单细胞组学系列学习笔记

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scRNA-seq数据分析

Seurat包学习笔记

Seurat包学习笔记（一）：Guided Clustering Tutorial
Seurat包学习笔记（二）：Integration and Label Transfer
Seurat包学习笔记（三）：Analysis of spatial datasets
Seurat包学习笔记（四）：Using sctransform in Seurat
Seurat包学习笔记（五）：Using Seurat with multi-modal data
Seurat包学习笔记（六）：scATAC-seq + scRNA-seq integration
Seurat包学习笔记（七）：Stimulated vs Control PBMCs
Seurat包学习笔记（八）：Cell-Cycle Scoring and Regression
Seurat包学习笔记（九）：Differential expression testing
Seurat包学习笔记（十）：New data visualization methods in v3.0
Seurat CheatSheet思维导图
Seurat对象解读思维导图
使用Shiny搭建基于Seurat包的单细胞数据可视化平台

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Scater包学习笔记

使用scater包进行单细胞测序分析（一）：数据导入与SCESet对象构建
使用scater包进行单细胞测序分析（二）：数据质量控制
使用scater包进行单细胞测序分析（三）：数据降维与可视化

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Monocle2包学习笔记

Monocle2包学习笔记（一）：Getting Started with Monocle
Monocle2包学习笔记（二）：Classifying and Counting Cells
Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories
Monocle2包学习笔记（四）：Differential Expression Analysis

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Palantir包学习笔记

使用Palantir进行单细胞发育轨迹推断分析

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scATAC-seq数据分析

Signac包学习笔记

使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（二）：Motif analysis with Signac
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（三）：scATAC-seq data integration
使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（四）：Merging objects

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Cicero包学习笔记

使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（一）：Cicero introduction and installing
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（二）：Constructing cis-regulatory networks
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析（三）：Single-cell accessibility trajectory