gtf格式的基因组注释文件转bed12格式（2018-05-30）

转自：http://weixin.niurenqushi.com/article/2017-07-01/4972977.html

关于格式的详细说明链接: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

这个将gtf转为bed12的脚本名为gtf2bed,源码都在github上,链接如下:https://github.com/ExpressionAnalysis/ea-utils/tree/master/clipper

或者也可以通过网盘直接下载: https://pan.baidu.com/s/1pLt1VPh .

使用方法很简单,就两个参数,一个是待转换的gtf文件,一个是输出文件名,拿hg19的lncRNA的注释文件gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf举例:

./gtf2bed gencode.v19.long_noncoding_RNAs.gtf >gencode.v19.long_noncoding_RNAs.bed

转玩后将gtf和bed格式的文件放到IGV里就可以查看lncRNA的转录本信息:

上图中上面的红框是基因(gtf文件),下面的红框是每个基因所对应的转录本(bed12文件).