARE
CURSOR emp_cursor is
select ename,sal from emp where deptno=1;
v_ename emp.ename%TYPE;
v_sal emp.sal%TYPE;
begin
ope
- 【Java语言】动态代理
bit1129
java语言
JDK接口动态代理
JDK自带的动态代理通过动态的根据接口生成字节码(实现接口的一个具体类)的方式,为接口的实现类提供代理。被代理的对象和代理对象通过InvocationHandler建立关联
package com.tom;
import com.tom.model.User;
import com.tom.service.IUserService;
- Java通信之URL通信基础
白糖_
javajdkwebservice网络协议ITeye
java对网络通信以及提供了比较全面的jdk支持,java.net包能让程序员直接在程序中实现网络通信。
在技术日新月异的现在,我们能通过很多方式实现数据通信,比如webservice、url通信、socket通信等等,今天简单介绍下URL通信。
学习准备:建议首先学习java的IO基础知识
URL是统一资源定位器的简写,URL可以访问Internet和www,可以通过url
- 博弈Java讲义 - Java线程同步 (1)
boyitech
java多线程同步锁
在并发编程中经常会碰到多个执行线程共享资源的问题。例如多个线程同时读写文件,共用数据库连接,全局的计数器等。如果不处理好多线程之间的同步问题很容易引起状态不一致或者其他的错误。
同步不仅可以阻止一个线程看到对象处于不一致的状态,它还可以保证进入同步方法或者块的每个线程,都看到由同一锁保护的之前所有的修改结果。处理同步的关键就是要正确的识别临界条件(cri
- java-给定字符串,删除开始和结尾处的空格,并将中间的多个连续的空格合并成一个。
bylijinnan
java
public class DeleteExtraSpace {
/**
* 题目:给定字符串,删除开始和结尾处的空格,并将中间的多个连续的空格合并成一个。
* 方法1.用已有的String类的trim和replaceAll方法
* 方法2.全部用正则表达式,这个我不熟
* 方法3.“重新发明轮子”,从头遍历一次
*/
public static v
- An error has occurred.See the log file错误解决!
Kai_Ge
MyEclipse
今天早上打开MyEclipse时,自动关闭!弹出An error has occurred.See the log file错误提示!
很郁闷昨天启动和关闭还好着!!!打开几次依然报此错误,确定不是眼花了!
打开日志文件!找到当日错误文件内容:
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- [矿业与工业]修建一个空间矿床开采站要多少钱?
comsci
地球上的钛金属矿藏已经接近枯竭...........
我们在冥王星的一颗卫星上面发现一些具有开采价值的矿床.....
那么,现在要编制一个预算,提交给财政部门..
- 解析Google Map Routes
dai_lm
google api
为了获得从A点到B点的路劲,经常会使用Google提供的API,例如
[url]
http://maps.googleapis.com/maps/api/directions/json?origin=40.7144,-74.0060&destination=47.6063,-122.3204&sensor=false
[/url]
从返回的结果上,大致可以了解应该怎么走,但
- SQL还有多少“理所应当”?
datamachine
sql
转贴存档,原帖地址:http://blog.chinaunix.net/uid-29242841-id-3968998.html、http://blog.chinaunix.net/uid-29242841-id-3971046.html!
------------------------------------华丽的分割线--------------------------------
- Yii使用Ajax验证时,如何设置某些字段不需要验证
dcj3sjt126com
Ajaxyii
经常像你注册页面,你可能非常希望只需要Ajax去验证用户名和Email,而不需要使用Ajax再去验证密码,默认如果你使用Yii 内置的ajax验证Form,例如:
$form=$this->beginWidget('CActiveForm', array( 'id'=>'usuario-form',&
- 使用git同步网站代码
dcj3sjt126com
crontabgit
转自:http://ued.ctrip.com/blog/?p=3646?tn=gongxinjun.com
管理一网站,最开始使用的虚拟空间,采用提供商支持的ftp上传网站文件,后换用vps,vps可以自己搭建ftp的,但是懒得搞,直接使用scp传输文件到服务器,现在需要更新文件到服务器,使用scp真的很烦。发现本人就职的公司,采用的git+rsync的方式来管理、同步代码,遂
- sql基本操作
蕃薯耀
sqlsql基本操作sql常用操作
sql基本操作
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
蕃薯耀 2015年6月1日 17:30:33 星期一
&
- Spring4+Hibernate4+Atomikos3.3多数据源事务管理
hanqunfeng
Hibernate4
Spring3+后不再对JTOM提供支持,所以可以改用Atomikos管理多数据源事务。Spring2.5+Hibernate3+JTOM参考:http://hanqunfeng.iteye.com/blog/1554251Atomikos官网网站:http://www.atomikos.com/ 一.pom.xml
<dependency>
<
- jquery中两个值得注意的方法one()和trigger()方法
jackyrong
trigger
在jquery中,有两个值得注意但容易忽视的方法,分别是one()方法和trigger()方法,这是从国内作者<<jquery权威指南》一书中看到不错的介绍
1) one方法
one方法的功能是让所选定的元素绑定一个仅触发一次的处理函数,格式为
one(type,${data},fn)
&nb
- 拿工资不仅仅是让你写代码的
lampcy
工作面试咨询
这是我对团队每个新进员工说的第一件事情。这句话的意思是,我并不关心你是如何快速完成任务的,哪怕代码很差,只要它像救生艇通气门一样管用就行。这句话也是我最喜欢的座右铭之一。
这个说法其实很合理:我们的工作是思考客户提出的问题,然后制定解决方案。思考第一,代码第二,公司请我们的最终目的不是写代码,而是想出解决方案。
话粗理不粗。
付你薪水不是让你来思考的,也不是让你来写代码的,你的目的是交付产品
- 架构师之对象操作----------对象的效率复制和判断是否全为空
nannan408
架构师
1.前言。
如题。
2.代码。
(1)对象的复制,比spring的beanCopier在大并发下效率要高,利用net.sf.cglib.beans.BeanCopier
Src src=new Src();
BeanCopier beanCopier = BeanCopier.create(Src.class, Des.class, false);
- ajax 被缓存的解决方案
Rainbow702
JavaScriptjqueryAjaxcache缓存
使用jquery的ajax来发送请求进行局部刷新画面,各位可能都做过。
今天碰到一个奇怪的现象,就是,同一个ajax请求,在chrome中,不论发送多少次,都可以发送至服务器端,而不会被缓存。但是,换成在IE下的时候,发现,同一个ajax请求,会发生被缓存的情况,只有第一次才会被发送至服务器端,之后的不会再被发送。郁闷。
解决方法如下:
① 直接使用 JQuery提供的 “cache”参数,
- 修改date.toLocaleString()的警告
tntxia
String
我们在写程序的时候,经常要查看时间,所以我们经常会用到date.toLocaleString(),但是date.toLocaleString()是一个过时 的API,代替的方法如下:
package com.tntxia.htmlmaker.util;
import java.text.SimpleDateFormat;
import java.util.
- 项目完成后的小总结
xiaomiya
js总结项目
项目完成了,突然想做个总结但是有点无从下手了。
做之前对于客户端给的接口很模式。然而定义好了格式要求就如此的愉快了。
先说说项目主要实现的功能吧
1,按键精灵
2,获取行情数据
3,各种input输入条件判断
4,发送数据(有json格式和string格式)
5,获取预警条件列表和预警结果列表,
6,排序,
7,预警结果分页获取
8,导出文件(excel,text等)
9,修