建武六年（庚寅，公元30年）
春季，正月丙辰（十六日），把舂陵乡改为章陵县，按照刘邦祖籍丰县和沛县的作法，世世代代免除赋税徭役。
吴汉等攻下朐县，斩杀董宪、庞萌，长江、淮河、崤山以东全部平定。将领们返回洛阳，刘秀设酒宴赏赐。
刘秀被多年的戎马生活所苦，因为隗嚣又派遣长子做人质，公孙述又在遥远的边陲，就对将领们说：“暂且不考虑这两个人的问题。”于是命将领们在洛阳休养，把军队调防到河内，多次向隗嚣、公孙述传送书信，告诉他们祸福利害。
这时，公孙述废除铜钱，置铁官以铸钱，百姓手中的货币不能流通。蜀中童谣说：“黄牛白腹，五铢当复。”好事的人们窃窃私语说王莽称“黄”，公孙述自号“白”，五铢钱是汉朝的货币，说天下当并还刘氏。公孙述也喜好为符命鬼神瑞应的事，荒谬地引用谶记。以为孔子作《春秋》，为赤制而断十二公，说明了汉高帝至汉平帝已经过十二代，历数已完了，一姓不得再受命为帝。又引《录运法》说：“废昌帝，立公孙。”《括地象》说：“帝轩辕受命，公孙氏握。”《援神契》说：“西太守，乙卯金。”说的是西方太守能摧毁卯金“劉”氏。五德之运，黄承赤而白继黄，金据西方为白德，而代王氏，得到正序。又自己说手纹有奇，得以建元龙兴之瑞。几次将这些东西移书中国，希望以此惑动众心。光武忧虑，就写信给公孙述说：“图谶上讲的‘公孙’，是指宣帝。代汉的是当涂高，你难道是当涂高吗？你以掌纹为瑞，王莽有什么可以效法的呢！你不是我的乱臣贼子，仓卒时人人都想当上皇帝，不足责备。你日月已逝，妻子儿女弱小，应当早为定计，可以无忧。天子的帝位，是不可力争的，应当三思。”署名“公孙皇帝”。公孙述不作答复。
公孙述的骑都尉平陵人荆邯向公孙述建议：“兵，这是帝王的重要武器，古今都不能废除的。以前秦失其守，豪杰并起。汉高帝起于布衣，没有前人的业迹，没有立锥之地，起兵于行伍之中，亲自奋击，好几次兵败被困。然而溃败之后又重新聚合，养好了创伤再投入战斗。为什么呢？冒死前进反而获得成功，胜过后退归于灭亡。隗嚣遭逢时世的机运，占据雍州，军队强盛，士人归附他，威望传到崤山之东。遇到更始朝政治混乱，刘玄又失去天下，天下老百姓伸长脖子盼望太平，全国陷于土崩瓦解，隗嚣不趁此时除去危险赢得胜利，争得皇帝的宝座，而退却打算做周文王式的西方霸主。他尊崇并学习儒家经典，招揽宾客隐士，停止扩充和训练军队，低声下气地事奉汉朝，还感叹地以为自己是周文王再世。使刘秀将对隗嚣的忧虑置之一边，专心倾注力量在东边征讨群雄，四分天下，刘秀占有三分。又派出秘密使节，招纳叛离的人，使西州一带英雄豪杰都心向崤山以东，于是五分天下，刘秀占有四分。如果向天水进攻，必定击溃隗嚣。天水平定以后，则九分天下，刘秀占有八分。陛下依靠梁州这块地方，对内要供奉皇帝，对外要供给军队。百姓愁苦困顿，不能忍受上面的驱使，将会发生王莽那种内部自己瓦解的变化。以我的愚见，应该趁着天下百姓要求太平的愿望没有断绝，英雄豪杰还可以招纳罗致，赶紧在此时，征调国内的精锐部队，命田戎占据江陵，面对长江的会合处，依靠巫山的险阻，修筑壁垒坚守；向吴、楚各地发布文书，长沙以南一定会望风归降；命延岑出兵汉中，平定三辅，天水、陇西会拱手自己臣服。这样一来，天下震撼，希望有最大的利益可图。”公孙述以荆邯的话询问群臣，博士吴柱说：“周武王讨伐商王朝，八百个诸侯不约而同地表示赞成，然而仍退兵等待上天的旨意。没有听说过没有周围邻国的协助，而打算出兵千里之外的事！”荆邯说：“刘秀并没有一尺土地的凭藉，驱驰一群乌合之众，但跨上战马冲锋陷阵，所向无敌。不赶快抓住时机和刘秀分享功业，却坐在那里大谈周武王的主张，这是再次效法隗嚣想当周文王的做法。”
公孙述同意荆邯的话，准备征发所有北军屯垦的士兵以及由崤山以东地区的人组成的客籍军队。命令延岑、田戎分两路出发，和汉中各将领的部队合并，共同进击。可是蜀地人士和公孙述的弟弟公孙光认为，不应倾全国之力征战千里之外，以此一举决定成败。他们极力反对，公孙述才作罢。延岑、田戎也多次请求带兵建立功绩，公孙述始终疑虑不接受，只有公孙氏家族的人能够掌权。
公孙述为政苛细，对于很小的事也要过问，就像当初做清水县令时那样。并喜欢改换郡县官名。他年轻时曾经出任过郎的官职，熟悉汉朝的旧典，称帝后出宫入宫都用法驾，以绣着鸾鸟的大旗、枪杆上挂着牦牛尾的骑士作前导。又封他的两个儿子为王，各以犍为、广汉两郡的几个县做食邑。有人向公孙述进谏：“成败还未可知，战士们暴露在沙场上，而先封自己的爱子为王，这表示没有远大的志向！”公孙述不听规劝。从此大臣们全都怨恨。
冯异从长安到洛阳入朝晋见。刘秀对公卿说：“冯异是我当初起兵时的主簿，为我披荆斩棘，平定关中。”晋见已毕，赏赐珍宝、钱、帛，颁下诏书说：“当初在仓猝之时，你在芜蒌亭进献豆粥，在滹沱河进献麦饭，深情厚意，长时间未能回报。”冯异叩头拜谢说：“我听说管仲对齐桓公说：‘愿君王不忘我射您带钩的事，我不忘被装入囚车的事。’齐国依靠这两个人强盛起来，我今天也愿陛下勿忘河北的苦难，我不会忘记在巾车乡您对我的恩德。”冯异在洛阳逗留十余天，刘秀命他和妻子儿女西行返回任所。
