- circos 可视化手册-ticks 篇
生信修炼手册
在circos中，通过ticksblock来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的，需要有一个最小单位。通过chromosomes_units定义最小单位，用法如下chromosomes_units=1000000之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线，有两个全局参数控制其显示方式show_ticksshow_ticks=yes表示显示刻度线show_tick_labelsshow_t
- 【R画图学习11.1】圈图学习1---circlize
jjjscuedu
圈图非常适合表示复杂信息，我们在展示基因组项目中最常用，我自己主要是用的Circos。但是它使用的是perl语言写的，而且使用的是配置文件的方式来绘制图形，这样就使得数据分析与绘图之间分离开了，造成了很大的不便。所以我们后面会陆陆续续介绍有关R语言圈图的绘制。circlize是Circos的R语言实现，但并不是生成Circos配置文件的前端封装，而是完全基于R语言风格的统计和图形语法实现的。比如下
- circos 配置文件解析
生信修炼手册
Circos的核心就是配置文件的编写，在配置文件中，包含两个方面的内容：数据参数作为一款可视化工具，毫无疑问肯定是需要建立在数据的基础上的。有了数据之后，如何展示，会有许多的参数需要设置和调整，这些参数就是我们需要理解和掌握的东西。首先看一下配置文件的一个基本示例：这个配置文件是我从官方提供的tutorials包中找的一个示例。对于circos的配置文件，需要理解以下3点：#开头的行代表注释参数通
- R 数据可视化 —— circlize 图形
名本无名
前言这一节，我们将介绍circlize提供的图形对象函数，这些函数默认在当前的单元格中绘制。因此，如果在panel.fun函数外调用，需要传递扇形及轨迹的索引来指定单元格。例如，点图使用方式有circos.track(...,panel.fun=function(x,y){circos.points(x,y)})circos.points(x,y,sector.index,track.index)
- 物种-样本关系的circos图
新欣enjoy
经常在基因组或其他组学文章中见到circos图，但是并不知如何解读？以及circos图适用于哪类数据分析结果的展示？这里借助一篇推文，总结一下个人理解。原文：如何优雅地展示群落微生物数据|circos图物种与样本关系展示下面一张图，拆解来看，有以下几个需要关注的点：数值：内圈数值范围，表示丰度或tag;外圈百分比，表示该物种内样本组成百分比；分组信息：外圈颜色条长度表示对应样本占比；内圈颜色条与对
- Linux使用circos
qq_54867493
linux运维服务器
1.在conda中安装biocondacondainstall-cbiocondacircos-y#测试是否所有的module都安装好了circos-module#所有都显示OK则成功ok0.39Font::TTF::Fontok2.68GDok0.2GD::Polyline.......2.检查模块是否齐全circos-module3.下载wgethttp://www.circos.ca/dis
- R 数据可视化 —— circlize 圆形热图
名本无名
前言在前一节，我们介绍了如何使用circos.rect()函数来绘制圆形热图，在0.4.10版本之后，circlize包提供了circos.heatmap()函数，来简化圆形热图的创建和绘制。下面我们来介绍如何使用该函数来绘制圆形热图，首先，创建数据mat0,"red","blue"))},cell.padding=c(0.02,0,0.02,0))circos.clear()如果想要在外侧绘制点
- circos 可视化手册-histograms篇
生信修炼手册
histograms可以看做是lineplot的一个变种，首先来看一个示例图中最内圈的就是historgams了，可以看到由许多个柱子组成，每个柱子都是file中定义的一个区域，柱子的高度由这个区域的value决定。所有的柱子共有两个方向，一部分朝内，另外一部分朝外。这个图片对应的数据如下：可以看到value的值有正有负，当同时包括了正负数时，所有正数的柱子是一个方向，负数的柱子是另外一个方向。以
- Python 图片格式转换
名本无名
图片格式转换可以利用各种软件今天介绍一下如何使用Python实现各种图片格式的转换1.SVG转其他格式读取SVG格式文件，需要安装svglib库pipinstallsvglib将SVG图片保存为其他格式图片需要用到reportlab库pipinstallreportlab1.1读取SVG图片fromsvglib.svglibimportsvg2rlgdrawing=svg2rlg("circos.
