博士生上杉写了一个游戏故事《脑部症候群》，想要参加“冒险游戏书原作征文比赛”，但是因为篇幅过长，作品与获奖擦肩而过。
但很幸运，这个故事成为一家游戏公司的创作脚本，一年半后，上杉受邀参与游戏测试。
测试的内容是游戏是否存在bug。
但这不是重点，重点在于，玩游戏要脱下所有衣服，躺在柔软的“克莱因壶”里。
克莱因壶是进入游戏世界的入口，它连通着现实与虚拟，但是在壶的两侧，不管是壶内还是壶外，玩家所有的感受毫无差别。
故事的脉络就这样发展下去，与他一同参与测试的女孩梨纱不见了，而梨纱的一位女友七美不请自来，经过两轮唇枪舌剑，他们发现，记忆根本对不上。
在同一地点的两个人，就坐在同样一个长椅上，却看不见对方。
这是怎么回事！
“我在壶里。虽然分辨不出内外，但我一直就在那个壶里！我离开伊普西隆去了二子，买车票，坐电车，然后走进商厦坐在长凳上观察喷泉。但是，那些都是假的。”
一个在壶里，感受到的是虚拟世界，另一个在壶外，一直都存在于真实世界，两个人虽然都觉得自己在真的二子附近的商场，却根本就不可能相见。
于是，一场推理正式拉开序幕。
“做梦的话，我们可以觉查到。梦的感觉可没有K2那么真实。”
虚拟环境做的与现实毫无二致，那要如何分辨那一边是真实的呢？
上杉找到一些特别的物品：梨纱的金耳环，姬田的名片，被藏在梨纱公寓门上面的钥匙。
这几样物品被当做“锚”，只要有这些东西，那就一定是在同一侧。
上杉认为，有七美和“锚”的，是真实的世界。
“细长的管子，两端连接起来，不就成了甜甜圈吗？要做成克莱因壶，就得把管子往四次元的方向翻转，然后再连接起来。”
七美向上杉解释什么是克莱因壶，经过一番讨论后，他们发现：
“克莱因壶也一样，没有内外之分。在内壁行走的人，会不知不觉得来到外壁。”
这样的解释，基本印证了上杉的感受。
他的现实与虚拟已经被克莱因壶给连接起来了。
但是他心中的疑问一直都没有解开。
梨纱失踪了，她去了哪里？她是不是出事了？
伊普西隆不可能是一个游戏公司，那它到底是什么？
要如何去面对眼前的虚拟和现实？揭穿克莱因壶背后的秘密，还是接受？
上杉在门外听到了伊普西隆的负责人之一梶谷的电话，电话内容中提到了一家医院，在五年前有一场事故。
于是上杉与七美展开调查，在5年前的美国，一家名叫“克莱因”的医院，发生了3起“有趣”的案件，其中有一名医护人员在突然失踪的几天后开车撞向加油站，另一个案件中4名将会把牢底坐穿的囚犯死于大火。
七美断定，一定有什么原因被掩盖掉了，比如，四名囚犯的真实死因。
因为认定这四名囚犯在医院中接受了某种人体试验，上杉和七美决定继续调查，就算不能就出梨纱，也要让伊普西隆的阴谋公诸于世。
在七美前男友姬田的帮助下，伊普西隆背后的克莱因展现出真实的一面：
“最精彩的部分是这位事务长的履历。这个男人在做克莱恩纪念医院的事务长前，是政府部门的工作人员，而且是在一个名叫DDST的组织里当课长。”
DDST就是CIA，科学技术部。
“这个组织恰如其名，研究和开发了CIA情报活动所要用到的种种科技。”
CIA前课长空降到克莱因纪念医院，然后就死了6个人。
上杉的信念更加坚定，他必须要采取行动，因为梨纱的失踪，已经有候补队员上场，而 后面还可能会有更多人因此受害。
这可是赤裸裸的“人体试验”啊！都已经知道到这个程度了，那就必须要阻止。
上杉展开一系列调查，发现了“棕色轿车”不能看外面的真正原因，也知道了研究所的准确位置，甚至绑架了重要的项目负责人笹（tì）森贵美子。
但是……
随着一股甜香的异味，上杉、七美和贵美子都倒在封闭的电梯里。
上杉在克莱因壶上醒过来，所有人都说，他经历了一场非凡的冒险，游戏通关了。
一切都结束了。
“好了，高石小姐正在等你，穿上衣服回这边来吧。”
高石梨纱？
上杉看到了一脸促狭笑意的贵美子，他的脖子上没有裁纸刀划过的痕迹，而梨纱喜气洋洋。
“我们把游戏的结构稍微改了一下，让《脑部症候群》在不知不觉中变换成了现实的舞台……大家都是登场人物……七美小姐是游戏里的一个角色。看来你完全搞混了。”
上杉来到梨纱的公寓，门上并没有钥匙，室内也没有七美留下的痕迹。
这是与有七美的环境的另一侧。
第二天上杉就出逃了，用了一个月的时间。
他重度怀疑人生，精神接近崩溃。
就在想要自杀的一刻，他忽然想到：
“从结束的时候开始”