- circos 可视化手册-ticks 篇
生信修炼手册
在circos中,通过ticksblock来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的,需要有一个最小单位。通过chromosomes_units定义最小单位,用法如下chromosomes_units=1000000之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线,有两个全局参数控制其显示方式show_ticksshow_ticks=yes表示显示刻度线show_tick_labelsshow_t
- 【R画图学习11.1】圈图学习1---circlize
jjjscuedu
圈图非常适合表示复杂信息,我们在展示基因组项目中最常用,我自己主要是用的Circos。但是它使用的是perl语言写的,而且使用的是配置文件的方式来绘制图形,这样就使得数据分析与绘图之间分离开了,造成了很大的不便。所以我们后面会陆陆续续介绍有关R语言圈图的绘制。circlize是Circos的R语言实现,但并不是生成Circos配置文件的前端封装,而是完全基于R语言风格的统计和图形语法实现的。比如下
- circos 配置文件解析
生信修炼手册
Circos的核心就是配置文件的编写,在配置文件中,包含两个方面的内容:数据参数作为一款可视化工具,毫无疑问肯定是需要建立在数据的基础上的。有了数据之后,如何展示,会有许多的参数需要设置和调整,这些参数就是我们需要理解和掌握的东西。首先看一下配置文件的一个基本示例:这个配置文件是我从官方提供的tutorials包中找的一个示例。对于circos的配置文件,需要理解以下3点:#开头的行代表注释参数通
- R 数据可视化 —— circlize 图形
名本无名
前言这一节,我们将介绍circlize提供的图形对象函数,这些函数默认在当前的单元格中绘制。因此,如果在panel.fun函数外调用,需要传递扇形及轨迹的索引来指定单元格。例如,点图使用方式有circos.track(...,panel.fun=function(x,y){circos.points(x,y)})circos.points(x,y,sector.index,track.index)
- 物种-样本关系的circos图
新欣enjoy
经常在基因组或其他组学文章中见到circos图,但是并不知如何解读?以及circos图适用于哪类数据分析结果的展示?这里借助一篇推文,总结一下个人理解。原文:如何优雅地展示群落微生物数据|circos图物种与样本关系展示下面一张图,拆解来看,有以下几个需要关注的点:数值:内圈数值范围,表示丰度或tag;外圈百分比,表示该物种内样本组成百分比;分组信息:外圈颜色条长度表示对应样本占比;内圈颜色条与对
- Linux使用circos
qq_54867493
linux运维服务器
1.在conda中安装biocondacondainstall-cbiocondacircos-y#测试是否所有的module都安装好了circos-module#所有都显示OK则成功ok0.39Font::TTF::Fontok2.68GDok0.2GD::Polyline.......2.检查模块是否齐全circos-module3.下载wgethttp://www.circos.ca/dis
- R 数据可视化 —— circlize 圆形热图
名本无名
前言在前一节,我们介绍了如何使用circos.rect()函数来绘制圆形热图,在0.4.10版本之后,circlize包提供了circos.heatmap()函数,来简化圆形热图的创建和绘制。下面我们来介绍如何使用该函数来绘制圆形热图,首先,创建数据mat0,"red","blue"))},cell.padding=c(0.02,0,0.02,0))circos.clear()如果想要在外侧绘制点
- circos 可视化手册-histograms篇
生信修炼手册
histograms可以看做是lineplot的一个变种,首先来看一个示例图中最内圈的就是historgams了,可以看到由许多个柱子组成,每个柱子都是file中定义的一个区域,柱子的高度由这个区域的value决定。所有的柱子共有两个方向,一部分朝内,另外一部分朝外。这个图片对应的数据如下:可以看到value的值有正有负,当同时包括了正负数时,所有正数的柱子是一个方向,负数的柱子是另外一个方向。以
- Python 图片格式转换
名本无名
图片格式转换可以利用各种软件今天介绍一下如何使用Python实现各种图片格式的转换1.SVG转其他格式读取SVG格式文件,需要安装svglib库pipinstallsvglib将SVG图片保存为其他格式图片需要用到reportlab库pipinstallreportlab1.1读取SVG图片fromsvglib.svglibimportsvg2rlgdrawing=svg2rlg("circos.