申屠刚、杜林从隗嚣那里来到洛阳，刘秀任命二人当侍御史。任命郑兴当太中大夫。
三月，公孙述命田戎出江关，招集其旧部，准备夺取荆州。不能取胜。
刘秀于是给隗嚣下诏，打算让他从天水出兵攻打公孙述。隗嚣上书说：“白水关险恶，难以通过，栈道残破断绝，无法利用。公孙述性情严厉残暴，上下相互不信任，等到他的罪恶显露出来再攻打他，就能造成一呼而内外响应的形势。”刘秀知道隗嚣终不能被己所用，于是策划出兵讨伐他。
夏季，四月丙子（初八），刘秀前往长安，拜谒汉朝历代皇帝的陵墓。派遣耿、盖延等七位将军取道陇西征讨公孙述。刘秀先派中郎将来歙赐给隗嚣诏书，告诉他自己的意图。隗嚣又反复考虑，疑虑重重，很长时间不能决断。来歙生气地责备隗嚣说：“皇上认为您懂得善恶是非，通晓胜衰兴亡，所以亲自写信，充分表达自己的意愿。您推诚效忠，已经派您的儿子隗恂到洛阳做人质，却反而要听从小人的蛊惑之言，要做灭族的打算吗？”于是准备向前刺杀隗嚣。隗嚣起身入内，召集部众要杀来歙。来歙从容地拿着符节登车离去。隗嚣让牛邯率兵把来歙的车团团围住。隗嚣的部将王遵劝谏说：“来歙虽然是单独充任远方的使节，但他是刘秀的表哥。杀了他无损于汉朝，却会随之召来灭族之灾。从前，宋国捕杀楚国的使节，招来用人骨作木柴、易子而食的大祸。对小国尚且不可以侮辱，何况对于万乘之尊的帝王。您要以隗恂的性命为重啊！”来歙为人讲信义，言行一致，往来游说，诚实可信，都可一一对证。西州的士大夫都信任、尊重他，很多人替他求情。所以能够免于死难，回到洛阳。
五月己未（二十三日），刘秀从长安回到洛阳。
隗嚣于是起兵叛变。命王元防守陇坻，砍伐树木，堵塞道路。东汉将领们因此和隗嚣交战，被打得大败，各自率兵逃下陇山。隗嚣急速追赶，东汉将军马武挑选精锐骑兵断后，杀敌数千人，各路军队才得以返回。
六月辛卯（二十四日），刘秀下诏说：“设置官吏，是替老百姓服务。而今百姓遭难，户口减少，而国家官吏的设置还很繁多。现令司隶、州牧各自在所辖范围核实实际需要，裁减官员。无论是县还是封国，不足以设置长吏的，予以合并。”于是合并减少四百余个县，官吏的职位也减少了，十个官员，留任一个。
九月丙寅晦（三十日），出现日食。执金吾朱浮因而上疏说：“臣闻日是众阳之所宗，君上之位。凡居官治民，据郡典县，都为阳为上，为尊为长。如果阳上不明，尊长不足，则干犯日月星辰，以垂示王者。五典记国家之政，《鸿范》别灾异之文，都是宣明天道，以征验后来的。陛下哀悯海内新遭祸毒，保宥生人，使得休养生息。而今牧人之吏，多未称职，少违理实，动遭斥罢，岂不是粲然黑白分明吗？然而以尧舜的盛世，还加三考，大汉之兴，也累积功效，官吏积久，养老于官，以至子孙相因，以官名为氏姓。当时吏职，何能悉理；议论之徒，岂不喧哗。我以为天地之功不可仓卒而就，艰难之业当累日才能有成。而近来守宰数见换易，迎新相代，疲劳奔波于道路。由于视事经验不足，未足昭著其职，既加严格切责，人不能自保，各相顾望，不可自安。有司或因睚眦小怨以报私恨，苛求其短，求媚上意。二千石及长吏迫于举劾，惧于讥刺，所以争着弄虚作假，以求取虚名。这都是群阳骚动，日月失行的应验。物暴长者必夭折，功猝成者必亟坏，如摧长久之业，而造速成之功，这不是陛下的福哩。天下不是一时之用，海内不是一旦之功。愿陛下注意于长远之计，望化于一代之后。天下幸甚。”帝将其奏章交下面讨论，群臣多同意朱浮的意见，自此以后牧守的调动就减少了。
十二月壬辰（二十七日），免去大司空宋弘的职务。
癸巳（二十八日），刘秀下诏：“前些时战事不息，国家经费不足，所以按十分之一收税。如今粮食储备增多，从现在起，各郡、各封国收取现有田地的田租，按三十分之一征税，恢复原来的制度。”
汉将领们兵败退下陇山之后，刘秀命耿在漆县驻屯，命冯异在邑驻屯，命祭遵在县驻屯，命吴汉等率军返回长安驻屯。冯异率军还没到达邑，隗嚣乘胜派王元、行巡率领二万余人下陇山，分派行巡夺取邑。冯异马上急行军挺进，要抢先占据邑。将领们说：“敌人强盛，又乘着胜利的锐气，不能和他们争锋。应停止行军，在有利的地点安营，慢慢图谋策划。”冯异说：“敌军压境，是习惯于获取小利，因而打算深入。敌人如果取得邑，三辅就会动摇。采取攻势不足时，采取守势则有余。我们抢先占据邑，是以逸待劳，不是和敌人决高下。”于是秘密进城，关闭城门，偃旗息鼓。行巡完全蒙在鼓里，急忙赶赴邑。冯异乘其不备，突然间战鼓齐鸣、旌旗招展，率军而出。行巡的军队惊慌散乱，四下奔逃。冯异追击，大破敌军。祭遵也在县打败王元的军队。于是北地郡诸豪强首领耿定等全都背叛隗嚣，投降东汉。刘秀命令冯异进军义渠。冯异击败卢芳的将领贾览以及匈奴奥日逐王。北地郡、上郡、安定郡全部归降。