- 如何绘制漂亮的Circos图
菌小落
python数据挖掘开发语言
在生信分析中，如何在染色体层面查看不同区域/基因的表达情况，差异显著性呢？能否有一个图能够通过不同的图表样式，展示P值、上下调表达差异、均值等不同类别数据特征呢？为了解决这个问题，派森诺基因云特此推出了“染色体Circos图”，耗时半月倾心制作，此图不仅颜值顶顶而且可调参数众多，快来随小编一探究竟~一、图层设置1.1图表绘制模式每一圈层可以绘制不同图表类型，也可以绘制相同图表类型。默认绘制的四层图
- 【R画图学习11.3】富集圈图---circlize
jjjscuedu
这几年，我也陆陆续续在paper中看到一些环形的富集图，有时候也挺好的，今天我们也来学习一下画法，继续练习circlize的技巧。这次，我找了一个经常做的GO富集的结果拿来做测试。circlize包提供了一些专门的基因组绘图函数，让基因组分析更加简单方便，如：circos.genomicTrack():添加轨迹和图形circos.genomicPoints():添加点circos.genomicL
- Circos
灵动的小猪
Circos是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。http://blog.sina.com.cn/s/blog_ec0327b90102v6dl.html
- circos安装（2018-07-12）
简单点lili
官网地址：http://circos.ca/guide/1下载wget-chttp://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz2配置perl模块cdbin./list.modules./test.modules./circos-modules|grep"missing"missingClonemissingConfig::GeneralmissingFon
- R 数据可视化 —— circlize 简单介绍
名本无名
介绍圆形布局图非常适合表示复杂信息，其中最有名的软件当属Circos，我们也介绍过Circos的配置文件方法。虽然Circos软件很好用，但是它使用的是perl语言写的，而且使用的是配置文件的方式来绘制图形，这样就使得数据分析与绘图之间分离开了，造成了很大的不便。circlize是Circos的R语言实现，但并不是生成Circos配置文件的前端封装，而是完全基于R语言风格的统计和图形语法实现的。设
- Circos
村狗儿
Circos从入门到精通-小猪打呼噜-CSDN博客Circos图入门简介--优雅的展示复杂生物数据-scxyz的博客-CSDN博客
- circos 可视化手册- fonts 篇
生信修炼手册
在circos中，fonts,colors,patterns这3个系统内置的block,通过同一个配置文件引入，写法如下>这个文件的内容如下：通过include,将color,fonts,patterns对应的3个配置文件分别引入。本章看下fonts相关的内容，etc/fonts.conf的部分内容如下：文件内容为key=value的形式，key代表字体的名字，value代表字体对应的文件。对于字
- 基因组Circos图绘制
Morriyaty
刘总的项目历经千辛万苦终于要开始了，因为测了一个基因组，当然不可避免的要做一个Circos图展现基因组的一些信息。今我就来记录一下Circos图绘制的方法，具体原理细节老规矩不介绍，脚本不外传，方法仅供参考。让我们快来开始吧，快来开始吧。简单看一下我们想要的Circos图长啥样：FoniomilletgenomeunlocksAfricanorphancropdiversityforagricul
- TBtools绘制基因组特征圈图circos
山竹山竹px
b站视频你值得拥有：https://www.bilibili.com/video/av970102784
- circos软件学习笔记：更改染色体的比例、颜色、方向
生信start_site
在这一节，我们将学习如何调整染色体绘画条数，以及改变它们的比例、颜色以及方向。正确的ideogram的布局是非常重要的。比如说，使所有的染色体都是相同的大小可以强调模式中相对位置之间的比较。（一）Ideogram的选择Toselectasubsetofchromosomes,setchromosomes_display_default=no默认情况下，染色体是按出现顺序显示核型文件中（karyot
