【3D 文献/资料 收集】

HiC

1.Hi-C分析工具比较

2.Hi-C中两种TAD检测方法

3.HiC工具汇总

4.Dixon &Renbin 2012 HMM /DI

ChIA-Drop

摘要：
多细胞生物的基因组在细胞核内被广泛地折叠在三维染色体疆域中。目前的高级三维基因组作图方法结合了邻近连接和高通量测序技术（代表方法如染色体构象捕获，Hi-C）和染色质免疫沉淀技术（代表方法如基于配对末端标签测序的染色质交互分析技术，ChIA-PET）。这些方法已经揭示了有染色质接触频繁的拓扑结构域，确定了由特定蛋白质因子介导的染色质远程交互，进行转录绝缘和转录调控。但是，这些方法依靠成对的邻近连接，反映的是群体水平染色质交互情况，因而无法揭示染色质交互的详细本质。虽然单细胞Hi-C可能会解决这个问题，这种方法可能受到当前单细胞分析所固有的数据稀疏性的限制。近期微流控技术的进展为基于液滴的基因组分析提供了机会，但这种技术尚未用于染色质相互作用分析。在本文中，我们开发了一个新策略，通过基于液滴和barcode相关的测序，进行多重染色质相互作用分析，并将该新方法命名为ChIA-Drop。本文展示了ChIA-Drop在单分子精度捕获复杂染色质交互方面的稳健性，这些是基于群体细胞双端交互方法无法完成的。通过将ChIA-Drop应用于果蝇细胞，表明染色质拓扑结构主要由有高度异质性的多重染色质相互作用组成; ChIADrop还揭示了以启动子为中心的多重相互作用，这些结果为基因转录提供了拓扑见解。

5. 2018-NG 启动子双价倾向于胚胎干细胞的开放染色质结构

在胚胎干细胞(ESCs)中，发育基因启动子以二价染色质状态为特征，同时被Mll 2和Polycomb复合物修饰。尽管对胚胎发育至关重要，但在功能上还不太清楚。在此，我们发现Mll2在ESC基因组组织中起着核心作用。我们在ESCs中得到了一个真正的二价基因基因集。Mll2的丢失导致Polycomb的占用率增加。最终启动子的可接近性降低，远程交互被重新分配，ESCs无法进行正常分化。我们认为，双价基因平衡了启动子的可接近性和长程交互，从而允许发育基因表达被准确地调节。