科研实用技能 | 运用软件分析snp，indel等之后如何设计引物进行验证呢

最近在做一批样本，是基于大规模基因组测序寻找新的疾病相关突变位点（snv）和indel等的。

软件给出的结果一般都是以下形式，给出的只有突变所在基因组位置或者区间信息。

indel检测示例1

snv检测示例1

那么该怎么去设计PCR验证实验的引物呢？

首先，我们这里对snv取鉴定到的位点的上下游各400bp，indel的话是区间位置的上下游200-300bp。
拿上图的snv举例，它的Start和End分别是48556379和48556379，那么各加400bp，则位置变为：48555979和48556779。同时要注意这里注释出来时ABBCA13这个基因。
那么接下来就先在NCBI的Nucleotide数据库检索这个基因：

ncbi

然后选择第一个检索出来的GENE的链接：

检索示例

再把页面下拉到“Genomic Regions, transcripts, and products”这边，点击右边的“FASTA"

检索示例

这时候可以看到右边有一个"Selected region”

特定基因组位置序列获取示例

最后再把刚才取好的上下游400bp扩展后的基因组位置输入到这个区间，就得到这段的序列了，然后根据序列设计验证引物即可。

特定基因组区段的序列获取

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找了一周方法，无意中发现了这个，因此做个记录，懂得生信分析的同学可以利用primerdesign这个工具，直接接在snp/indel分析下游，会自动设计好引物。