- R语言circos绘制
nnlrl
介绍circos可以作为数据展示的一种手段，主要用于基因组数据的可视化，比如甲基化，组蛋白修饰，snp，indel，sv，以及常见的基因表达水平的展示，一般的circos都是基于perl语言的，数量繁多的配置文件总是很难按照我们想要的方式展示最终结果。而在R中也存在一些绘制circos的包，本例中主要介绍一下OmicCircos这个包的使用用法在使用OmicCircos绘制circos图之前，我们
- 【精品会员】众多脑科学课程可免费畅学！
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- 记录一些网址
橙子榴莲巧克力
经验分享
1.bowtie2索引下载https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml2.下载cytoBandIdeo（画circos图的染色体信息）https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/h
- 可视化！Circos 图绘制，更简单更灵活更方便~
生信石头
写在前面为什么TBtools用起来舒服，相比于不少其他软件，同质非同质的？我想了很久，可能原因之一，即“开发者即用户本身”，简单来说，“我写的软件是就是给自己用的”，而不是去满足其他人的什么需求。但事实上，只要是相关领域，大家的需求总是类似的。我从来专门征集过大家都普遍需求的功能，但只会开发我觉得对我有用的部分。这样的模式，应该是最合适的。回到主题，Circos图是目前生信大数据时代常用的可视化方
- circos 可视化手册- text 篇
生信修炼手册
不论是heatmap,还是scatter,histogram,反映的都是基因组上某段区域对应的value值的分布，这里的value都是数值。对于value是字符串的情况，专门定义了text这种图表类型，用于展示。看一个text图片的实例text在图上就是一圈的字符串标记，字符串可以添加连线，表明对应的染色体位置。配置文件的写法如下：首先看下file文件中的内容，示例如下和scatter等图表的内容
- 将MCScanX文件转化为circos用的link文件
王梓维
importpandasaspdgffname="D:/circos/MLA.final/h1_h1.gff"####MCScanX用的gffcollinearity="D:/circos/MLA.final/h1_h1_20.collinearity"####MCScanX产生的collinerity文件gff=pd.read_csv(gffname,sep='\t',header=None)p
- circos绘制彩色的links
生信修炼手册
对于links而言，默认情况下所有的links都是同一种颜色，通过color属性指定。当我们想要构建出彩色的links时，通常情况下有3种做法:1.拆分file每一个link都有一个file指定的数据，我们可以人为的将原来的file根据条件拆分成多份，每一份对应一个link,然后为每个link设置不同的颜色，就可以实现彩色的link了。示例如下：每个link定义一个文件，对应的color值不同，生
- circos图在单细胞数据分析中的应用
周运来就是我
前情回顾：Network在单细胞转录组数据分析中的应用桑基图在单细胞数据探索中的应用热图在单细胞数据分析中的应用R-南丁格尔玫瑰图:人民日报都在用的细胞分群占比图三元相图怎么看怎么画（附R代码示例）在数据科学中，我们主要目标是描述元素的对象和属性及其之间的关系。在单细胞数据科学中，上游是在描述元素，如细胞的特性或基因的表达量，下游往往是描述细胞之间或基因之间的关系，如，配受体。关系型数据，即两个或
- Circos入门教程
华大基因学院
1Circos简介Circos是一个非常酷炫的基因组数据可视化软件，能够将基因组数据映射到环形的基因组坐标上，用相互嵌套的环道来展示基因组数据，还可以通过连接线来呈现基因组区块之间的关系。Circos的开发者是一位加拿大的生物信息学家MartinKrzywinski，值得一提的是，他还是一位专业的摄影师。于是，科学和艺术的交融，催生了Circos这款强大的可视化软件，果真不懂艺术的码农不是好的生物
- Seurat对象中NicheNet分析以及circos可视化
周运来就是我
