细菌基因组的组装

1.上Genome Announcements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号

文章截图

现在用SRR9209163这个SRA号做基因组的组装

2.从SRA数据库上用prefetch下载该文件

SRA文件下载

3.Fastq-dump解压

Fastq-dump

• --gzip 可以输出gz格式，节省空间。
• --split-files 将双端测序分为两份，放在不同的文件。

4.Fastqc质控，去接头

• 用fastqc质量控制

  
  
  fastqc
  
  

  fastqc之后会生成HTML文件，打开之后观察结果：

  
  
  Per base sequence quality_1
  
  
  Per base sequence quality_2

• 用Trimmomatic去接头
  刚开始用Trimmomatic去接头的时候，错将fastqc之后的压缩文件用于去接头，导致后面的步骤出错，之后检查时发现这一步虽然成功了，但截图显示Input Read Pairs中全是0%：

  
  
  出错
  
  

  修改之后再次尝试：

  
  
  成功

5.Spades组装基因组草图

out of memory

这个时候又出错了，上网查询相关信息得知可能是没有设置允许的内存，也就是memory太小，才会显示out of memory。

memory limit

仔细观察之后发现默认的memory limit是1G，可能有点小了。

添加参数

这个时候加上-m参数（单位为G），我设置了5个G，这下应该够了。

添加参数

成功

6.Quast评价组装的基因组效果

quast

成功

quast之后生成报告文件report.txt和report.html

report.txt

Cumulative length

GC content

Nx