- 如何绘制漂亮的Circos图
菌小落
python数据挖掘开发语言
在生信分析中,如何在染色体层面查看不同区域/基因的表达情况,差异显著性呢?能否有一个图能够通过不同的图表样式,展示P值、上下调表达差异、均值等不同类别数据特征呢?为了解决这个问题,派森诺基因云特此推出了“染色体Circos图”,耗时半月倾心制作,此图不仅颜值顶顶而且可调参数众多,快来随小编一探究竟~一、图层设置1.1图表绘制模式每一圈层可以绘制不同图表类型,也可以绘制相同图表类型。默认绘制的四层图
- 【R画图学习11.3】富集圈图---circlize
jjjscuedu
这几年,我也陆陆续续在paper中看到一些环形的富集图,有时候也挺好的,今天我们也来学习一下画法,继续练习circlize的技巧。这次,我找了一个经常做的GO富集的结果拿来做测试。circlize包提供了一些专门的基因组绘图函数,让基因组分析更加简单方便,如:circos.genomicTrack():添加轨迹和图形circos.genomicPoints():添加点circos.genomicL
- Circos
灵动的小猪
Circos是绘制圈图的神器,在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。http://blog.sina.com.cn/s/blog_ec0327b90102v6dl.html
- circos安装(2018-07-12)
简单点lili
官网地址:http://circos.ca/guide/1下载wget-chttp://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz2配置perl模块cdbin./list.modules./test.modules./circos-modules|grep"missing"missingClonemissingConfig::GeneralmissingFon
- R 数据可视化 —— circlize 简单介绍
名本无名
介绍圆形布局图非常适合表示复杂信息,其中最有名的软件当属Circos,我们也介绍过Circos的配置文件方法。虽然Circos软件很好用,但是它使用的是perl语言写的,而且使用的是配置文件的方式来绘制图形,这样就使得数据分析与绘图之间分离开了,造成了很大的不便。circlize是Circos的R语言实现,但并不是生成Circos配置文件的前端封装,而是完全基于R语言风格的统计和图形语法实现的。设
- Circos
村狗儿
Circos从入门到精通-小猪打呼噜-CSDN博客Circos图入门简介--优雅的展示复杂生物数据-scxyz的博客-CSDN博客
- circos 可视化手册- fonts 篇
生信修炼手册
在circos中,fonts,colors,patterns这3个系统内置的block,通过同一个配置文件引入,写法如下>这个文件的内容如下:通过include,将color,fonts,patterns对应的3个配置文件分别引入。本章看下fonts相关的内容,etc/fonts.conf的部分内容如下:文件内容为key=value的形式,key代表字体的名字,value代表字体对应的文件。对于字
- 基因组Circos图绘制
Morriyaty
刘总的项目历经千辛万苦终于要开始了,因为测了一个基因组,当然不可避免的要做一个Circos图展现基因组的一些信息。今我就来记录一下Circos图绘制的方法,具体原理细节老规矩不介绍,脚本不外传,方法仅供参考。让我们快来开始吧,快来开始吧。简单看一下我们想要的Circos图长啥样:FoniomilletgenomeunlocksAfricanorphancropdiversityforagricul
- TBtools绘制基因组特征圈图circos
山竹山竹px
b站视频你值得拥有:https://www.bilibili.com/video/av970102784
- circos软件学习笔记:更改染色体的比例、颜色、方向
生信start_site
在这一节,我们将学习如何调整染色体绘画条数,以及改变它们的比例、颜色以及方向。正确的ideogram的布局是非常重要的。比如说,使所有的染色体都是相同的大小可以强调模式中相对位置之间的比较。(一)Ideogram的选择Toselectasubsetofchromosomes,setchromosomes_display_default=no默认情况下,染色体是按出现顺序显示核型文件中(karyot
- R语言circos绘制
nnlrl
介绍circos可以作为数据展示的一种手段,主要用于基因组数据的可视化,比如甲基化,组蛋白修饰,snp,indel,sv,以及常见的基因表达水平的展示,一般的circos都是基于perl语言的,数量繁多的配置文件总是很难按照我们想要的方式展示最终结果。而在R中也存在一些绘制circos的包,本例中主要介绍一下OmicCircos这个包的使用用法在使用OmicCircos绘制circos图之前,我们
- 【精品会员】众多脑科学课程可免费畅学!