在这篇短文中，您可以学习如何在Seuratv3对象上执行基本的NicheNet分析，以及如何在circos图中可视化输出。值得注意的是，我们作为NicheNet的开发者，通常推荐通过结合几个热图(配体活性、配体-靶标链接、配体-受体链接、配体表达、配体LFC等)来可视化输出，而不是使用circos图可视化。无奈使用圈图可视化的需求太多了，所以有了这篇教程。作为细胞相互作用的例子，我们将使用Meda
- circos画图中links文件生成
徒唤奈何_c5f0
文件格式要求chr-astart-aend-achr-bstart-bend-boptionschr942101214211225chr101966629819668816color=140,105,20chr942213084222192chr101964768219648089color=140,105,20chr942252474230980chr101943960519445179colo
- ASM系列五 利用TreeApi 解析生成Class
lijingyao8206
ASM字节码动态生成ClassNodeTreeAPI
前面CoreApi的介绍部分基本涵盖了ASMCore包下面的主要API及功能，其中还有一部分关于MetaData的解析和生成就不再赘述。这篇开始介绍ASM另一部分主要的Api。TreeApi。这一部分源码是关联的asm-tree-5.0.4的版本。
在介绍前，先要知道一点， Tree工程的接口基本可以完
- 链表树——复合数据结构应用实例
bardo
数据结构树型结构表结构设计链表菜单排序
我们清楚：数据库设计中，表结构设计的好坏，直接影响程序的复杂度。所以，本文就无限级分类（目录）树与链表的复合在表设计中的应用进行探讨。当然，什么是树，什么是链表，这里不作介绍。有兴趣可以去看相关的教材。
需求简介：
经常遇到这样的需求，我们希望能将保存在数据库中的树结构能够按确定的顺序读出来。比如，多级菜单、组织结构、商品分类。更具体的，我们希望某个二级菜单在这一级别中就是第一个。虽然它是最后
- 为啥要用位运算代替取模呢
chenchao051
位运算哈希汇编
在hash中查找key的时候，经常会发现用&取代%，先看两段代码吧，
JDK6中的HashMap中的indexFor方法：
/**
* Returns index for hash code h.
*/
static int indexFor(int h, int length) {
- 最近的情况
麦田的设计者
生活感悟计划软考想
今天是2015年4月27号
整理一下最近的思绪以及要完成的任务
1、最近在驾校科目二练车，每周四天，练三周。其实做什么都要用心，追求合理的途径解决。为
- PHP去掉字符串中最后一个字符的方法
IT独行者
PHP字符串
今天在PHP项目开发中遇到一个需求，去掉字符串中的最后一个字符 原字符串1,2,3,4,5,6, 去掉最后一个字符","，最终结果为1,2,3,4,5,6 代码如下：
$str = "1,2,3,4,5,6,";
$newstr = substr($str,0,strlen($str)-1);
echo $newstr;
- hadoop在linux上单机安装过程
_wy_
linuxhadoop
1、安装JDK
jdk版本最好是1.6以上，可以使用执行命令java -version查看当前JAVA版本号，如果报命令不存在或版本比较低，则需要安装一个高版本的JDK，并在/etc/profile的文件末尾，根据本机JDK实际的安装位置加上以下几行：
export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.7.0_25
- JAVA进阶----分布式事务的一种简单处理方法
无量
多系统交互分布式事务
每个方法都是原子操作：
提供第三方服务的系统，要同时提供执行方法和对应的回滚方法
A系统调用B,C,D系统完成分布式事务
=========执行开始========
A.aa();
try {
B.bb();
} catch(Exception e) {
A.rollbackAa();
}
try {
C.cc();
} catch(Excep
- 安墨移动广 告：移动DSP厚积薄发 引领未来广 告业发展命脉
矮蛋蛋
hadoop互联网
“谁掌握了强大的DSP技术，谁将引领未来的广 告行业发展命脉。”2014年，移动广 告行业的热点非移动DSP莫属。各个圈子都在纷纷谈论，认为移动DSP是行业突破点，一时间许多移动广 告联盟风起云涌，竞相推出专属移动DSP产品。
到底什么是移动DSP呢?
