《黑客帝国》讲述了一个机器文明替代人类文明的故事。机器擅长的思维模式是精密计算和缜密逻辑，然而机器文明想要升级换代，需要依靠创造力，而创造力受限于它的逻辑和计算思维。所以，机器人并没有完全毁灭人类，人类的心智模式为他们提供了源源不断的创新能量。他们将人类的思维困于一个叫Matrix的母体中，观测其在母体中的运行，并由此获得关于创造力的灵感。故事的结局人类与机器共同生存，而人类没有完全得到自由，要么彻底死去，要么肉身活着意识死去。电影抛出的观点是机器文明最终会完成进化升级，人类文明灭绝，变成供机器观摩的低等生物。影片也暗示了人类心智模式的无穷秘密，至少在机器文明彻底完成进化之前，人类依然有着不可取代的重要意义。
Neo在Trinity和Morpheus的引导下逐渐意识觉醒，脱离了母体，并在Morpheus的训练下，通过意识的作用，唤醒了身体里的超自然力量。这是一个虚拟的世界，意识自然可以发挥它的最大作用。当Neo看到小男孩将勺子变弯时，他也学会了将勺子弯曲的能力。事实上，弯曲的不是勺子，是Neo的内心。
从哲学角度看，《黑客帝国》是一部兼有唯物论与唯心论的电影。它的描述更倾向于唯心的观点。直觉和情感是电影里多次传达并产生重大意义的“人类特质“。
Architect作为母体的总设计师，说了一段非常惊艳的话：“我设计的第一个matrix非常完美，它简直就像是一件完美而卓越的艺术品。它的成功和失败都同样是史诗性的。它失败的必然性在我看来是每个人类固有的非完美性的结果。所以我根据你们人类的历史重新设计了Matrix，以便更准确地反映你们人类本性中多变的怪诞特质。可是我再次失败了。我终于了解到我得不到正确答案是因为它不需要太多的考虑或是也许不需要考虑太多完美性的问题因素。答案最终为另一个指导性的程序偶然发现，这个程序原本是为了研究某些人类思维的。如果说我是Matrix之父，她无疑是Matrix之母。“
Matrix之母即the Oracle——先知。
先知象征着不稳定因素，与逻辑和缜密完全相悖的另一种属于人类的思维模式，如直觉、情感和跳跃性。在整个电影设计里，每位主角的出现与行动均由先知的心理暗示指引着。她充分利用着人类思维中的直觉意识和情感意识，去完成Matrix的升级和创造。
这里提到了直觉和情感在人类的心智模式中的重要性。与《美诺篇》里苏格拉底对于人学习知识的理论，达成了契合。
苏格拉底通过教一个不识字也不懂几何学的孩童学习几何学知识，论证了“人是通过‘灵魂’里的某种‘回忆’学习了理论，而不是通过‘灵魂’外的教授学到了知识。“孩童学习画正方形和长方形时，苏格拉底并未直接告诉他每一步的答案，在画错了正方形数量到画对长方形面积的过程中，孩童通过直觉式的推理最终到达了正确的答案。亚里士多德的知识论里，更直接表达了这个观点，”理性的最高原则只能通过直觉来了解，因为通过推论你无法彻底地理解它。“
正如机器世界无法通过推理和逻辑来理解宇宙或上帝给予的创造力一样，它们也需要设计一个Matrix来获得无限的灵感。先知则是一个捕捉和运用直觉的程序。
在影片的表达中，直觉是高于情感的，情感即是我们通常认为的感性。先知在第一代Matrix里设计了一男一女两个能产生爱情的程序，而随着时间的消磨，由情感带来的感觉逐渐消失殆尽，可见它并不是激发创造力的源源不断的灵感之泉，于是这两个程序被抛弃。
除了直觉能帮助人类更接近“理性原则“外，抹去视野的局限，也有相似的结果。
在故事的结尾，Neo失去了双眼，反而看到了更真实的电流世界。虽然在科学设定里，这是为了验证机器城也是虚拟世界的一部分。它也表达了一个哲学思想，我们身处浩瀚的宇宙里，是渺小的存在，我们的思考和行动受限于我们的视觉。若是没有视觉限制，或许我们会想得更远。正如米兰·昆德拉所说，“视觉受双重限制：让人什么也看不见的强光和完全彻底的黑暗。”一针见血的指出了我们视觉可见的有限范围，而我们的听觉和行动、速度，易是同样的有限范围。而思想，帮助我们走得更远。
第三个让人感兴趣的地方在于对待Matrix——母体的态度。Neo和其他有意识觉醒的人，为了获得自由脱离了Matrix而进入了Zion世界，后来发现Zion世界和机器城都是虚拟世界，只是它们属于现实世界的一个模拟，也是真的存在于现实世界里的，只是不是自然的物理的世界。有没有绝对的真实世界？这是影片带给我的一个思考。逃离真的换来了绝对的自由意志吗？作为一个个体而言，Matrix象征着社会特征明显的一个社会系统，而自由意志仿佛是需要脱离这个社会系统，才可以获取。影片暗示了一个不乐观的结局，没有所谓的绝对的自由意志。在文明巨变和加速的历史进程里，个体的力量微乎其微，更何况，你生于斯，长于斯。
相反，那些安于在母体里生活的人，一生都可感觉食物的美好、爱情的美好、风景的美好和所有美好的美好，幻觉反而成为最令人舒适的真实存在，比起真相里难吃的食物和糟糕的环境，母体的确给了人更多安全感，尤其是对于没有觉醒的人。
这个故事帮助我们更好的了解作为人的本质，以及了解自己。