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精品课会员覆盖Matlab、Python、Endnote、Psychopy、E-Prime、PsychToolBox、Circos、Sigmaplot、眼动追踪技术、静息态fMRI数据处理方法、脑电论文写作与作图等多门脑科学课程,这是一场不容错过的知识盛宴!下方所有精品课程可反复观看学习文末联系助教领取~Python从入门到进阶想要学好高大上的Python大法,首要一步就是熟悉Python编程的基
- 记录一些网址
橙子榴莲巧克力
经验分享
1.bowtie2索引下载https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml2.下载cytoBandIdeo(画circos图的染色体信息)https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/h
- 可视化!Circos 图绘制,更简单更灵活更方便~
生信石头
写在前面为什么TBtools用起来舒服,相比于不少其他软件,同质非同质的?我想了很久,可能原因之一,即“开发者即用户本身”,简单来说,“我写的软件是就是给自己用的”,而不是去满足其他人的什么需求。但事实上,只要是相关领域,大家的需求总是类似的。我从来专门征集过大家都普遍需求的功能,但只会开发我觉得对我有用的部分。这样的模式,应该是最合适的。回到主题,Circos图是目前生信大数据时代常用的可视化方
- circos 可视化手册- text 篇
生信修炼手册
不论是heatmap,还是scatter,histogram,反映的都是基因组上某段区域对应的value值的分布,这里的value都是数值。对于value是字符串的情况,专门定义了text这种图表类型,用于展示。看一个text图片的实例text在图上就是一圈的字符串标记,字符串可以添加连线,表明对应的染色体位置。配置文件的写法如下:首先看下file文件中的内容,示例如下和scatter等图表的内容
- 将MCScanX文件转化为circos用的link文件
王梓维
importpandasaspdgffname="D:/circos/MLA.final/h1_h1.gff"####MCScanX用的gffcollinearity="D:/circos/MLA.final/h1_h1_20.collinearity"####MCScanX产生的collinerity文件gff=pd.read_csv(gffname,sep='\t',header=None)p
- circos绘制彩色的links
生信修炼手册
对于links而言,默认情况下所有的links都是同一种颜色,通过color属性指定。当我们想要构建出彩色的links时,通常情况下有3种做法:1.拆分file每一个link都有一个file指定的数据,我们可以人为的将原来的file根据条件拆分成多份,每一份对应一个link,然后为每个link设置不同的颜色,就可以实现彩色的link了。示例如下:每个link定义一个文件,对应的color值不同,生
- circos图在单细胞数据分析中的应用
周运来就是我
前情回顾:Network在单细胞转录组数据分析中的应用桑基图在单细胞数据探索中的应用热图在单细胞数据分析中的应用R-南丁格尔玫瑰图:人民日报都在用的细胞分群占比图三元相图怎么看怎么画(附R代码示例)在数据科学中,我们主要目标是描述元素的对象和属性及其之间的关系。在单细胞数据科学中,上游是在描述元素,如细胞的特性或基因的表达量,下游往往是描述细胞之间或基因之间的关系,如,配受体。关系型数据,即两个或
- Circos入门教程
华大基因学院
1Circos简介Circos是一个非常酷炫的基因组数据可视化软件,能够将基因组数据映射到环形的基因组坐标上,用相互嵌套的环道来展示基因组数据,还可以通过连接线来呈现基因组区块之间的关系。Circos的开发者是一位加拿大的生物信息学家MartinKrzywinski,值得一提的是,他还是一位专业的摄影师。于是,科学和艺术的交融,催生了Circos这款强大的可视化软件,果真不懂艺术的码农不是好的生物
- Seurat对象中NicheNet分析以及circos可视化
周运来就是我