DSP(Demand-SidePlatform)，就是需求方平台，为解决广 告主投放的各种需求，真正实现人群定位的精准广
- myelipse设置
alafqq
IP
在一个项目的完整的生命周期中，其维护费用，往往是其开发费用的数倍。因此项目的可维护性、可复用性是衡量一个项目好坏的关键。而注释则是可维护性中必不可少的一环。
注释模板导入步骤
安装方法：
打开eclipse/myeclipse
选择 window-->Preferences-->JAVA-->Code-->Code
- java数组
百合不是茶
java数组
java数组的 声明 创建 初始化； java支持C语言
数组中的每个数都有唯一的一个下标
一维数组的定义 声明： int[] a = new int[3];声明数组中有三个数int[3]
int[] a 中有三个数，下标从0开始，可以同过for来遍历数组中的数
- javascript读取表单数据
bijian1013
JavaScript
利用javascript读取表单数据，可以利用以下三种方法获取：
1、通过表单ID属性：var a = document.getElementByIdx_x_x("id");
2、通过表单名称属性：var b = document.getElementsByName("name");
3、直接通过表单名字获取：var c = form.content.
- 探索JUnit4扩展：使用Theory
bijian1013
javaJUnitTheory
理论机制（Theory）
一.为什么要引用理论机制（Theory）
当今软件开发中，测试驱动开发（TDD — Test-driven development）越发流行。为什么 TDD 会如此流行呢？因为它确实拥有很多优点，它允许开发人员通过简单的例子来指定和表明他们代码的行为意图。
TDD 的优点：
&nb
- [Spring Data Mongo一]Spring Mongo Template操作MongoDB
bit1129
template
什么是Spring Data Mongo
Spring Data MongoDB项目对访问MongoDB的Java客户端API进行了封装，这种封装类似于Spring封装Hibernate和JDBC而提供的HibernateTemplate和JDBCTemplate，主要能力包括
1. 封装客户端跟MongoDB的链接管理
2. 文档-对象映射，通过注解:@Document(collectio
- 【Kafka八】Zookeeper上关于Kafka的配置信息
bit1129
zookeeper
问题：
1. Kafka的哪些信息记录在Zookeeper中 2. Consumer Group消费的每个Partition的Offset信息存放在什么位置
3. Topic的每个Partition存放在哪个Broker上的信息存放在哪里
4. Producer跟Zookeeper究竟有没有关系？没有关系！！！
//consumers、config、brokers、cont
- java OOM内存异常的四种类型及异常与解决方案
ronin47
java OOM 内存异常
OOM异常的四种类型：
一： StackOverflowError ：通常因为递归函数引起（死递归，递归太深）。-Xss 128k 一般够用。
二： out Of memory: PermGen Space：通常是动态类大多，比如web 服务器自动更新部署时引起。-Xmx
- java-实现链表反转-递归和非递归实现
bylijinnan
java
20120422更新：
对链表中部分节点进行反转操作，这些节点相隔k个：
0->1->2->3->4->5->6->7->8->9
k=2
8->1->6->3->4->5->2->7->0->9
注意1 3 5 7 9 位置是不变的。
解法：
将链表拆成两部分：
a.0-&
- Netty源码学习-DelimiterBasedFrameDecoder
bylijinnan
javanetty
看DelimiterBasedFrameDecoder的API，有举例：
接收到的ChannelBuffer如下：
+--------------+
| ABC\nDEF\r\n |
+--------------+
经过DelimiterBasedFrameDecoder(Delimiters.lineDelimiter())之后，得到：
+-----+----
- linux的一些命令 -查看cc攻击-网口ip统计等
hotsunshine
linux
Linux判断CC攻击命令详解
2011年12月23日 ⁄ 安全 ⁄ 暂无评论
查看所有80端口的连接数
netstat -nat|grep -i '80'|wc -l
对连接的IP按连接数量进行排序
netstat -ntu | awk '{print $5}' | cut -d: -f1 | sort | uniq -c | sort -n
查看TCP连接状态
n
- Spring获取SessionFactory
ctrain
sessionFactory
String sql = "select sysdate from dual";
WebApplicationContext wac = ContextLoader.getCurrentWebApplicationContext();
String[] names = wac.getBeanDefinitionNames();
for(int i=0; i&
