2023.07.05【bug笔记】|bwa比对报错：Segmentation fault

项目场景：

通过BWA对单端测序的小片段序列（710bp）进行基因组分析，寻找突变位点。

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问题描述

经过正常质控，建立参考基因组索引后，样品在比对过程开始发生报错：

bwa mem -R '@RG\tID:foo\tSM:8_F282_22_8_328350w_GF1\tLB:CDGenomics' -t 1 02.align/ref/ref.txt 01.data/trim/8_F282_22_8_328350w_GF1/8_F282_22_8_328350w_GF1_trimmed.fq.gz > 02.align/8_F282_22_8_328350w_GF1_align.sam
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
[M::process] read 74120 sequences (10000038 bp)...
Segmentation fault

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原因分析：

最开始在网上找问题，大致提到两点原因：

1. 内存资源不足；
2. 软件版本较早；

当时我确实怀疑是第一个，因为周末正好有另一个项目占用了大量的系统资源（其实是cpu，并不是内存）。但当另一个项目完成后，仍然出现报错，我便排除了这一点。由于我的安装版本是最新版本，第二点显然也不成立。

后面用了很多测试方法，更换样品、调用同事环境、让同事做一遍，同事那边没问题。最后查出来是参考基因组的格式问题。我没改为标准的fa格式（每条序列前面有一行>gene_name），而是直接将客户提供的序列以txt文档作为参考基因组建立索引，进行比对。

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解决方案：

更改参考基因组后即可正常运行。

总结

Segmentation fault 这个报错还有一种情况会与参考基因组有联系，即参考基因组过大时，由于内存不足导致溢出。有更多问题可以加VX：bbplayer2021 （木青）进群交流，备注 申请加入生信交流群。