在这篇短文中,您可以学习如何在Seuratv3对象上执行基本的NicheNet分析,以及如何在circos图中可视化输出。值得注意的是,我们作为NicheNet的开发者,通常推荐通过结合几个热图(配体活性、配体-靶标链接、配体-受体链接、配体表达、配体LFC等)来可视化输出,而不是使用circos图可视化。无奈使用圈图可视化的需求太多了,所以有了这篇教程。作为细胞相互作用的例子,我们将使用Meda
- circos画图中links文件生成
徒唤奈何_c5f0
文件格式要求chr-astart-aend-achr-bstart-bend-boptionschr942101214211225chr101966629819668816color=140,105,20chr942213084222192chr101964768219648089color=140,105,20chr942252474230980chr101943960519445179colo
- Spring的注解积累
yijiesuifeng
spring注解
用注解来向Spring容器注册Bean。
需要在applicationContext.xml中注册:
<context:component-scan base-package=”pagkage1[,pagkage2,…,pagkageN]”/>。
如:在base-package指明一个包
<context:component-sc
- 传感器
百合不是茶
android传感器
android传感器的作用主要就是来获取数据,根据得到的数据来触发某种事件
下面就以重力传感器为例;
1,在onCreate中获得传感器服务
private SensorManager sm;// 获得系统的服务
private Sensor sensor;// 创建传感器实例
@Override
protected void
- [光磁与探测]金吕玉衣的意义
comsci
这是一个古代人的秘密:现在告诉大家
信不信由你们:
穿上金律玉衣的人,如果处于灵魂出窍的状态,可以飞到宇宙中去看星星
这就是为什么古代
- 精简的反序打印某个数
沐刃青蛟
打印
以前看到一些让求反序打印某个数的程序。
比如:输入123,输出321。
记得以前是告诉你是几位数的,当时就抓耳挠腮,完全没有思路。
似乎最后是用到%和/方法解决的。
而今突然想到一个简短的方法,就可以实现任意位数的反序打印(但是如果是首位数或者尾位数为0时就没有打印出来了)
代码如下:
long num, num1=0;
- PHP:6种方法获取文件的扩展名
IT独行者
PHP扩展名
PHP:6种方法获取文件的扩展名
1、字符串查找和截取的方法
1
$extension
=
substr
(
strrchr
(
$file
,
'.'
), 1);
2、字符串查找和截取的方法二
1
$extension
=
substr
- 面试111
文强chu
面试
1事务隔离级别有那些 ,事务特性是什么(问到一次)
2 spring aop 如何管理事务的,如何实现的。动态代理如何实现,jdk怎么实现动态代理的,ioc是怎么实现的,spring是单例还是多例,有那些初始化bean的方式,各有什么区别(经常问)
3 struts默认提供了那些拦截器 (一次)
4 过滤器和拦截器的区别 (频率也挺高)
5 final,finally final
- XML的四种解析方式
小桔子
domjdomdom4jsax
在平时工作中,难免会遇到把 XML 作为数据存储格式。面对目前种类繁多的解决方案,哪个最适合我们呢?在这篇文章中,我对这四种主流方案做一个不完全评测,仅仅针对遍历 XML 这块来测试,因为遍历 XML 是工作中使用最多的(至少我认为)。 预 备 测试环境: AMD 毒龙1.4G OC 1.5G、256M DDR333、Windows2000 Server
- wordpress中常见的操作
aichenglong
中文注册wordpress移除菜单
1 wordpress中使用中文名注册解决办法
1)使用插件
2)修改wp源代码
进入到wp-include/formatting.php文件中找到
function sanitize_user( $username, $strict = false
- 小飞飞学管理-1
alafqq
管理
项目管理的下午题,其实就在提出问题(挑刺),分析问题,解决问题。
今天我随意看下10年上半年的第一题。主要就是项目经理的提拨和培养。
结合我自己经历写下心得
对于公司选拔和培养项目经理的制度有什么毛病呢?
