RNA-seq 转录组定量

Data：from GEO

Tools: RSEM和STAR

建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件

/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference —gtf ~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf --star ~/gene_annotation/GRCm38.primary_assembly.genome.fa ~/second_object/mus_ref/mus_gencode

调用star，建立m38的索引。

计算表达量：

~/RSEM/bin/rsem-calculate-expression --star -p 10 --output-genome-bam ~/second_object/rna_seq_mouse/SRR7912011.fastq ~/second_object/mus_ref/mus_gencode ./mus38_gencode

得到有基于基因和转录组的表达文件

ID转换：

对得到的genes result的基因ID进行转换，用gprofiler将ensemble ID 转换为gene symbol

创建ID 与 TPM表达量文件.

tips（建议不指定输出bam文件，节省时间和资源）