窦融又派弟弟窦友前往洛阳，向刘秀上书说：“窦融暗自思忖，我很幸运，能够成为先皇后亲属的后代，好几代都是二千石俸禄。我又暂任将帅，镇守一方。所以派遣刘钧，向您口头表达我的赤胆忠心，从内心深处对您没有丝毫隐瞒。而您的诏书却称赞公孙述、隗嚣两位君主三分天下、形成鼎足之势的权力，提到任嚣、尉佗的谋划，我深感忧伤悲痛。我窦融虽然无知无识，但在利与害之际、顺与逆之间，岂能背叛真主旧主，去事奉奸恶、假冒的人！岂能废弃忠贞的节操，去做颠覆国家的坏事！岂能抛弃已经成就的基础，去追求并无希望的利益！就此三项，即使去问一个疯子，还知道如何决定，而我为什么偏偏会别有用心！谨派我的弟弟窦友前往，亲口陈述我的至诚。”窦友走到高平县，正赶上隗嚣叛变，道路不通，于是派遣司马席封从小路把信带到洛阳。刘秀又派席封给窦融、窦友带信，安慰他们，感情深厚。
窦融于是给隗嚣写信说：“当年，将军亲身遭遇艰难时世，国家蒙受不幸之际，能够坚守节操，义无返顾，效忠汉朝。我等所以钦佩您的高义，愿意听从您的役使，原因的确在此。然而您在愤怒急躁之间，改变自己的节操和意图，舍弃已成之功，去开创难成之业。百年积累的成果，毁于一旦，难道不可惜吗？恐怕是在下面管事的人贪功，设计阴谋，以至成了现在这个样子。当前西州地区地势狭窄局促，人民和军队分散，辅助别人是容易的，自己单独开创局面是艰难的。假若迷途而不返，听到道理仍然迷惑，那么，不是向南投向公孙述，就是向北加入卢芳罢了。依靠虚假的交情而轻视敌人的强悍，仗恃远方的援救而轻视眼前的敌人，看不到有什么好处。自从战争发生以来，城市全变成废墟，百姓辗转于沟壑之间。幸运的是，天运稍有回转，可是将军又要重复当初的灾难。这是使旧病不能痊愈，幼童孤儿将再度流离失所，提起这些就可以使人悲痛酸鼻。庸人还都不忍心，何况仁慈的人呢？我听说做忠诚的事很容易，但做得得当确实很难。替人担忧过分，就是以恩德换取怨恨。我知道我将因为上述这些话而获罪。区区所献，望将军省悟。”隗嚣不采纳。
窦融于是和五郡太守共同厉兵秣马，并向刘秀上书，请求指示出兵日期。刘秀深切嘉勉赞美窦融。诏书回报说：“每追念外戚，孝景皇帝出自窦氏，定王，景帝之子，是我的先祖。以前因魏其一言，得继正统，长君、少君尊奉师傅，修成很好的德行，延及子孙，这是皇太后神灵，上天保佑汉朝啊。从天水来的人，传写将军责让隗嚣的书信，痛入骨髓。叛臣看到了当股慄惭愧，忠臣看到了当酸鼻流涕，义士看到了当心明眼亮，不是忠孝诚恳，怎能这样？德薄的人怎么能忍受！隗嚣自知失掉河西帮助，族灭之祸就将到来，想进行挑拨离间，造谣惑众，以便转相解说勾结，以成其奸。又京师百官，不了解国家及将军本意，多采取虚伪，夸大荒诞胡说，使忠孝失望，传言失实。毁誉之来，都不是偶然的，不可不思。现在关东盗贼已平定，大军今当全部向西，将军请秣马厉兵，以等待会师。”
窦融接到诏书，随即和各郡太守率军进入金城，攻击隗嚣同党先零羌首领封何等，大破羌军。于是沿着黄河，显扬军威，恭侯圣驾。当时大军还未进发，窦融于是率军返回。
刘秀因为窦融很讲信义，清楚地表明了立场，更加嘉奖他。下令整修窦融父亲的坟墓，用牛羊猪各一祭祀，屡次派出轻装使者，送给窦融四方进贡的珍奇食物。
梁统仍然担心大家犹豫疑惑，便派人刺杀隗嚣的使者张玄，于是同隗嚣绝交。把隗嚣授予的将军印信绶带全都解下。
先前，马援听说隗嚣对汉朝怀有二心，准备独立，几次写信责备劝说他。隗嚣收到信后更加愤怒。等到隗嚣发兵反叛，马援于是给刘秀上书说：“我自念归身圣朝，敬侍陛下，本来没有三公辅相一句话的推荐，也没有左右的人为我先言。我自己不说，陛下何能听到。居前不能令人分高低，居后不能令人分轻重。招人怨不能为人患，这是臣感到羞耻的。所以敢于触冒罪忌，冒死陈述至诚。我与隗嚣，本来是朋友。当初，隗嚣派臣来洛阳，对我说：‘我本打算拥戴汉朝，请你前往洛阳观察，你认为可以，我就专心事汉了。’等到我回去，以赤心报隗嚣，想真心实意诱导他从善，不敢挑唆他以为不义之举。而隗嚣自挟奸心。私下憎恨陛下，而把这种怨恨之情归结到我身上。我如果不说，意见就无从上达。我愿亲到你那里，陈述消灭隗嚣的策略，能够把想说的话统统说完，申述我的浅见，然后退回老家去种田，死无所恨。”刘秀于是召见马援。马援一五一十地提出作战方案。
刘秀遂命马援率领骑兵突击队五千人，往来劝说隗嚣的将领高峻、任禹等，以及羌族的首领，为他们分析利害，以离间瓦解隗嚣部属。马援又写信给隗嚣的将领杨广，让他劝说隗嚣，信中说：“我看到四海之内已经平定，万民都有同感。可是隗嚣封闭边界，起兵反叛，成了天下众矢之的。我常害怕大家对隗嚣咬牙切齿，要争相扑杀，因此以眷恋之情给他写信，表达我的伤痛和忧虑。然而竟听说隗嚣把罪过都推到我身上，并采纳王元谄媚邪恶的意见，宣称函谷关以西，一抬脚就可以平定。从现在的局势来看，究竟怎样呢？