1,公司考察,选拔项目经理,只关注技术能力,而很少或没有关注管理方面的经验,能力。
2,公司对项目经理缺乏必要的项目管理知识和技能方面的培训。
3,公司对项目经理的工作缺乏进行指
- IO输入输出部分探讨
百合不是茶
IO
//文件处理 在处理文件输入输出时要引入java.IO这个包;
/*
1,运用File类对文件目录和属性进行操作
2,理解流,理解输入输出流的概念
3,使用字节/符流对文件进行读/写操作
4,了解标准的I/O
5,了解对象序列化
*/
//1,运用File类对文件目录和属性进行操作
//在工程中线创建一个text.txt
- getElementById的用法
bijian1013
element
getElementById是通过Id来设置/返回HTML标签的属性及调用其事件与方法。用这个方法基本上可以控制页面所有标签,条件很简单,就是给每个标签分配一个ID号。
返回具有指定ID属性值的第一个对象的一个引用。
语法:
&n
- 励志经典语录
bijian1013
励志人生
经典语录1:
哈佛有一个著名的理论:人的差别在于业余时间,而一个人的命运决定于晚上8点到10点之间。每晚抽出2个小时的时间用来阅读、进修、思考或参加有意的演讲、讨论,你会发现,你的人生正在发生改变,坚持数年之后,成功会向你招手。不要每天抱着QQ/MSN/游戏/电影/肥皂剧……奋斗到12点都舍不得休息,看就看一些励志的影视或者文章,不要当作消遣;学会思考人生,学会感悟人生
- [MongoDB学习笔记三]MongoDB分片
bit1129
mongodb
MongoDB的副本集(Replica Set)一方面解决了数据的备份和数据的可靠性问题,另一方面也提升了数据的读写性能。MongoDB分片(Sharding)则解决了数据的扩容问题,MongoDB作为云计算时代的分布式数据库,大容量数据存储,高效并发的数据存取,自动容错等是MongoDB的关键指标。
本篇介绍MongoDB的切片(Sharding)
1.何时需要分片
&nbs
- 【Spark八十三】BlockManager在Spark中的使用场景
bit1129
manager
1. Broadcast变量的存储,在HttpBroadcast类中可以知道
2. RDD通过CacheManager存储RDD中的数据,CacheManager也是通过BlockManager进行存储的
3. ShuffleMapTask得到的结果数据,是通过FileShuffleBlockManager进行管理的,而FileShuffleBlockManager最终也是使用BlockMan
- yum方式部署zabbix
ronin47
yum方式部署zabbix
安装网络yum库#rpm -ivh http://repo.zabbix.com/zabbix/2.4/rhel/6/x86_64/zabbix-release-2.4-1.el6.noarch.rpm 通过yum装mysql和zabbix调用的插件还有agent代理#yum install zabbix-server-mysql zabbix-web-mysql mysql-
- Hibernate4和MySQL5.5自动创建表失败问题解决方法
byalias
J2EEHibernate4
今天初学Hibernate4,了解了使用Hibernate的过程。大体分为4个步骤:
①创建hibernate.cfg.xml文件
②创建持久化对象
③创建*.hbm.xml映射文件
④编写hibernate相应代码
在第四步中,进行了单元测试,测试预期结果是hibernate自动帮助在数据库中创建数据表,结果JUnit单元测试没有问题,在控制台打印了创建数据表的SQL语句,但在数据库中
- Netty源码学习-FrameDecoder
bylijinnan
javanetty
Netty 3.x的user guide里FrameDecoder的例子,有几个疑问:
1.文档说:FrameDecoder calls decode method with an internally maintained cumulative buffer whenever new data is received.
为什么每次有新数据到达时,都会调用decode方法?
