使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法

使用enrichKEGG做通路富集分析时，一直报错：显示No gene can be mapped....

k <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =1, qvalueCutoff =1)

但是之前用同样的基因做分析是能够成功地富集到通路，即便是网上的数据会更新，也不可能变化的这么大吧，我换了一组基因，出现相同的问题。去B站视频教程的评论去找答案，发现有小伙伴在前几天刚刚评论说出现和我一样的问题，可能这个问题是刚新出的，网上也一直没找到解决这个问题的方法。

我考虑是不是因为clusterProfiler版本的原因，但我没有立刻更换clusterProfiler版本。（先留个扣，到底是不是版本的原因？）

看到了网上很多在本地进行富集分析的教程，于是，便冒着今天科研进度为零的风险，大胆尝试一下把数据下载到本地，进行通路富集分析，因为这么做也有个优点，就是数据库在本地，不会随着网上的更新而导致富集结果的更新，因为这样避免了前期的实验在后期复现不出来的麻烦。

参考了这个方法：

构建自己的R包--KEGG.db

先去上述官方地址找到自己研究的物种在KEGG数据里的3字符缩写，比如：我研究的是人类和玉米，缩写是'hsa'和'zma'。

#安装Y叔的包，
#安装创建KEGG数据库的包的包
remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb")
#创建自己的物种的包create_kegg_db，会自动创建名称为KEGG.db_1.0.tar,gz的包。物种名称的简写，在
createKEGGdb::create_kegg_db('zma')    #人类是'hsa'

#安装这个包(默认的包的路径在当前工作目录，根据实际情况修改路径)
install.packages("~/KEGG.db_1.0.tar.gz",repos=NULL,type="source")

但是在第二步时出现了小插曲，应该是说我的clusterProfiler有问题，我去安装了最新版本的clusterProfiler，clusterProfiler下载链接，在导入时又出现了麻烦，说最新版的clusterProfiler引入了DOSE，我的DOSE版本太低，我用BiocManager安装DOSE，但是BiocManager安装的DOSE依旧不符合要求，我考虑是否是BiocManager版本太低，又更新了BiocManager在安装DOSE，还是不行。迫不得已，我直接更新了R，从4.2.0更新了4.2.2，重新安装BiocManager、DOSE依旧解决不了问题。机缘巧合下(之前一直用某度，完全找不到官方信息，使用Bing浏览器搜到了这个，仿佛打开了新世界的大门)，我找到了官方的DOSE，变下载安装包，在RStudio中手动安装，安装成功，继续导包clusterProfiler，又出现了一下包的关联问题，像GOSemSim, HDO, DO等，用同样的方法去官网下载安装包手动安装，因为BiocManager更新迟后，使用BiocManager不能安装最新版。后面甚至是JSON都需要安装，最后，clusterProfiler导包成功了！！！！

执行第二步和第三步，也都成功了！

还需要把“~/KEGG.db_1.0.tar.gz”手动安装，最后成为KEGG.db包，才可以使用library导入。

附上运行成功的代码（注意本地分析的话use_internal_data = TRUE，线上分析是默认的FALSE）：

library("clusterProfiler")
library("org.Hs.eg.db")
library("enrichplot")
library("ggplot2")
library("pathview")
library("ggnewscale")
library("DOSE")
library(stringr)
library(AnnotationHub)    #library导入需要使用的数据包
library(eoffice)
library('KEGG.db')
# 以上有些包在共享的代码中没用到，是后续画图用的

# 把SYMBOL转成gene_id
EG2SYMBOL=toTable(org.Hs.egSYMBOL)    
geneLists=read.table("data/gene_module_5.txt",sep="\t",check.names=F,header=F)    
colnames(geneLists) <- c('symbol')
results=merge(geneLists,EG2SYMBOL,by='symbol',all.x=T)  # 合并两个数据框
gene <- results$gene_id  # 选择一列
# 进行通路分析
k <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =1, qvalueCutoff =1, use_internal_data = TRUE)
# 强制转成数据框，便于查看
KEGG=as.data.frame(k)

本地通路富集分析完成！！！

下面看一下是不是clusterProfiler版本的原因，我运行

k <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff =1, qvalueCutoff =1)

仍然报错：

那就不是clusterProfiler版本的原因了，是什么也不重要了，过些日子说不定就好了。

知识储备有限，描述不专业，敬请见谅！！！