- Hive几种导出数据方式
daizj
hive数据导出
Hive几种导出数据方式
1.拷贝文件
如果数据文件恰好是用户需要的格式，那么只需要拷贝文件或文件夹就可以。
hadoop fs –cp source_path target_path
2.导出到本地文件系统
--不能使用insert into local directory来导出数据，会报错
--只能使用
- 编程之美
dcj3sjt126com
编程PHP重构
我个人的 PHP 编程经验中，递归调用常常与静态变量使用。静态变量的含义可以参考 PHP 手册。希望下面的代码，会更有利于对递归以及静态变量的理解
header("Content-type: text/plain");
function static_function () {
static $i = 0;
if ($i++ < 1
- Android保存用户名和密码
dcj3sjt126com
android
转自：http://www.2cto.com/kf/201401/272336.html
我们不管在开发一个项目或者使用别人的项目，都有用户登录功能，为了让用户的体验效果更好，我们通常会做一个功能，叫做保存用户，这样做的目地就是为了让用户下一次再使用该程序不会重新输入用户名和密码，这里我使用3种方式来存储用户名和密码
1、通过普通 的txt文本存储
2、通过properties属性文件进行存
- Oracle 复习笔记之同义词
eksliang
Oracle 同义词Oracle synonym
转载请出自出处：http://eksliang.iteye.com/blog/2098861
1.什么是同义词
同义词是现有模式对象的一个别名。
概念性的东西，什么是模式呢？创建一个用户，就相应的创建了 一个模式。模式是指数据库对象，是对用户所创建的数据对象的总称。模式对象包括表、视图、索引、同义词、序列、过
- Ajax案例
gongmeitao
Ajaxjsp
数据库采用Sql Server2005
项目名称为:Ajax_Demo
1.com.demo.conn包
package com.demo.conn;
import java.sql.Connection;import java.sql.DriverManager;import java.sql.SQLException;
//获取数据库连接的类public class DBConnec
- ASP.NET中Request.RawUrl、Request.Url的区别
hvt
.netWebC#asp.nethovertree
如果访问的地址是：http://h.keleyi.com/guestbook/addmessage.aspx?key=hovertree%3C&n=myslider#zonemenu那么Request.Url.ToString() 的值是：http://h.keleyi.com/guestbook/addmessage.aspx?key=hovertree<&
- SVG 教程 （七）SVG 实例，SVG 参考手册
天梯梦
svg
SVG 实例 在线实例
下面的例子是把SVG代码直接嵌入到HTML代码中。
谷歌Chrome，火狐，Internet Explorer9，和Safari都支持。
注意：下面的例子将不会在Opera运行，即使Opera支持SVG - 它也不支持SVG在HTML代码中直接使用。 SVG 实例
SVG基本形状
一个圆
矩形
不透明矩形
一个矩形不透明2
一个带圆角矩
- 事务管理
luyulong
javaspring编程事务
事物管理
spring事物的好处
为不同的事物API提供了一致的编程模型
支持声明式事务管理
提供比大多数事务API更简单更易于使用的编程式事务管理API
整合spring的各种数据访问抽象
TransactionDefinition
定义了事务策略
int getIsolationLevel()得到当前事务的隔离级别
READ_COMMITTED
- 基础数据结构和算法十一：Red-black binary search tree
sunwinner
AlgorithmRed-black
The insertion algorithm for 2-3 trees just described is not difficult to understand; now, we will see that it is also not difficult to implement. We will consider a simple representation known
- centos同步时间
stunizhengjia
linux集群同步时间
做了集群，时间的同步就显得非常必要了。 以下是查到的如何做时间同步。 在CentOS 5不再区分客户端和服务器，只要配置了NTP，它就会提供NTP服务。 1)确认已经ntp程序包： # yum install ntp 2)配置时间源（默认就行，不需要修改） # vi /etc/ntp.conf server pool.ntp.o
- ITeye 9月技术图书有奖试读获奖名单公布
ITeye管理员
ITeye
ITeye携手博文视点举办的9月技术图书有奖试读活动已圆满结束，非常感谢广大用户对本次活动的关注与参与。 9月试读活动回顾：http://webmaster.iteye.com/blog/2118112本次技术图书试读活动的优秀奖获奖名单及相应作品如下（优秀文章有很多，但名额有限，没获奖并不代表不优秀）：
《NFC：Arduino、Andro