2.Dec
- SQL行列转换方法
chicony
行列转换
create table tb(终端名称 varchar(10) , CEI分值 varchar(10) , 终端数量 int)
insert into tb values('三星' , '0-5' , 74)
insert into tb values('三星' , '10-15' , 83)
insert into tb values('苹果' , '0-5' , 93)
- 中文编码测试
ctrain
编码
循环打印转换编码
String[] codes = {
"iso-8859-1",
"utf-8",
"gbk",
"unicode"
};
for (int i = 0; i < codes.length; i++) {
for (int j
- hive 客户端查询报堆内存溢出解决方法
daizj
hive堆内存溢出
hive> select * from t_test where ds=20150323 limit 2;
OK
Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
问题原因: hive堆内存默认为256M
这个问题的解决方法为:
修改/us
- 人有多大懒,才有多大闲 (评论『卓有成效的程序员』)
dcj3sjt126com
程序员
卓有成效的程序员给我的震撼很大,程序员作为特殊的群体,有的人可以这么懒, 懒到事情都交给机器去做 ,而有的人又可以那么勤奋,每天都孜孜不倦得做着重复单调的工作。
在看这本书之前,我属于勤奋的人,而看完这本书以后,我要努力变成懒惰的人。
不要在去庞大的开始菜单里面一项一项搜索自己的应用程序,也不要在自己的桌面上放置眼花缭乱的快捷图标
- Eclipse简单有用的配置
dcj3sjt126com
eclipse
1、显示行号 Window -- Prefences -- General -- Editors -- Text Editors -- show line numbers
2、代码提示字符 Window ->Perferences,并依次展开 Java -> Editor -> Content Assist,最下面一栏 auto-Activation
- 在tomcat上面安装solr4.8.0全过程
eksliang
Solrsolr4.0后的版本安装solr4.8.0安装
转载请出自出处:
http://eksliang.iteye.com/blog/2096478
首先solr是一个基于java的web的应用,所以安装solr之前必须先安装JDK和tomcat,我这里就先省略安装tomcat和jdk了
第一步:当然是下载去官网上下载最新的solr版本,下载地址
- Android APP通用型拒绝服务、漏洞分析报告
gg163
漏洞androidAPP分析
点评:记得曾经有段时间很多SRC平台被刷了大量APP本地拒绝服务漏洞,移动安全团队爱内测(ineice.com)发现了一个安卓客户端的通用型拒绝服务漏洞,来看看他们的详细分析吧。
0xr0ot和Xbalien交流所有可能导致应用拒绝服务的异常类型时,发现了一处通用的本地拒绝服务漏洞。该通用型本地拒绝服务可以造成大面积的app拒绝服务。
针对序列化对象而出现的拒绝服务主要
- HoverTree项目已经实现分层
hvt
编程.netWebC#ASP.ENT
HoverTree项目已经初步实现分层,源代码已经上传到 http://hovertree.codeplex.com请到SOURCE CODE查看。在本地用SQL Server 2008 数据库测试成功。数据库和表请参考:http://keleyi.com/a/bjae/ue6stb42.htmHoverTree是一个ASP.NET 开源项目,希望对你学习ASP.NET或者C#语言有帮助,如果你对
- Google Maps API v3: Remove Markers 移除标记
天梯梦
google maps api
Simply do the following:
I. Declare a global variable:
var markersArray = [];
II. Define a function:
function clearOverlays() {
for (var i = 0; i < markersArray.length; i++ )
- jQuery选择器总结
lq38366
jquery选择器
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
- 基础数据结构和算法六:Quick sort
sunwinner
AlgorithmQuicksort
Quick sort is probably used more widely than any other. It is popular because it is not difficult to implement, works well for a variety of different kinds of input data, and is substantially faster t
- 如何让Flash不遮挡HTML div元素的技巧_HTML/Xhtml_网页制作
刘星宇
htmlWeb
今天在写一个flash广告代码的时候,因为flash自带的链接,容易被当成弹出广告,所以做了一个div层放到flash上面,这样链接都是a触发的不会被拦截,但发现flash一直处于div层上面,原来flash需要加个参数才可以。
让flash置于DIV层之下的方法,让flash不挡住飘浮层或下拉菜单,让Flash不档住浮动对象或层的关键参数:wmode=opaque。
方法如下:
- Mybatis实用Mapper SQL汇总示例
wdmcygah
sqlmysqlmybatis实用
Mybatis作为一个非常好用的持久层框架,相关资料真的是少得可怜,所幸的是官方文档还算详细。本博文主要列举一些个人感觉比较常用的场景及相应的Mapper SQL写法,希望能够对大家有所帮助。
不少持久层框架对动态SQL的支持不足,在SQL需要动态拼接时非常苦恼,而Mybatis很好地解决了这个问题,算是框架的一大亮点。对于常见的场景,例如:批量插入/更新/删除,模糊查询,多条件查询,联表查询,