我不久前曾到过河内，拜访慰问隗嚣的儿子隗恂。看见他的奴仆吉从西州回来，说隗恂的小弟弟隗仲舒看见吉，想问隗恂是否已遭意外，竟然说不出口，早晚哀号哭泣。又说到全家悲苦忧愁的情况，无法用言语表达。有怨仇可以指责，不可以用毁灭的手段报复，我听说这些事后，不知不觉流下眼泪。我一向了解隗嚣孝顺慈爱，曾参、闵子骞也比不过。孝敬的父母，哪能不爱孩子！可有儿子身戴刑具，而父亲飞扬跋扈、胡作非为，并想分一杯用儿子的肉做成肉羹这类事吗？
隗嚣平时自己说，他所以拥有军队，是用来保全乡土和父母的坟墓，又说不过是为了厚待士大夫罢了。可是现在，所要保全的乡土将要分裂丧失，所要保全的父母坟墓将被毁掉，所要等待的将反而要受到轻视。隗嚣曾折辱公孙述而不接受他的爵位，今天却乖乖地去依附他，将有惭愧之色吧！如果公孙述也要求用长子做人质，隗嚣又从何再得一个长子给他呢？从前，公孙述要单独封你为王，而你拒绝。现在你年纪老了，还要低着头和小孩子们挤一个食槽吃食，并着肩侧着身在怨恨的朝中作官吗？
现在朝廷对你的期望很大，你应该请牛邯和各位前辈尊长共同劝说隗嚣。如果说服不了他，确实应该离开他。前些天我观看地图，见天下有一百零六个郡和封国，怎么要用区区两个郡对抗中国的其余的一百零四个郡呢？你事奉隗嚣，从外部讲是君臣关系，从内部讲是朋友关系。说君臣呢，本应该直言进谏；说朋友呢，应该切磋协商。哪有知道他不能成功，却只是懦弱畏缩，咬着舌头，拱手跟他一起陷入灭族之灾的呢？趁现在定下大计还是很好的，过了这一步，就不同了。况且，来歙是天下忠信之士，朝廷尊重他，他对隗嚣依依不舍，常独自为西州说话。我认为朝廷尤其要在这件事情上建立信誉，必不负约。我不能久留，愿你急速给我回信。”杨广竟然不作答复。
将领们每有疑惑争议，都向马援请教，对他十分敬重。
隗嚣上书向刘秀请罪说：“官吏百姓听说大军突然到来，惊慌惧怕，只求自救，我不能禁止。我的部队虽然获得胜利，但我不敢废弃做臣子的节操，亲自把他们追回来。过去虞舜侍奉父亲，如父亲用大棍子打就跑掉，如用小棍子打则承受。我虽然不聪明，怎敢忘此君臣大义！如今我在朝廷掌握之中，赐我死我就死，给我加刑我就受刑。如能再使我有机会洗面革心，我就是变成一堆死骨，也不会忘记。”主管部门认为隗嚣言语傲慢，请求杀他的儿子隗恂。刘秀不忍心，又派来歙到县送亲笔信给隗嚣，说：“从前，高祖的大将柴武说：‘陛下宽厚仁爱，诸侯中虽有逃亡反叛的，以后归顺，就恢复爵位封号，不予诛杀。’以你隗嚣是个文官，懂得义理，所以赐书给你。说得清楚一点，显得不够客气，说少了事情又难于决断。现在你如果能约束自己，再派隗恂的弟弟到朝廷来做人质，那你的爵位和俸禄都可保全，洪福齐天。我年近四十，在军旅中度过十年，厌恶花言巧语。如果你不愿意，不必答复。”隗嚣知道刘秀已看穿他的欺骗术，于是派使者向公孙述称臣。
匈奴和卢芳不断侵扰，刘秀命归德侯刘飒出使匈奴，谋求恢复以前的良好关系。匈奴单于骄横傲慢，虽然也派使节到洛阳回报，但侵扰如故。
七年（辛卯，公元31年）
春季，三月，免去郡县、封国的轻车、骑士、材官，命他们回归为民。
公孙述封隗嚣为朔宁王，让他派出军队往来造声势，作为援助。
癸亥晦（三十日），出现日食。刘秀诏命百官各自呈递密封奏章，奏章中不得有“圣”字。太中大夫郑兴便上疏道：“《春秋》认为天反时便成灾，地反物便成妖，人反德便是乱，乱就妖灾发生。往年以来，怪现象连续出现，料想是办事有缺陷。按《春秋》‘鲁昭公十七年夏六月甲戍初一，有日食。’古书上说：‘日过分而未至(未及夏至)，日、月、星三辰有灾，于是百官穿着素服，国君不举盛馔，避正寝过日食时，乐师奏鼓，庙祝用币于社，史官用语言自责。’现在正值孟夏，纯乾用事，阴气未发作，灾害更重。国家没有善政，天意就在日月上表现出来。变咎一来，不可不谨慎，其要害在于针对人心，选择恰当的官吏。古时尧帝知道鲧不可用而用了他，这是屈己之明，因人之心。齐桓公不计旧仇而用管仲，晋文公回晋国而用郤穀，都是不计私仇，择人处位的意思。现在公卿大夫多推举渔阳太守郭亻及可做大司空，而陛下没有及时定下来，道路上流言很多，都说‘朝廷想用功臣’，功臣用而位置错了。希望陛下上以唐虞为师，下看齐、晋的做法，来成就屈己从众的美德，促成群臣让善的功劳。
日月交会，本应在每月初一，而近年日食，每多在三十日。先时而合，都是月亮走快了点。太阳是君王的象征而月亮是臣子的象征，君主亢急那么臣下促迫，所以走得快了。今年正月出现繁霜，自那时以来，大多寒日。这也是急咎的惩罚。老天爷对贤圣之君，等于慈父对于孝子，丁宁申戒，想让他反思政事，所以灾变出现，这是国家的福。现在陛下高明而群臣惶促，应多想柔克之政，留心《洪范》之法，广泛听取意见。”刘秀亲自处理政事，往往过于严苛急迫，所以郑兴上书提及。
夏季，四月壬午（十九日），刘秀实行大赦。
五月戊戌（初五），刘秀任命前将军李通做大司空。
