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众所周知，核糖体由核糖体蛋白与核糖体RNA共同组成, rRNA是由前体rRNA经过复杂的剪接得到，pre-rRNA是rDNA的转录本，而rDNA是在几个染色体上邻近端粒的重复片段。植物中的核糖体RNA总共有四种，即5S rRNA, 18S rRNA, 5.8S rRNA和 25S rRNA，除了5S rRNA外，其他的三种rRNA共享一个转录本，即45S rRNA，该转录本的DNA模板即为45S rDNA。18S
rRNA, 5.8S rRNA和 25S rRNA三者在45S rDNA上顺次排列，中间由间隔序列ITS1和ITS2隔开，基因外部也有许多控制该基因表达的元件，其中有一些的功能还不是很明了。45S rDNA的转录需要RNA Pol I活性和部分GTFs(general transcription factors)，转录得到的45S rRNA被几个复杂的过程剪接加工成成熟的18S rRNA, 5.8S rRNA和 25S rRNA；5S rRNA则由RNA Pol III和部分GTFs以5S rDNA为模板转录得到。18S rRNA与小亚基核糖体蛋白组装成40S小亚基，5.8S rRNA, 25S rRNA及5S rRNA与大亚基核糖体蛋白组装成60S大亚基，最终再由两个亚基组装成80S核糖体。
拟南芥中有两个45S rDNA位点，分别在二号染色体和四号染色体上，通常四号染色体的转录是激活的。45SrDNA转录序列全长8.4kb，包含18S（1800bp），5.8S（161bp）和25S（3376bp）rRNA序列，由内部转录间隔区（ITS1和ITS2）隔开，并由外部转录间隔区5ETS侧接和终端3ETS。基于3ETS末端的插入/缺失，存在45S rDNA（VAR1-VAR4）的四个主要类别或变体。末端5ETS为1.8 kb，包含U3 snoRNP结合位点A123B和在拟南芥中特异的a1.2 kb插入。每个45S rDNA编码序列均由相邻的; 2.2-kb基因间隔子（IGS）区域隔开，该区域包含SalI框（也称为Amotifs），两个间隔子启动子（SP1和SP2）和基因启动子（GP）。
在拟南芥中，RNA PolI由14个蛋白质亚基组成，其中12个与所有核RNA聚合酶（RNA Pol I–Pol V）的亚基同源或共有，其中五个RNA Pol I亚基与RNA Pol II和Pol III相同（亚基由同一基因编码），另外两个是RNA Pol I特异亚基。转录激活因子包括组蛋白伴侣（NUC1和NUC2，FAS1和FAS2和ATRX），染色质修饰剂（SUVH5和SUVH6，ATXR5和ATXR6和HDA6），参与染色质组织的蛋白质（CDC48和MAS2）。相比之下，在具有Utp3同源物THALLO突变的植物中，rDNA VAR1的胚胎表达受到抑制。处理pre-rRNA的三种途径
U3 snoRNA与所有C / D盒snoRNA共有的蛋白质相关联，包括Nop56，Nop58，Nop1 / FIBRILLARIN和小核蛋白13（Snu13），以及U3特异性蛋白Rrp9 / U3-55k / Sof1（RRNA加工9 /抑制子原纤维蛋白1），Mpp10p（M期磷酸蛋白10），Lcp5p（致命条件性pap1 [poly（A）聚合酶]等位基因），Imp3和Imp4（与Mpp10相互作用）和Rrp9 / U3-55k形成U3 snoRNP。U3和Utp蛋白是90S / SSU过程组的主要组成部分。
在拟南芥中，NUC1和NUC2在rRNA基因表达中起拮抗作用。哺乳动物和酵母菌中没有NUC2。 NUC1似乎促进rDNA转录，NUC2诱导和/或维持阻遏性rDNA染色质状态。 尽管如此，NUC2的表达似乎可以挽救nuc1植物中NUC1的缺失
染色质组装因子1（CAF1）是一个三亚基H3 / H4组蛋白伴侣，负责复制依赖性核小体的组装。拟南芥中fas突变对CAF1功能的破坏导致端粒缩短和45S rDNA丢失，而其他重复序列（5S rDNA，着丝粒180 bp重复序列，CACTA和Athila）不受影响。 功能性CAF1丧失后立即发生大量端粒缩短，端粒缩短至中位长度约1至1.5 kb时端粒减慢。 但是在这些突变体中45S rRNA转录物的水平没有改变。
特定的组蛋白伴侣复合物控制规范组蛋白及其变体的正确沉积，以调节核小体的结构和稳定性。ATRX参与组蛋白H3沉积。拟南芥ATRX突变等位基因是可行的，但显示出发育缺陷和生育力降低。它们与组蛋白H3.3分子伴侣HIRA（组蛋白调节剂A）的突变体结合导致植物存活受损，表明HIRA和ATRX在互补的组蛋白沉积途径中起作用
敲低HDA6时沉默的rRNA基因的去抑制伴随着核仁组织区（NOR）的缩合，启动子胞嘧啶甲基化的丧失以及用H3K4三甲基化，H3K9乙酰化，H3K14乙酰化和组蛋白H4取代组蛋白H3 Lys 9（H3K9）二甲基化 四乙酰化。
MAS2（AGO1-52 SUPPRESSED2的形态）是一种单拷贝基因，其插入等位基因具有胚胎致死性。在酵母双杂交检测中，MAS2与剪接蛋白和核糖体生物发生蛋白相互作用，荧光原位杂交表明MAS2与45S rDNA共定位在核仁组织区（NORs）。人工microRNA amiR-MAS2部分抑制了MAS2并引起45S rDNA启动子的甲基化不足，以及部分NOR脱缩，表明MAS2对45S rDNA的表达负调控。