宏转录组方法_土壤宏转录组RNA的提取方法评价

微生物被认为是地球最大的分解者。据估算，每克土壤中微生物的数量最高可达上百亿，物种可达数十万种[。这些数量巨大、种类繁多、功能多样的微生物推动了土壤的发生和发育，决定了地球演化的方向和进程，形成了人类赖以生存的土壤历史自然体。然而，栖息于土壤中难以计数的海量微生物中，绝大多数被认为难以培养、生理功能未知，最高可达99%之多，学术界甚至将其类比为物理学中的暗物质，提出了生物暗物质的理念[。因此，如何认知这些尚未培养微生物的生理功能及其在原位复杂地球环境中的作用，一直是学术界研究的热点和难点。

宏转录组被认为是研究微生物原位功能表征的重要技术。宏转录组以复杂环境中微生物群落的总RNA转录本为具体研究对象。而RNA的存在，在很大程度上表明特定的微生物处于生理活性状态，可能在复杂系统的物质和能量代谢过程中发挥着重要作用。与宏基因组相比，宏转录组具有明显的原位研究优势[，因为DNA水平基因的存在和检出，并不意味着该基因转录表达并发挥作用，特别在复杂土壤中同时存在数以亿计的微生物，这些微生物很难同时大量分裂、增殖并产生大量新生细胞而发挥重要功能，大多时候原位海量的微生物细胞可能在未增殖的情况下也在发挥作用，因此，以RNA分析为核心的宏转录组技术在研究原位微生物功能、发掘活性微生物资源方面具有天然的技术优势。然而，原核微生物mRNA稳定性差，降解速度快(以秒计)；且占总RNA比例仅为5%左右，因此，与宏基因组相比，宏转录组操作复杂，技术要求高。例如，以宏转录组Metatranscriptomic*为关键词，在Web of Science核心数据库可检测到612篇论文(截止到2018年3月6日)，其中包括104篇土壤转录组论文，141篇海洋转录组论文。而宏