大司农江冯上书说：“应当命司隶校尉督察三公。”司空掾陈元上书说：“我听说把臣子当做老师的，是帝王；把臣子当做宾客的，是霸主。所以周武王以姜太公为老师，齐桓公以管仲为仲父。乃至近代，汉高祖对相国萧何的礼遇特别优待，汉文帝授予宰相申屠嘉生杀予夺的权力。到王莽时，逢汉朝中衰，王莽专断，把持最高权力，窃国篡位。他以自己做比方，不信任群臣，剥夺三公的职权，降低宰相的威严，把揭发隐私当作高明，把攻击过失作为正直。以至于奴仆告发主人，儿子、弟弟告发父亲、哥哥。法网严密，刑法苛刻，使大臣无所措手足。然而仍不能禁止董忠的叛变，王莽自己也遭世人杀戮。现在四方仍然纷扰不安，天下没有统一，百姓全都睁大眼睛观看，竖起耳朵倾听。陛下应当研究、学习周文王、周武王时代的圣典，承袭祖先留下的美德，用心结交下面的有识之士，屈身对待贤能的人，实在不应派有关部门监视三公的名声。”刘秀接受了他的意见。
酒泉太守竺曾，因自己的弟弟报仇杀人，自行辞职离郡。窦融代表皇帝，任命竺曾做武锋将军，改以辛肜为酒泉太守。
秋季，隗嚣率领步、骑兵三万人侵犯安定，到达阴县，冯异率领诸将抵挡。隗嚣又命其他将领下陇山，在县攻打祭遵。都不能取胜，返回。
刘秀准备亲自征讨隗嚣，先和窦融约定出兵日期。正赶上大雨，道路断绝，而且隗嚣的军队已经撤退，才停止进攻。
王遵字子春，霸陵人。父为上郡太守。王遵年少时就为人豪侠，有辩才，虽然是与隗嚣一起举兵，但时常有归汉的意向。又多次劝隗嚣派遣儿子入朝侍奉，前后对隗嚣辞谏很恳切。刘秀命来歙写信招降王遵，王遵前来投降。刘秀任命他当太中大夫，封向义侯。
冬季，卢芳因事诛杀五原太守李兴兄弟。朔方太守田飒、云中太守乔扈各自献郡投降。刘秀命他们照旧留任原官职。
刘秀喜好运用隐语或预言占验吉凶的图谶，和郑兴讨论到郊外祭祀的事，说：“我想用图谶来推断，怎么样？”郑兴回答：“我不从事预言。”刘秀发怒说：“你不从事预言，是认为它不对吗？”郑兴惶惧，说：“我未学过图谶之书，并没有认为它不对。”刘秀的怒气才消。郑兴多次言政事，依经守义，文章温和儒雅，但因为他不会用谶所以不得重用。
杜诗为南阳太守，为政清廉公正，兴利除害，百姓安逸无忧。杜诗又兴修水利，大量开垦荒地，南阳郡内家家户户殷实富足。当时的人们把他比作汉元帝时的召信臣，南阳流传着称颂他的歌谣：“从前有召父，现在有杜母。”
八年（壬辰，公元32年）
春季，来歙率领两千余人伐山开路，从番须、回中径直袭击略阳县，斩隗嚣的守将金梁。隗嚣大为震惊，说：“怎么这么神速！”刘秀听说攻取略阳，非常高兴，说：“略阳是隗嚣所依据的屏障，心脏腹部已坏，那么制服他的肢体就容易了。”
吴汉等将领听说来歙占据略阳，争着率军驱驰前往。刘秀认为，隗嚣失去所依据的险阻，丢掉了重要的城市，势必出动所有的精锐部队前来进攻，等到旷日持久，敌军包围城市而不能攻占城市，士兵困顿疲惫的时候，东汉军队才可以乘敌人之危挺进。于是，把吴汉等全都追回。隗嚣果然派王元在陇坻抵御，派行巡把守番须口，派王孟堵住鸡头道，派牛邯在瓦亭驻屯。隗嚣亲自率领大军数万人包围略阳。公孙述派遣将领李育、田协助作战。他们挖山筑堤，企图放水灌城。来歙和将士们誓死坚守，箭射完了，就拆掉房屋把木头断开作为兵器。隗嚣用全部精锐部队攻城，几个月都不能攻下。
夏季，闰四月，刘秀亲自率军征伐隗嚣。光禄勋汝南人郭宪劝阻说：“东方刚刚平定，陛下不能远征。”于是挡住车，拔出佩刀，砍断引车前行的皮带。刘秀不听，西行至漆县。将领们多数都认为，皇上率领的军队重要，不宜远行深入到险恶、阻塞的地方。刘秀拿不定主意，召见马援询问意见。马援于是说，隗嚣的将领们已有土崩瓦解之势，如果进军，就会有必破之状。他又在刘秀面前，用米聚成山谷，指出敌我双方的形势，展示大军进攻的路线，来回分析，十分清晰明白。刘秀说：“敌人的情况都在我的眼里了！”第二天一早，大军出发，抵达高平县第一城。
窦融率领五郡太守以及羌族、小月氏等步骑兵数万人、辎重车五千余辆，和刘秀的大军会合。当时军队还处于草创时期，将领们朝拜皇帝的礼仪多不整肃。窦融先派从事请示朝见的恰当礼仪。刘秀听后认为很好，宣告百官让他们效法。于是设置盛大的酒宴，用特别的尊贵礼仪招待窦融等。
窦融率五郡太守及羌虏、小月氏等，步骑数万，辎重五千余辆，与大军会师于高平第一城，这时军旅更迭兴起，诸将与三公错于道，有的背着使者喁喁私语。窦融先派遣从事先问会见礼仪，光武听说后非常赞赏，就以此向百官宣示让他们效法。于是大排酒宴举行盛大宴会，引见窦融等，待之以特殊礼节。拜其弟窦友为奉车都尉，从弟窦士为太中大夫。于是共同进军，隗嚣部众大溃败，所有城邑都归降了。帝以窦融高功，下诏以安丰、阳泉、蓼、安风四县封窦融为安丰侯，弟窦友为显亲侯。就依次封诸将帅：“武锋将军竺曾为助义侯，武威太守梁统为成义侯，张掖太守史苞为褒义侯，金城太守厍钧为辅义侯，酒泉太守辛肜为扶义侯。”封爵完毕，光武东归，派窦融等都西还镇抚原郡。窦融以兄弟并受爵位，久在西北镇抚一方，恐惧不能自安，几次上书请求派人替代。诏书回答说：“我与将军如左右手一样，你几次要求退位，为什么不晓人意呢？希望你勉励循教士民，不可擅自离开部队。”
