徐添添
徐添添

2022-01-21 细胞注释思路

注释用的参考数据库

细胞类型鉴定

思路

代码在cell_marker_annotation.R

1、查看所有marker基因

0亚群很多是T细胞的marker，可以初步注释为T细胞
1亚群也像T或者NK细胞
0和1很相似，可以计算这个亚群的差异基因，代码在sub_analysis_scRNA

2、计算特定两组细胞之间的差异基因，决定要不要把两个亚群合并

这里看的是cluster0和3的差异，下表按照差异大小排序，

发现cluster0和3差异大的都是线粒体基因，说明本身基因差异不大，那就可以合并；接着看看cluster0,3和cluster1的差异


这些差异基因是有意义的，那么1也许可以不合并进去

免疫细胞注释可以用singleR

注释小结

cellmarker优于panglaoDB优于其他数据库，但只能解决一部分问题，还要靠文献查找
可以把每个亚群找到的marker用在线工具做功能富集，初步看一下功能



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