2021-06-27--致病疫霉的差异基因表达分析

在Rstdio软件里使用DESeq2进行致病疫霉及茄科植物的差异基因表达分析，茄科植物由于隶属不同物种，各个基因有所差异，故优先进行纵向比较，即比较接种不同时间点下同一植物的基因表达水平，该部分的内容已经完成。目前致病疫霉差异基因表达分析进行纵向比较时，差异表达基因如下：

图 1 致病疫霉差异表达基因统计

根据差异表达基因的数据，能基本判断出四种茄科植物对致病疫霉的抗性强度：Sme>Sae>Stu>Sly

但是，基于对照接种的清水，因此，跟0 h样本比较时基本不可能检测到下调基因。

因此，致病疫霉的差异表达基因从横向比较，会更有生物学意义，即筛选致病疫霉在不同寄主上接种相同时间后的基因表达变化，能确定哪些基因在致病疫霉的侵染过程中发挥关键作用。

即以非寄主Sae和Sme为对照, 比较接种24 和48 h后，在寄主植物Sly和Stu中，筛选致病疫霉显著上调的基因，这些在寄主中显著上调的疫霉基因可能在侵染过程中发挥重要作用。