于是，联军共同进军，分成几路上陇山。刘秀命王遵写信招降牛邯。王遵知隗嚣必将败灭，而他与牛邯是旧交，知道有归汉的思想，就写信晓谕他说：“王遵与隗王歃血结盟为汉，自此历虎口，经死地绝境，已十数次了。当时周洛以西，没有统一，所以为隗王出谋划策，想东收关中，北取上郡，进以奉天意人心，退以惩外夷之乱。数年之间，希望圣汉复存，当献河陇之地奉旧部以归顺本朝。自有生民以来，臣人的形势，没有比现在更便利的了。而隗王的将吏，多是些穴居野处不识时务之徒，人人抵掌而谈，想为不轨之计。我与你日夜所争，祸害几乎降到我们身上的，难道只有一事吗？前计遭到拒绝，后来的策划又不肯听从，所以仰天长啸扼腕叹息，流着眼泪登车而去。幸蒙封拜为太中大夫，得以职司议论，每想到西州的事，未尝敢忘记你过去所说的话。现在御驾亲征，车驾大众已在道途，吴汉、耿..等勇将，云集四境，而你以奔离的兵卒，拒守瓦亭要隘，当汉军攻击的要冲，看双方的形势怎样呢？聪明的人看到了危险就应想到应变，贤俊的人能出污泥而不染，是以功名终于得以伸展，策划终于复得。所以管仲被缚送而成齐相，黥布仗剑而归汉王，弃愚诚而就义举，功名并著。你现在正处在成败的十字路口，遇到的是强兵劲旅的锋芒，是非常可怕的。应赶快下定决心作出决断，与有识之士共同参讨。”牛邯得书，思考了十多天，终于作出决断，于是拜谢士众，归顺洛阳，被拜为太中大夫。牛邯投降，刘秀任命他当太中大夫。于是隗嚣的十三位大将、所属的十六个县、部众十余万人全部归降。隗嚣带着妻子儿女逃往西城，投奔杨广。公孙述的将领田、李育退保上县。略阳县解围。刘秀慰劳、赏赐来歙，把席位单独设在将领们的上首，赐给来歙的妻子一千匹绢帛。
刘秀到达上，下诏给隗嚣说：“你如果放弃武力，自己前来投降，父子能够相见，保证没有其他事故。高皇帝说：‘田横回来，大的封王，小的封侯。’你如果要做黥布，也随你便。”隗嚣到底不肯投降。于是刘秀诛杀他的儿子隗恂。派吴汉、岑彭包围西城，派耿、盖延包围上。
刘秀用四个县的土地封窦融为安丰侯，封窦融的弟弟窦友为显亲侯。五郡太守全封为列侯，命他们回到西方的任所。窦融因长期在一个地方独揽大权，心里畏惧不自安，几次上书请以别人接替。刘秀下诏回答说：“我和将军的关系，就像左右手，你几次谦虚退让，怎么不明了我的心意？你要尽力安抚士人百姓，不要擅自离开自己的部曲。”
颍川郡盗贼蜂起，攻陷本郡所属县城，河东郡的守军也叛变了，京都洛阳震动。刘秀听到消息说：“我后悔没有听郭宪的话！”秋季，八月，刘秀从上县日夜向东奔驰。他写信给岑彭等，说：“如果攻陷西城、上邽两城，就可率领军队向南攻打公孙述。人被不知足所苦，已经平定了陇，又想得到蜀。每一次出兵，头发胡须都因此变白。”
九月乙卯（初一），刘秀回到洛阳皇宫。刘秀对执金吾寇恂说：“颍川靠近洛阳，应当及时平定。我想到只有你能扫平盗贼。请你以九卿的身分，再次出征为国解忧！”寇恂回答说：“颍川盗贼听说陛下远征陇、蜀，所以那些狂徒、狡诈之辈想乘机作乱。如果他们听说陛下南行，一定吓得要死，我愿手持兵器充当前锋。”刘秀同意。庚申（初六），刘秀南征，颍川盗贼全部投降。寇恂最终没有被任命为郡守。百姓在道路上挡住车驾的去路说：“愿陛下把寇君再借给我们一年。”刘秀于是把寇恂留在长社县，命他镇慑安抚官民，收容投降的残余贼寇。
东郡、济阴也有盗贼兴起，刘秀派遣李通、王常予以打击。因东光侯耿纯曾经当过东郡太守，在卫地很有威信，刘秀派使者任命耿纯当太中大夫，让他和李通、王常率领的大军在东郡会合。东郡人听说耿纯进入郡界，九千多名盗贼全都向耿纯投降，大军没有经过战斗就返回了。刘秀再度任命耿纯当东郡太守。戊寅（二十四日），刘秀从颍川返回洛阳。
安丘侯张步带领妻子儿女逃往临淮，和弟弟张弘、张蓝打算招集旧部，乘船入海。琅邪太守陈俊追击，将张步斩首。
冬季，十月丙午（二十二日），光武前往怀城。十一月乙丑（十二日），光武返回洛阳。
杨广去世，隗嚣处于穷途末路。他的大将王捷另外在戎丘城驻扎，王捷登上城楼向汉军高喊：“替大王隗嚣守城的人，全都必死，但没有二心。请你们赶快停止进攻，我用自杀来表明我们的决心。”于是自刎而死。
当初，刘秀对吴汉下令说：“各郡来的士兵只坐着消耗粮食，如果有人逃亡，就会动摇军心，应当全部遣散。”吴汉等贪图用众多的军队围攻隗嚣，因而未能遣散。粮食日渐减少，官兵疲惫，逃跑的人很多。岑彭堵住谷水，把水灌进西城，水位离城头还有一丈多。这时，王元、行巡、周宗率领公孙述派的救兵五千余人，从高处突然到来，擂起战鼓大声呼喊：“百万大军来了！”东汉军队大惊失色，没有来得及布阵。王元等突破包围，殊死战斗，于是得以进入西城，接隗嚣回到冀县。吴汉的军队粮食吃尽，就烧掉辎重装备，领兵下陇山。盖延、耿也相继撤退。隗嚣出兵尾随攻打各部队。岑彭率军断后，将领们才得以全军东归。只有祭遵驻屯县没有撤退。吴汉等又驻屯长安，岑彭回到津乡。于是安定、北地、天水、陇西又反被隗嚣占领。
校尉太原人温序被隗嚣的将领苟宇俘获，苟宇再三再四地劝说温序投降。温序大怒，呵斥苟宇等说：“你们这些匪徒怎么敢胁迫汉将！”然后用手中符节击杀数人。苟宇的左右争着要杀温序。苟宇制止说：“这是一位义士，以死来保全名节。可以赐他宝剑。”温序接受宝剑，把胡须衔到嘴里，对左右说：“既然被贼寇所杀，不要让胡须被土玷污。”于是用剑自杀。从事王忠把他的尸首送回洛阳，刘秀下诏赐给他墓地，任命他的三个儿子为郎。
十二月，高句丽王派使者朝贡，刘秀恢复了他的王号。
这一年，发生水灾。
九年（癸巳，公元33年）
春季，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世。刘秀下诏，命冯异接管他的军队。祭遵为人廉洁约束小心，克己奉公，所得赏赐常常尽数给予士卒，家里没有私人财产，身穿韦带布袴，盖布被，夫人的衣服不加彩，帝因此看重他。他死后，怜悯悼念尤甚。祭遵灵柩到河南县，帝诏遣百官先到治丧场所会齐，光武身着白色丧服驾临，望着哭泣哀恸。回经城门，阅过丧车，涕泣不能自已。丧礼成，又亲自以太牢之礼祭祀，如宣帝办霍光丧事一样。诏大长秋、谒者、河南尹护丧事，大司农负责费用。博士范升上疏，追称祭遵说：“臣闻先王崇高的德政，尊崇美好，摒弃丑恶。以前高祖大圣，深见远虑，分爵割地，与部下分功，把功臣的事迹记载在簿籍上，歌颂他们的美德。在生时以特殊礼节以示宠爱，奏事免于报名，入门不必急走。死了以后封以爵邑，令其无绝嗣位，又颁赐使其世世代代享受特权的契券，使其恩宠传于无穷。这是我大汉对功臣后代赐给的长久恩德，所以累及十多世，历数两百余年，废而复兴，绝了又为之续嗣。陛下以至德而受命，光大先祖之道，依次表彰辅佐，封赏有功之臣，与祖宗的法度相符合。征虏将军颍阳侯祭遵，不幸早逝。陛下仁恩，为之感伤，远迎河南。忧伤哀恸，表现于圣躬，治丧用度，由国家献给，重赐妻子儿女，不可胜数。送给死者有加于生者，厚赙亡者以慰抚亲属，矫正世俗振励教化，高如日月。古时臣病了君来看望，臣死了君来吊丧，这是深厚的君德。但这种君德遭到破坏已很久了。陛下重新恢复这种仪礼，臣下都为之感动，莫不自相激励。臣私下看到祭遵修行积善，竭忠于国，北上平定渔阳，西上抗拒陇、蜀，先登陇坻，深取略阳。各路兵马都退了，而他独留不退。他能制约驾御士兵，使他们不逾越法度。他军队所在地的官吏民众，不知军队的存在。清名传播于海内，廉洁清白著名于当世。他所获得的赏赐，常常尽数分给吏士，身上没穿过稀贵的衣服，家里没有私人财产。同母弟祭午以他无子，为他娶妾送给他，祭遵使人拒不接受，自以为身任国事，不敢贪图生活考虑继嗣的私事。临死前还遗嘱叮诫用牛车载灵柩，薄葬洛阳。问他的家事，始终无所言。任重道远，死而后已。祭遵为将军，选拔人才都用儒术，对酒设乐，必唱雅诗投壶。又为孔子建庙立后，奏置《五经》大夫。虽身在军旅，不忘祭祀，可说是遵礼仪悦礼乐，死守善道的人了。礼，生时有爵位，死了就应谥封，爵位是用来区分尊卑，谥封是用来明白善恶。臣以为应在祭遵死后，论叙众多功劳，详细按照巜谥法》的原则，以古礼成全之。以显示国家遵守古代章法制度，为后世立定榜样。”帝于是把范升的奏章下示给公卿。等到安葬，帝车驾再亲临，赠以将军、侯的印绶，用漆红了轮子的车子装着，让武士们排成军阵送葬，谥封为成侯。安葬完毕，光武再亲临其坟，妥为安置其夫人家室。其后会朝，帝常叹道：“怎能得到忧国奉公的像祭遵那样的大臣呢？”祭遵之见思于光武其深如此。卫尉铫期说：“陛下极其仁爱，哀悼祭遵不已，使群臣各自感到惭愧惶恐。”刘秀才停止念叨。
隗嚣患病，又赶上饥荒，出城熬大豆与米饭为食，只能吃到黄豆干饭，愤恨而死。
范晔：隗嚣举旗聚族，立高祖、孝文庙以假神明，考察他创图首事时，可以看到他的不同凡响。后来终于孤立一隅，介于汉蜀之间，陇坻虽然险要，终非具有两万人抗百万人之势，以区区陇西、天水两郡，来抗光武堂堂之师，以至智穷力竭，徭役赋税空乏，终于身死部众瓦解，然后才得以平定。可见他的道行确有值得怀念的地方，这是四方雄杰纷纷奔集于他的麾下，士卒忠诚不二死守自刎而不悔的原因。功名，声誉也就显赫起来，事业凋谢了，各种罪过都会产生，事之成败在天不在人，能打破这个论断的，或许还没有听到过呢。如果隗嚣的命运能与符运相合，所遇到的对手又不是光武这样天授的劲敌，那么把隗嚣与历史上的西伯相提并论，难道可以多加嗤笑吗？
王元、周宗拥立隗嚣的幼子隗纯为王，统兵据守冀县。公孙述派遣将领赵匡、田协助隗纯。刘秀派遣冯异攻击。
公孙述派遣翼江王田戎、大司徒任满、南郡太守程率领数万人下江关，击败东汉将领冯骏等的军队，于是攻陷巫县和夷道、夷陵，随后占据荆门山、虎牙山。在长江上驾起浮桥，建筑关楼。把木柱集中在一起，竖立在江中阻断水道，跨山连接营垒堵塞陆路，以抗拒汉军。
夏季，六月丙戌（初六），刘秀到缑氏县，登上辕山。
吴汉率领王常等四位将军统领五万余人，在高柳县攻打卢芳部将贾览、闵堪。匈奴派兵救援，东汉军队不能取胜。于是匈奴气势变得强盛，烧杀掳掠日益严重。刘秀命朱祜驻屯常山郡、王常驻屯涿郡、破奸将军侯进驻屯渔阳郡，任命讨虏将军王霸当上谷郡太守，以防备匈奴。
刘秀命来歙统帅驻屯长安的所有将领，太中大夫马援做他的副手。来歙上书说：“公孙述把陇西、天水作为屏障，所以能够苟延残喘。现在这两郡如能平定，公孙述就无计可施了。我们应当增派兵马，储备粮草。现在西州刚刚破败，军民疲劳饥饿，如果用金钱粮食招引他们，那么当地军民就能够集结起来。我知道国家所要供给的不止一支军队，经费不足，然而这样做也是不得已！”刘秀表示赞同。于是下诏，在县储备六万斛粮食。秋季，八月，来歙率领冯异等五位将军在天水讨伐隗纯。
骠骑将军杜茂同贾览在繁县交战，杜茂的军队失败。
西羌各部落从王莽末年迁徙到边塞以内，金城郡所属各县多被占据。隗嚣无力征讨，便就势慰问笼络，征调他们的部众和汉朝相对抗。司徒掾班彪上书说：“现在凉州各地都有归降的羌人。羌族人披散着头发，衣服在左边开襟。他们和汉族人混杂生活在一起，风俗习惯既不同，语言也不通，经常被小官小吏、奸滑之人侵害掠夺，穷困愤懑，无所依赖，所以导致反抗。夷人和蛮人的叛乱，都是因为这个缘故。旧的制度规定，益州地区设置蛮夷骑都尉，幽州地区设置领乌桓校尉，凉州地区设置护羌校尉。都持符节，统辖守护当地，处理纷争，每年定时巡行各地，询问疾苦。并不断派出翻译，疏通关系，了解动静，让边塞之外的羌人夷人充当官吏耳目，州郡因此可以有所戒备。现在应恢复昔日制度，以示威严，加强防备。”刘秀接受班彪的建议。任命牛邯当护羌校尉。
强盗杀害阴贵人的母亲邓氏和弟弟阴。刘秀非常悲伤，封阴贵人的弟弟阴就为宣恩侯。又召见阴就的哥哥侍中阴兴，也要封侯，把印信绶带放到他面前。阴兴坚持推辞，说：“我没有冲锋陷阵的功劳，而一家人中，已有好几个人承蒙封爵赐土，使天下人不满，这确实是我不愿意的！”刘秀赞美他的举动，不强迫他改变想法。阴贵人问阴兴为什么要这样做，阴兴说：“皇帝的外戚家往往被不知谦让退避所害。嫁女儿要配侯王，娶媳妇要打公主的主意，我心里实在不安。富贵有极限，人应当知足，夸耀奢侈会增加世人的指责。”阴贵人为他的话所感动，深深地自我贬抑，始终不替亲属要求官爵。
刘秀征召寇恂回洛阳，任命渔阳太守郭当颍川太守。郭招降山贼赵宏、召吴等数百人，全都遣送回乡务农，他因此弹劾自己擅自放回降贼，刘秀没有怪罪他。后来，赵宏、召吴等人的同党听到郭的威望和信誉，从遥远的江南，或从幽州、冀州，不约而同都来投降，路途上络绎不绝。
莎车王康去世，弟弟贤继位，攻打诛杀拘弥国王、西夜国王，而让康的两个儿子分别担任两国国王。
十年（甲午、公元34年）
春季，正月，吴汉又率领捕虏将军王霸等四位将军六万人出高柳县攻打贾览，匈奴数千名骑兵援救贾览，接连在平城附近交战。吴汉打败赶走匈奴骑兵。
夏阳节侯冯异等同隗纯的将领赵匡、田交战将近一年，斩杀赵匡、田。隗纯尚未被打败，东汉将领们想暂且返回休整部队，冯异坚决主张留下不动。于是共同攻打隗纯据守的落门，未能攻陷。夏季，冯异在军中去世。
秋季，八月己亥（二十五日），刘秀到达长安。
最初，隗嚣的将领安定人高峻带领军队据守高平县第一城。建威大将军耿等包围该城，一年未能攻陷。刘秀准备亲自征伐，寇恂劝告说：“长安的位置在洛阳和高平的中间，接应近便。陛下坐镇长安，安定、陇西之人必定心中震恐。这样，从容地呆在一处，就可以控制四方。现在人困马乏，要到险阻的地方，对陛下是不安全的。去年颍川郡盗贼蜂起的往事，应当引以为大戒。”刘秀不听。进军到县。高峻依然不降，刘秀派遣寇恂前往劝降。寇恂带着刘秀的诏书到达第一城，高峻派遣军师皇甫文出城拜见。皇甫文的言辞礼节毫不卑屈。寇恂大怒，准备诛杀。将领们劝阻说：“高峻有精兵一万人，多半都是强弩射手，在西面堵塞陇道，连年不能攻下。现在准备招降高峻，却反而屠戮他的来使，恐怕不行吧？”寇恂不答应，于是诛杀皇甫文。放他的副使回去。转告高峻说：“军师无礼，已经杀死了！要投降，赶快投降；不想投降，继续坚守！”高峻惊慌恐惧，当天打开城门投降。将领们全都向寇恂祝贺，顺便问他：“请教您，杀了他的使节而又能使他献城投降，为什么呢？”寇恂说：“皇甫文是高峻的心腹，是为高峻谋划的智囊。这次前来，言辞态度强硬，肯定没有归降的意思。如果保全他则皇甫文的计策得逞，杀掉他则使高峻丧胆，所以高峻投降。”将领们全都叹服说：“您的智慧不是我们所能赶得上的！”
冬季，十月，来歙和将领们攻陷落门。周宗、行巡、苟宇、赵恢等献出隗纯投降。王元投奔公孙述。刘秀把隗氏家族迁徙到洛阳以东。后来，隗纯和宾客们逃跑，企图投奔匈奴。逃到武威县，被捕获，处死。
先零羌部落和其他羌人部落侵犯金城、陇西。来歙率领盖延等出击，大败羌人，斩首及俘虏数千人。然后打开粮仓，赈救饥民，陇右于是安定，凉州的道路就打通了。
庚寅（十七日），刘秀回到洛阳。